HsaINT0000431 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000154263 | ABCA10
Description
ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 10 [Source:HGNC Symbol;Acc:30]
Coordinates
chr17:67152973-67160295:-
Coord C1 exon
chr17:67160215-67160295
Coord A exon
chr17:67153065-67160214
Coord C2 exon
chr17:67152973-67153064
Length
7150 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATAGTAAGG
5' ss Score
4.33
3' ss Seq
TTATTTTTCTTTTCTTTTAGCCA
3' ss Score
9.63
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCGACTTTATGAGAAACTTGGACAGTCTGGACAATAGAATAAATGAAGTCAATAAAACCATTCTTTTAACAACCTTAATA
Seq A exon
GTAAGGAACATTTTCTACCTAAATATATATATTGCATAAGATTCATAGCCCCGTGAAATCTTATTCAAGGTATGCCAAATTTAAATGTCTTAAAATACCCACTCTTTCTGTATTTTCCATTCCAATATAATGGCAGCAAGAACTAAAGATATTTTTAAAATAGATTCACAGATAATATAATACATACTAGAACATTTAAAGGTTTGGTTGCTGTTATTGTGATAGACATTGTTGATATGTATCCAAAGACAATTTGAGGCAGTATGTAAGAAATGCAGCATATGGTGTATGGCTCAGAATCAAGTAAATATGTGTTAATAACAACTAATTTGAATAATGAGGAGGAAAGGAGAAAGATTAAATGAAATTTTATAGTGGGGAAAGACAATGAAAGCGAATATAAATGTTATTTCTGTGTATTATGGCAAATGAGGCAGAAGGAGGAAACATACTCTTGTTTGCACACCTCTTGTTTCCTCTTTAATAGCAGAACAGCAGTTTATCAAGGAAGAAACCTCTAAATTTGTTTTGATTTATAAACTTTTATACATTTTTACCTGGGTCTTTGTATAATGAATGTATATTTTTCCTGTTTTGTAAATACATGCAGAGATGTTCCATATATAGTCATTTTTAATTGACCATTGAATTCTAAAGGCATACAGTTGTCCAGCTGGGGAATATATGTTCATTGCAACTCTGACACAGCAAACAAACCCTGGAACCTTCAAGACTTAATAGGGATTTATTTTTCAAATAAATTCTATTGTGTATTTGGCTGCGCACCTCCATTTGGTGGCTGTGCTTTTTGACACCCCTCAATCTTCAGGGTTGCCTTTGCAGTGGAAGAAAAGGTTAGAACATTAGACAAGATGGGACTCCAAAATCCTCATGGGAAAATGGAACTAAAAGTTGAAAATAAAAAAATATAAATTTTGGCCAGGCGCAGTGACTCACGCCTGTAATCCCAGCGCTTTGGGAAGCCGAGGTGGGTGGACCACCTGAGGTCAGGAATTCAAGACCAGCCTGGGCAACATGGTGAAACCGCATCTCTACAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCGTGCTGGCATGTGCCTGTAATTCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGATTGAGCCAGGAGATGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATTGTGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGAGAGACTCCGTCTCATATATATATATATATATGTATATGTATATGTATATGTATATGTATATATGTAATTTTTTCAACATAAACCCCATCAAAGTGAGGACACTTTTGTAAGCAACGATACCAATCATTTAGTTCATTCCTACAGAACTGAGGATCCTGGGAATTTAACCTTGTCATTGAAGTATCTTTTACGTTACTAACTGAACAAAAATGGGTGCCATTTACATATATTTTAAGATTAGGAAACAAAAAGAATTCAGAAGGAGCCAAATCAGAACTGTAGGTGGATACCCCTCAATAATTTCCCAAAGGAACTCTCACAGAATTGCCCTTGTTTGATGAGAGAAATGAGCAGGAACATTGCCATGATGGAGAAGGACCTTCTAGTAAAGATTTCCTGGATGTTTGTCTAACTTTCTCAAAACACTCTCATAATAAGCAGATGTTATCATTCTTTGTCCCTCCAGAAAGTCAACAAACAAAATGCCCTGAGCATCCAAAAAACTGTTGCCCATGACCTTTGCTGTTGACTAATTCACTTTTGCTTTAACTGGACCCACTTCTACCTTTTGGTAGCCATTGTTTTGATTGTGATTTGTCTTCAGAATCATACTGGTAAAGCCATGTTTTATTTCCTGTAAACAGTTATTCAAAAAAATTGCTTCAGAATCTCGATCCCATGTGTTTAAAATCTCCATTGAATGCTCTGCTCTTGTCTTCTGCTAACCTGGGCACAACAGTTTTGTCCTGCACTAAGTAGAAAGTTTGATTAACTTTAATTTTTCAATCGGAATTATGTGAATTGAATCAGTTGAGATGTCTGTGATTTGACTATTGTTTCTGCTGTTAATTGTCAGTCCTCTTCAATTAGGAGATGAAAGAGATGAATTTTTTCCTCTCAAATTGATGTGGATGGTCTGCTGCTATAGGACTTATTTTCAACATTGTCTTGTTCCTTCTTAAAACCACTTAACCATCTGTAAGTTGCTAATTTCTTTGGGCCATTGCCCTCATAAACTTTTTTACAGCATCGATGATTTCACCATTCTTCCTTCCAAGCTTCTCCATACACTTGATGTTTGTTCTTGCTTCAGTTTTAGCAGAATTCATGTTCTGATAGGGGCTCTTTTCAAATGAATGTACCTATTTTCAAATGAATGTACCCTTCTTAGTACCTCAAACCAGATCCTGTTCAAACATATTATAAGAAGTTAGGATGAGTTTATTTTGTTGCCCCCCAAATTTGAAATCCACACATAGGTTTTTCATCATATGAATTTTTCATGGTATTTTTGAAGTCCCCTTGTTTTAACGGCCAGGCCTAGAAGCGGCTTTCGTCACATCCCACCACATTATACTTCATGGCTATTTACCTATTTGTTTCTAGTCAGTGACCTGTGGTGGTAAAAACAACTGCAATTATTTTTCACATATAAGTTTTTTCAGCTTTTCAAATTGTAATAAAAAGACACGTAACATAAAATTTACCATCCTTATGATTTTTAAATATATAGTTCAGTTTTTTAAGCATATTTACAATGTTGTGAGAAGAATCTCCAGAACTTTTAATCTTGTAAATCTGAAACTGTATAGCCATTAAACAATTTCCCTTTTCCCCTTTGCCCAAACCGGTAATCACCATTCTACTTTCTGCTTCTATAAATTTTACTACTTTATATATCTTATATACATGAAATCATAAAGTATCTGTCTTTTTGTGACTAGCTTATTTCACTCTGTATAATGTTCTCAAGGTTTATCCATGTTGAGACATATGTCAAGATTTCACTCCTTTTTAAGGTTGAATAATATTGAATTATATGTATATACCATAATTTAAAAAATCTATTCATTCTGTCAATAAACATTTGCATTACTTCTACCTCTTGGCTATTGTAAGCTATGAACTTGGGTGTGTTAATCTCTCTTCAAGATGCTACTTTCAGTTCTTCTGGATAAATACCCAGAAGTGGGAGTGCTGAATTATATGGTAGTTCTAGTTTTATTTTTTGAGGAACCTCCATACTGTTTTCCATAGAAATTGCACCATTTTGCAGTCTCACCAACAGTGTACAAGAGTTCCAATTTCTCCACATCCTTACCAACACTTATTTTTTTATATAGTAGTCATCCTAATGGATGTGAGGTGGTATGCCATTGTGGTTTTCATTTGCGTTTCATTGACATTTAATGTTGGCCATTTATATATCTTCTTTGGAGAAATATTTATTCAAGTTATTTGGTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTCTGGAGTCTTGCTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCTCGGCTCTCTGCAACCTCCGCCTCTTGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCTGAATAGCTGGGACTATGGGTGCATGCTACCACACTTAGCTAATTGTTGTATTTTTAGTAGAGAGGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGATGGTCTCAATCTCCTGACCTCATGATTCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTGCAGGCGTGAGCCACCGTGCCCGGCCATTATTTGCCCATTTTTAAATTGGGTTATTTGAATTTTTGTTGTTATTGAGTTGTAGGAGTTTTAAAAATATATTCTGAATATTAACTCCTTATCAGATATATGATTTGAAAATGTTTTCTTGTATTCTGTAGGTTATCTTTTCACCATGTCAGTTGTGTCCTTTGATGCACAGAATATTTTAATTTGATGCAAACACATTTGTCTATTTTTGGTTTTGTTGTTTGTGTTTTTAGTGTCGTATTGAATAAATCGCTGTCTAGTCCAATTTTATTAAGTTTTTTTCTATGAGTTTTATAGTTTTAGGTCTTCCATTTAGGTCTTTGATCCATTTTGAGTTAATTTTGTGTATAATATAAGGCCTCCACTTCATTCTTTTACATATTGACATCAGTTTTCTTAGCACTATTTGTTGAAGAGATTGTCTTTTTCACATTGAGTGGTCTTGGCACCCTTGTTGAAGATTATTTGAGCATATATGGGAGGGTTTATTTCTGGGTTTTCTATTCTATTCCATTGGTCTATTTTAAAATAAAAATTTTATAGCTGATTTATTTATTTTATTGTCTCCCTTTTTAATGTAATGATGGCCACATTAAGGCAATTTGGAACAACTTGGGAATGATTTTATTTTGAAAAATTATTTTACTGGATATACAATTTTTGGATACTTTTTTTCTTTCAGTTCTTTGATTACATCATCACACTTTCTCCTGGCCTCCATTGTTTCTGAAGAGAAGAAATTGTATTGTTGCTTCTCTCTGAGTGATGAATCCTCTCCCACTTACTGTTTTCTCTGCCTTTGATTTTCAGCAATCTGACTCTGATGTGTCTAGATATGGATCTTGTTGTAATTATCTTACCTATGATTTGTTAAGCTCCTTGAATGTGTATATGAATATTTTTTAAAACAAATTTTGGAAGTTTTGGGCCATCATTTCTTAAAAAAAATTTTCTGTTCTTTCTCTCTCCCCTATCTTTTTGGAACTACCATTACATATATTTGGTATGCTTGATAATCTTTGAGGCTCTGTTTATTTATTGCTCATCATTTTTCTTTCTGTTCTTCAGATCAATTATATAATAGAAAGTCTGTATTTGAGTCATATTTTACTTTAATTTTTGAAATATGACTTTATTTAGTTTAGTGAATGTATAGTAGCTTTTCTACATCTTTGATAACACTCAAAACCAATTTCTGTTAACTAATTTTTTTTTCTGAATGTGGGTCACCCTTTCCTGTTTTATAATTTT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Seq C2 exon
CCATACCTTCAGAGTGTTATTTTCCTTTTTGTCATAAGGTGTCTGGAAATGAAGTATGGAAATGAAATAATGAATAAAGACCCAGTTTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000154263-ABCA10:NM_080282:28
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF126982=ABC2_membrane_3=FE(7.2=100)
A:
NA
C2:
PF126982=ABC2_membrane_3=PD(3.3=38.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)