GgaINT1028083 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000007113 | TNC
Description
tenascin precursor [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_990787]
Coordinates
chr17:2653984-2662281:-
Coord C1 exon
chr17:2662009-2662281
Coord A exon
chr17:2654257-2662008
Coord C2 exon
chr17:2653984-2654256
Length
7752 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATAT
5' ss Score
7.88
3' ss Seq
GCTATCTTCTCCTTTTTTAGAGG
3' ss Score
8.86
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGCACACCCTGAAGTTGGTGAGCTAACCGTTTCCGACATTACTCCTGAAAGCTTCAACCTTTCTTGGACGACCACCAGCGGGGACTTTGACGCCTTTACTATTGAAATTATTGATTCTAACAGGTTGCTGGAGCCCATGGAGTTCAACATCTCAGGCAATTCAAGAACAGCTCATATCTCAGGGCTTTCCCCCAGCACTGATTTTATTGTCTACCTCTATGGGATCTCTCATGGTTTCCGCACACAGGCAATAAGTGCTGCGGCTACAACAG
Seq A exon
GTATATAAAACCTACCTCAGTGCTAACTCTCCTTTCTTCTAACTCTTCCTTGCAGGTTGTGCCCATTTCCCTGCCCTCAGATACCCCATCAGTCTGCCCACTGCCAAATTCTCTACCTCACTGTTTGACACCTTCTAAAGAAGACCTGCTGCAGACATTTTGAGCTGTGAATGTTAAGCCACCGTCCCATCCAGCAAAGTCAGTCAATCACAATGTGATGTAATTTCATTCACATAATAATGTGTTAGCACTTGTTCAAACATTAAGGTAGGGACAATCTCTGAGACCTATGAGAAGCAAAACAATTTTCCCAAGAAACGAGTGGGAGATGATTCATTATGTTAGCTTTGCAGTATGTGCTGTGCAGCACTGAAGACACACTCCTTCTTTCAGATAAGCCAATTTATAGATCATTTTTTATCCTGATTCTCTAAATGGGTTTCAGGCAAATTTCAGTCTGTCAGCAGATTCCTACAAGGCCAATACATTGCTTGAATTCAGCTTCAGACTTCAGTTTTGATTTGATGTTGGTAAATGAAATAGGTAGGCATTTAGCTGTTGGCACGTTGTACATCCTGAGGTTTTACTGTTGATAGCGTGTCCAGAAAAGGCTCTCAAAGAGAGGGAAGTGTCAAATGTGCTTTAGCCAATTATGGTGTGGAAGTGGAACAGGAGAGGGCTAGGTTACAGAAGCAGAAGGTGCTTCTCACAGCAGACAGATAATAGCCCATGTTGTGATCACTTAACATCTCTACCAATTTTCACCTGCTGGCATGATCTCAGGGAAAGTTGTCATAGCAATTTGTCATAGCAGGAGATTAAGGCAGTCAATGGCATCAAGTTTAATATCAAATATCAGCAGTCAAGATAATACAGAGTTGCATTTTCTAGCATCAGTGAATTGTGAATCTCATTGAATCATGGCAAAGTGACCACTGAGGTCATGGTATGAAAAACATCAAGAAGTATATGACTAGATGGTCTTTATGATCTGTGGCTCATGTAAATTCAAACTTTTGTTTTATTTTATTGCTTTGGGTTTTAATAATTGCAACGCATTTCCATTTGTTTTTCTTCCCATAGTAGAGGAACCTCTCCTTAGCAAACTCACTGTATCAAATGCTACCTCAGACTCCATGTTGCTCATGTGGGAAGCACAGGACAATGCCTTTGACCATTTTATTCTAGAAGTCAGAAACTCTGACTCCCCTTTGGACTCCCTGGTGCAGATAGTGCCAGGGGCCTCCCGGCACTATGTAGTCACCAACCTCAAAGCTGCCACTAATTACACTGTCCAGCTCCATGGTGTAGTTGATGGGCAAGGTGGTCAGACCTTGACAGCACTGGCAACCACAGGTATTTCATTGTTTCTCCTTCTAGGTTTGCTTTTTTCTCTTCTTTCTTTTTCTGTTCACCAAGCCGCTCTGAAACGTGGCTCTTACTCATCATCTTTATACTTTATACTTTGATAAAGTATTGGAAGATCACCGTGAGGGAAGGCTGAAATAAACTGACCTTGTGAGTGCTTGGAAAGAGAGATATCCGAGACAATGGAAAAGGCTGGAAAAGTGCCCCCAGCATTAAGGGAGCCAGTTGTAAACCATGACTGGTTTCATTATATATACACTTACCAGCAAGTACTGTGTATATAGCTGACATGCTCCAGATGGTTAATGTTTTTCACAGAATATCTTTGCACTTGATCTGAGTGATGTGCCTGTTCATCCCATCCTCACTTGCTTCCTTGTGGGTGGGAGGGCTTCGTAGCTTTGTCAGCCAGAAAGGCACTGCATGTCATTTTGGTTCTTTGTTCTTAAAAACCAAATGTCTTCCAAGACATTTGGATCTCTTTTGGGAGTTTCGTGCAGCATGCTCAATGACCAGCCAAAATTGCATGGAGTGGTCTAGCCACCTTCTGCTGGTTCTGGCATTCTTCTCTGCCCAGCATTTATAAGCATCCTCAGCAGAAAACTGGGCTTAAATAGGAAGTCGACCCTTTCTTGATGGTCAGCCCACCACACTGTCACTTGCATTGCTGTCTTTCAGTCCTTAAGACCTGTCTGGTTTCACTGTGTGTCAGAGCTTTTCCTATGGTGATGGTGATTCCAAGAGCTCTTTGAGACTCTCCTGAAGAGAGAATTCCAACTCGTTTTGCATGTAGTACTCTTTGGAGTCTGGGTGTCGTGTCATGAGCCTGCCTGACTGGATGCAAATGGCATGTGAAGGAATGCAGCCGTGTTTAGAACCAGACTGGAAAGGATCGGTTTTGTCACCTCTGAGCTGCATGCGGGGCTGATGGCTCCATGCTCGGTCTCACTGAGTTCTCCACCCAAGCCTGTCTGCATTGTGGAATATTATCTCCTTCCATCTTTAGAAGTACTGTGCTTACATGGTGACGTCTTCACTGTCAGCCATGAGGGCATTGAATGGCAGCATGACAGTGGCATGTGTCCTTAATCGGGGCCACTTGGATTCACCTCTTCCAAGACTTCCATGGAGGGAGGTCAGCTATTAATTAAAAGTAAATGGGGACAGCTGGTAAAAATTGGAACATCTTGCAGCAGTTCTTGTTTTAGTTAACAAAAGGATTTCATTCTTTCACGCTTCTTGGTCAGTGTGATACATCCTTCTTGCTTTTCTCCCAGCATGTATCACTTGTACGGTTATTCCCCTGCATCACGCTAGCTGCATTTCCCAAGGTGTTCTTGGTTTATAATCAATTGGCAAGAGAAAAAGAGAAATTCAGCCCTGAGAGCAGACAGGATTCCCAGGCCACCTGACTGCAGGGTCTTGTTTGTGGTCTTTCTGGGCTGTAATCCTTAATGTTTTTACATTAGATGGTACAGATTAAAATAGGAATGATCCTCCTTCTATAGCATGAAGGCCAAGTTTCTGTGTGGGAAGGAAGAGGGTGAGCAAGAGCATTGCTTGGTTGTTTTTAGTCCAGTCCATTAGATGTTCTTTGACTTTGCCTAATCAGGGGACAAGGAACACCTTAGCCACTGAGTCCAGACAGGTTTTGGCCTGAGATTAGTGCTGAGATGTTCGTTGCCACGACTAAAACCCCAGTAAACTTCTGGGTCCTAAAATATGAGGATCTACAATGTTAGGCAACAAGAACACTAAGCAGAAGCTGAAGTCAGTATTCAAGGATGTCTGTTTTGATCCTAATTTCTGCCTGAATCCTACTTCAGAATTGCTGTGAGTCTGGATAGTCCTGTTAAATTTCCAGGGCTGAGTTACTGCAGTTTCTATGGTTTTACCATGGGGCTGTTTGCTATTGGTGCTTCTGTAAATCAAACCCACATTTCAGTAAGAAAATTTTGAGCATTTAAGAAAAATGAATGGAAAAAAACTTAAAAATCAGCACTAATTTCACTGGATTCCTTCCAAAACCTTACAAAATAGATGTTACGGTGCTCCTCCTTTCCTCAACTCCTGCAAAACAAGGCTAAACCCTTCAGCTTTAGCTTTAAGTCTCTCTAACCCCACTACGGCTAATTTTTACACCCCCCTCCTCCCAAAGTAATGCTCTCTCTTCACCTGTGTTCCTCTCTCCTTCAGAGGCTGAGCCACAGCTGGGCACGCTCACACTCACAAATGTCACCCCCGACAGCTTCAACCTCTCGTGGACCACAAGAGATGGGCCTTTTGCCAAGTTTGTCATACACGTTAGAGATTCCTTTGCAGCACACGAACCCCAGGAGCTTACGGTGTCGGGAGGTGCTCGCAGCGCTCACATCTCAGGCCTGCTAGATTACACTGGCTATGACATTAACATTAAGGGCACCACCGATGCAGGTGTTCACACAGAGCCCCTCACTGCTTTTGTCATGACAGGTACCTGCTGAAAGGTTTGCAGTATGTTTATCAGTTGATAATATACATATATTCCTGCATGAATGGAAGTGTGGACTACAGCACTGAGTACCTGTCCAGCATTGATGCTTTCATCTGAAGCTTAACGCAAGCATGGGTTGCAGCAGGCATGTTGACCTTAAAAAAATTTTAGGAGGAATAATAGTTTAAAGTTATTCAAGAGCTCTCTGGAGTCTTTCTCTCATGTGTAATGATCCTTTCTAACTCCTGATGATTAAGGGAGAAATTTGTCAGTACTCCCACCTATACATCCCTTGTACATCCCTACACCTATACATCCCTGGAGGCATTCAAGGCCAAGCTGGATGTGGCTCTGGGCAGCCTGGTCTGGTGGTTGGTAACCCTGCACATAGCAGGGGAGTTGAAACTAGATGATCATTGTGGTCCTTTTCAACCCAGGCCATTCTATGAACTCATCTATGTATGAATAATTTGGCCAGGTTTTAGCTGGGATTAGTGAACATCACATGCTGATATAGTCAAATAAATACTACAGTGTTCACATTCTGTGTATGACATGGCCAGTGTGCACTGCTAGGGCTTGTCACACAGACCTATGGAAGCCTAAGTAGGATTAAAGCAGAAATTGAGGCCTTTTCTTTTTCTTCCTCACTTCATTAACACACAGTGGGAGCACTCCTTGAAGGAGCAGCATCCCTCACGGCAATGGGGCCAGCGCTTTCTTAGCAAATCAGTGACCATGATCCCTTCCATTAGGGAACATGATTCCTTTTTCCACAAGCTTTGACCTGCCACCTGATTAATGTTGTTACAAGTCAGGAAGTGTTTGCTTCCAAAACTCTTCCATTTTAATAACAAACCATGGGCATTGGTGTTTTGAGAGGAAGCTTCCCACAGCAAGGTAAACACGTGGCATCCACACCACAGTTGGATGTGCCAGCAGTTTGCAGAAACCTCCTGGGTTTAATATACTGGTGTCACTTCACACCTATCCCAGGGATGCTCAAACAGAGTGTCAATGTCATCAGCTGTGAAAAGTCAAAAAACAAACCTAAAACTCTTAGCCAAAGAAAATTTGGCATTTAACTGACTTGTTCTCTTAATTGAGTGGAATTTGAGTGATGGAAGATTGGCTGAGTTACTTCCTAGACCAACACAAT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Seq C2 exon
AGGCAGAACCCGAGGTGGACAACCTTCTGGTTTCAGATGCTACCCCTGACGGCTTCCGTCTGTCCTGGACTGCAGATGATGGGGTTTTCGACAGTTTTGTTCTAAAAATCAGGGATACCAAAAGGAAATCTGATCCACTGGAACTCATAGTACCAGGCCATGAGCGCACCCATGATATAACAGGGCTGAAAGAGGGCACTGAGTATGAAATTGAGCTCTATGGAGTTAGCAGTGGACGGCGCTCCCAACCCATAAATTCAGTAGCAACCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000007113:ENSGALT00000011523:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.083 A=NA C2=0.272
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0004116=fn3=WD(100=87.0)
A:
NA
C2:
PF0004116=fn3=WD(100=88.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]