HsaINT0000038 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000175899 | A2M
Description
alpha-2-macroglobulin [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:7]
Coordinates
chr12:9080094-9089251:-
Coord C1 exon
chr12:9089200-9089251
Coord A exon
chr12:9080178-9089199
Coord C2 exon
chr12:9080094-9080177
Length
9022 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
TGATTTGCTTATTTCTCTAGGTG
3' ss Score
10.48
Exon sequences
Seq C1 exon
CCTGAAGGACTAGAGAAGGAAACAACATTCAACTCCCTACTTTGTCCATCAG
Seq A exon
GTAAGAGTCAACCATCATAATTTAAAAAACATTAAAGTCTAACATTTAAAGTTCAAAGAACATTTATATATTATTCCTACACTTTCTCTGTGATCTAAGACCTGAAGCACCATCAATGCATTTGACAAATGTGGAAAATAGTTCTTAGGAAGGCCAAGTAATTTGATCAGAATATCCCTAGGCCTGCATTCTGAGTCTTGATCTTTTGCAGCACCTGTGCAAACACCAAATGACTTTCTGACCAGTGTATGGTATGGGCATAGGTAGAAAGTGGGTAGAATCAAAATTAATATTACCAAAAGGGATGTTTCCTTAAATAATTAATAATGCAAACTATGGACGGCTGAATTTAGGGCATTCTAACACTGAGTTTTACATAGCCAACAGTATTTGATAACGGGATTGCTATTTCCCAAAGGAAAAGTTGTCATGGCCTTTACCATTATTGTCATATTAATATCTGTTTGATGCCTATCCCGTACCTAATGCCCTATCAAACATTTGAGAAGGAACTGAAGAAACTTACAGGAAAAATTTAATACACTAAGAAATTTATCAGCACAATGCATTCTCACCCCAAACCAACATTGAATCAACATCATACATAGGTTCATTGCCTTTCTCTGACTACCTACAAATTTAGTATGTTTTTCGTACTAAATACTTTATCTATTCATCTGTTGCCAAGATGTAACACATAAAATGTACCCTAAAAACATAACTTCCTTGTCATTTAGCCTTATTTCTACATTTAAGTGAACTGATTACCTATCATTCAATCCTTTTATCATGACTTCTCCGTTTCTGAGTTACTCATTTTGATGTATCTCTTAAGTGTAAGGGCTAATCATCAAATAGTTTTACTAAATTTCATTTTAATTACCAACATAATCAAATGTGCCTACCTAATTTTACAAAAATATATTCTTCTTTAAAAAAAAAAACAGAACATCACATTAAAGGTTAATGTCACCCCCCTGAACATTTTTCAGTACTTTGCCATCCATTTATCTTTAGAAATAATGTGTGTAGATGTATATGTTTGTGGATGTGTGATTTACATATAATAAACTGTATAAGTTTCATTCTATAAATCACTGTTTGTTTTTCACTCAGCATCCTGTCTTGGAGATTTACCTATGTTAAATTGTAGATCTAGGTCTTTCCTTGGAATTGCTTTTAAGCCTATAATATAAATACATCACAATTCTGCTTAGTGTTTTAGTCTTCCTATATTGGTTTTTTCAACTATTCACTAGCTTTAAAAAATTAGTTAGTTAATTATAATAAGAGCCTCTTAATGAACATATGCAAGTACAGCTAGGGTAGATCCAAAATGTTAAATTCCTGAGTCAGAGAGCATATGCATAGATATGCATAGTTTTGTTTGGTTGGTTGTTGTTGTTGTTCTTTAATTACATTGTAAACTGACCATTTATAATTGTATATATATACAGCATACAAAGTGATGTTATGATTTATGAATAAAATGTGAAATAATTAAATCAAGCTAACCTGAAATACTTATGTTTTGTGGTGGGAACATTTGAAATTCTCTAAGCAAGTTTGAAACATAAAATACACTATTATTAACTATATTCACCATGCTGTGCAATAGATCCCAAAAAGAAAAAAATGTATTCCTTCTGTCTGAGACTTTGTGTCCCTTGAACACCACCTTCCTTTTACTCCAGCTTCATCCTCCATAACCACCATTCTACTCTCTGCTCCTGTGAATTTGAATGTTTTAGCTTCCACATACAAATGAGAACATGCAATATTTGTTTTCCTATACCTGGCTTATTTCACATAACATAATCTCCTCCAGATTTAATCATGCTGCCATAAATAGCAGAATGTTCTTGTTTTTTAAAATGGAATGGAATTCTATGTGTATATACCAAATTTTCTTTATCTGTTCATCTGTTGATGACACTTATGATTCCATAACTAGACATCAGTAATTTGTTAGGGATTACATTCAATATGTAGATTGCTTTGGGTAGTGTGGACATTTTAACAGTATTAATTCTTCCAATCCATGAACATTGTATTTTTTTTCATTTATTTGTGTTCTCTTTGATTTCTTTCATCAGTGTTTTATAATTTTCACTGTACATTTCACCTCCTTGATTAGATTTATTTCTACATATTGTTTATAGCTATTGTAAATGGGATTGTTTTTATTTCTTTCTCAATCATTCATTGTTAGTGAACAGAAAATACTACTGATTTTTATGTGTTAATTTTGTATCTTGCAACTTTATTGCATTCATTTATAAGTTCTTGCAGCCCTTTGGTGAAGTCTTTTGAGCTTCCAATATATAAGATAATGTCATCACCAACAGTGAAAATTTTACTTCTTCCTTGTCAATTTGGATATTTTTCATTTCTTTTTCATGTTTGATTGCTCTTGCTGCTACTTCCAGTGCTACTTTGAAAATAAATGGTGGCAGTGGGTATCCTTGTCTTGTTCCAGATCTTAAAGGAAAGTCTTTCAATTTTCCACTGTTAAATATGTAAGCTATAGGTTTATCATACATGCCCTTTATTGTGTTGAGGAACATTGCTTGTATATCTAATTTGGTGAGAGTTTTATCATAAAAGAGCATTGAATTCTGTCAAATACTTTTTCTCCATCTAACAAGATGATGGTATGGTTTTTACCCTTCATTCTGTAAATGTAATGTATCACATTTATTGATATGCATATGTTGAACAATTTTTGCATCTCAGGGATAAATCCCACTTGACTAGGTAGATGATCCTTTTACTGTATTGTTGGATTTAGTCTGCTAGTTTATTTCGTGTGGTTGGTTGGTTGGTTTAGTTTTTTAAGTGATGAGCTTTTGCTGTGTTCCCCAGGCTGGACTTGAACTCCTGAGTTCAAGCAATCCTACCACCTCAGCCACCCACAGGTGTATGCCACCATGCTTAGCTGCTATGCTAGTATTTTATTGAGGATTTTTGCATCTATATTCATCAAGAATATTGGTCTGTAATTCTTTTTTGTAATGTCTTTTTATGACATTGGTATCAGGGTAATGCTTGCCTCATAAAATGAGCTTGAAAGTATTCCTTCCTCTTCCAGCTTTTGGCAGAGTTTGAGAAGGATTGGTATTCATTCTTTTTAAATGATAAGTAGAACCTAGCAGTGAAGCCAACAGTTATTAGGCTTTTCTTTAATGGAAAACTTTTTATTACTGATTCAATCTCTTTACTCATTATTTGTCAGTTCAGATTTTCTATTTCTTCATGATTCAGTCTTGGTAGTATGTATATGTCTAGGAATGCATTCATTTCTTCTAGATCATCCAATTTATTGGTGTATACTTATGCATAATAGTCTCTTATGATCCTTTGTATTTCTGTGGTATCAGCCATAATTTCTCTTTCATTTCTGATTTTATATATTTAAGGCCTCCCTCTTTTTTCTTAGCTAACCTAGCTAAAAGTTTTTGTCTGTCTTTTTAAAAAAACAATTCAGTTTCATTGATCTTTTGTATTCTTTTTCTAGTCTCTATTTGATTTATTTCTGCTCTAATCTTTATTATTTTCCTTTCTTCTGCCAATTTTGAGCTTACTTTGTTCTTCTTTTCCTACTTCTCTGAGGAATATCATTAGTATCTTTATTGGAAATTTTTCTTCTTTTTTGGTGTTTATTGTTATAAGCTTTCCTCTTAGAATTGCTTTTACTTTATGCTATGTTTTGTTATGCTCCATTTCCATGTTCATTTGTCTTAAGATATTTTTGAATTTCCTTTTAAATTTCTTTATTGACCCATTGGCTGTTCAGGAGCATGTCATTTAATTTTCATATATTTGTGAATTTTTTCTAATTCCTCCTGTTACTCATTTCTAGTTTTCATAGTATTGTGGTCAGAAAAGATACTTGATACGATGAAACGATTTCAGTCTTCTTAAATTTGCTAAGACTTGTTTTGTGGGCTAAAATATGATCTATCTTGGAGAATGTTTCTTGTGTGCTTGAGATGAAATGTTCTGTATGTATCCATTAGGTCTATTTGATCTAAAGTGTTGGTCAAGTTCAACGTTTTCTTATTAATTTTCTTTCTGGATAATCTATCCATTTTTAAAAGTGAGATGTTGAAATTCCCTGATATTACTGCATTGCAACATATCTCTCCCTTCAACCTTTAATATTTGTTTTATATATTTAGGTGCTCCAATGTTGGATATGTATAGATTTACAATTGTTATATCCTTTTGATGAATTGACCCTTTTATCATTATATAATGTTCTCCTTTGTCTCTTTGTACAGTTTTTGACTTTAAGTCTGTTTTGTTGAATATAAGTATAGCTACCCCTGCTCTCTTTTAGTCCCCATTTACCTAGAACATCTTTTTCCTTCTCTTCACTTTCAGTCTATGTGTGTCCTTAAAAATTAGGTGAGTCTCTTGTAATTAGCATATGTTTCGGTCCTGTTTTTTTAAATCCATTCAGTCACTTTATGTCTTTTAAATGGGGAATTTAGTCCATTTGCATTCAAGGTAATTATTAATTTAAAAATGACTTGGTACTACCATTTTGTTGTTTTCTGGTTGTTTTGCTTCTTTGTTCCTCTTTTGCTGTCTTCCTTTGTGGTCTGATGTTCTGTAGTGGTATGATTTGAATCTTTTAAAATTTTTGTTCTGTGCTTCTATTAAAGATTTTTGCCTTGCTGTTACTATGGGGTTTACAGTCAATTTCAAGCTGATAACAACTTAACTTTGCATTCTTTCACTCCCCCACACACATTTTATGTCGTTGATGTCAGAATTTACATATTTTGTAATGTGTATTTATTGACAATTTATTTTTAGCTATGCTTGTTATTAATATTTTGTCTTTTAACCCTTGTACTAGAGATAAAATTGCTTTAAATACCATCATTACAGTCATAGAGTATTTTGAATATGGCTCTATATTACTTATACCATTAAATTTTGTGCTTTTGTGTTTTTGTATTATTAATTAGGGGCCTTTTGTTTCAGCTTAA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Seq C2 exon
GTGGTGAGGTTTCTGAAGAATTATCCCTGAAACTGCCACCAAATGTGGTAGAAGAATCTGCCCGAGCTTCTGTCTCAGTTTTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000175899:ENST00000318602:22
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.056 A=NA C2=0.069
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development