RnoINT0108637 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000011310 | Pde10a
Description
phosphodiesterase 10A [Source:RGD Symbol;Acc:68434]
Coordinates
chr1:52424707-52444705:-
Coord C1 exon
chr1:52444577-52444705
Coord A exon
chr1:52424736-52444576
Coord C2 exon
chr1:52424707-52424735
Length
19841 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGC
5' ss Score
10.22
3' ss Seq
CCTTGCTTCTCTACCCCCAGATG
3' ss Score
11.28
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATGAACCATCTCCTAAGGAAGTCAGCAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000011310:ENSRNOT00000043474:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.136 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF106984=DUF2505=PU(56.8=95.5)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]