HsaINT0000544 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000179869 | ABCA13
Description
ATP binding cassette subfamily A member 13 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:14638]
Coordinates
chr7:48489236-48506390:+
Coord C1 exon
chr7:48489236-48489344
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr7:48506336-48506390
Length
16991 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAATG
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
GAATAACACTCTACAGCCACCCATATGGAGGGGCCTTGCTGAACGAGGACAAGAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000179869:ENST00000435803:48
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF126982=ABC2_membrane_3=FE(11.8=100)
A:
NA
C2:
PF126982=ABC2_membrane_3=FE(5.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development