HsaINT0000429 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000154263 | ABCA10
Description
ATP binding cassette subfamily A member 10 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:30]
Coordinates
chr17:69164964-69174394:-
Coord C1 exon
chr17:69174281-69174394
Coord A exon
chr17:69165084-69174280
Coord C2 exon
chr17:69164964-69165083
Length
9197 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATTGTAAGT
5' ss Score
8.54
3' ss Seq
ACTTCTGGATTTTTTTCTAGATC
3' ss Score
8.86
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGTATGCATAATTGGTTGTGCAGTTTCTCTTATATTCCTCACATATGTGCTTTCATTCATCTTTCGCAAGTGGAGAAAAAATAATGGCTTTTGGTCTTTTGGCTTTTTTATT
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATCTTAATATGTGTATCCACAATTATGGTATCAACTCAATATGAAAAACTCAACTTAATTTTGTGCATGATTTTCATACCTTCCTTCACTTTGCTGGGGTATGTCATGTTATTGATCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000154263:ENST00000269081:26
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF126982=ABC2_membrane_3=FE(10.2=100)
A:
NA
C2:
PF126982=ABC2_membrane_3=FE(10.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development