MmuINT0007650 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000004668 | Abca13
Description
ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 13 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2388707]
Coordinates
chr11:9542062-9566330:+
Coord C1 exon
chr11:9542062-9542173
Coord A exon
chr11:9542174-9566275
Coord C2 exon
chr11:9566276-9566330
Length
24102 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAATG
5' ss Score
5.46
3' ss Seq
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3' ss Score
9.22
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
GTAATGTTATTTATTTATAAGTATAAATGGACTACTTTCAATATAACAGTATTTTTAAAAATAGAAGTTTTACTTTTATTTTTTAACATTAAAATTTTTACTTTTAATTAATTATGAATTAATAATGAATGATAGGAAGAATGTCGAACAGTTCCCTACCAGCACTGCATGCATAAAAATGCACCAAGTTCTGGATTCCCTCTACCTCTTACATGAAATGTTCAACCTTCTTGAATCCGTGACCTTGTCTGTGAAACAAAAGGTGTTCTGAGAGTTTATTTCAAAAATTGTTCTACAGTTTAATACCATCTAGAAACAAAAGTAAATTAAAAATTTAAGGACACAACTGTATGGAACACTGTAGTAGAGAATAAAGATTTCCCTAATGTGTGATCATCGGGGAAGTGAAGATTGTAATTTGATTTATGTTGGCCTCTTGTCTCATCAATCACTTGCGTCAACCACTGACTGATTACCTATGCTTCTCATTTTGGAGAATGGCTCAGGTCCATTTCTAGAATCCAGAGTTGTTTTCTTGGTTTAGAGGTCTCTATCATCTTAAGCTGAGTAGATAAGCCATAATTTATCAAGTTGATTAAGTACCACTATGAAAACAACAACAACAACAACAACAACAATCCAGAAGCCTTAGGAGCAGCAGGCCACAGCTGTCACGGTTTGTTTAGCTTGTGCTTGTTGAAGCATCAGTCCTCATGGAGGGCAGTGCTGAGCAGCTACTCTAAGGAGTTCCCTTTGCTTCCTTTTAATATCTGCCTCCTAATTTTCCTGGGTTTCTTTTCTTTCATATATATGGGTGCTTCACTTACATGTATATCTATGTGCCAAGTGCATGCCTTGTCCTCCAGGAGGACAAAAGAAGGCATTGGATCTCCTTGATGGTACTGCAGTTGCCAATGGTTGTGACCCATTGTGTCAGTACTGGAACTCAAACCCAGGTCCTCTGTAAGAGAAACAAATACTCTAAATCACTGAGCCATCTCTTTGAACCTCTATCTTTTTACTTTTACTGGATTTTTGTGGTTTCCTTGTGCACACAAATGGCAAGTATTCTACCTTTGCCCATATCTCCAGCCTGCTAAAACCTTTTAAAATAAGGTGAATTAGTTTTGTCACTCTGATGATATCTAATAATAATGGATAATATCAAATATTAAAATGTGTATGGTTAAGAGAAGTACAAAAGAGTTATACAATCCTTCAGAGTAGGAACAGAAAAATGACTTTAATTAAGGGTCTAAACTATGTCAGGAACTCCATTACGATTTAGCATCTATGGTTTCTTTTTAATTTTCATGTCAGAATTTGTAAGATAATGTTTTATAGATGTACCCAATTGAGACTAGGTTCCACAACTTTATGGTTTTGATCGATTGTGGGTTTCTGTAGTGGTCTCCATCTGTTTCAGAGAGAAGTTTCCTTGATGAGAAAGTTGGTAAAGTCTTATCAAAATGACTGCACAAAAGTTATCTGAGGAAAGAAGACACCAGTGGATATGCTGAAATGTCCCTAAACATTGGGAAAACCCTGCGAGGCTTCAGCCCTTCATAAACGATAGGCAACTGAGGAAAGCTGTGACCTGGAGATATAGCCTTTTCCAGGGAAGGGTACACTGATCGGCTGTCCATTGTCAAATGGTCAGATCTGCAAACATATCAACAAGCTGTCTTATATAAAGTGAACTGATTATGTTTAGGAATATATTGAGTGTATACATAAGAATATATGCATATACTAAAAATGAGAAGAGAGAGCATGAGTTTGAAGGCAAGAGTTGGGGTATATGGGAGGATTTAGAGAGAAGAAAGGGAGGGAAAATACTGTGACTAAAGTATAATTTCAAAACTAAAATGAAAATAAAAGATAGGCACTATATACCCATTTTATTGGTTAGAAAACTGATATTCCTTATAATCATCTATGAGGCAGGTACTGAGCTAGTTTGGCTCTGGGGCATGGTGACCTCTTGTTCTCACTAAAAGCCATCTTCACCATCTTCACTTTTCTCTCATGTTCCATTGAGAAAGCCTTTCTTTGGACAGTCTCCATCAAGGAGTATCATAGTGGCCCTTGAGTGATAAGTAATACTTTGAGGTCAACTGGGCATTCTAGAAGTCAGGACAACAGGCCAAATTCTGGTGTGCTTCAGATTTCAAGGACTTCAGTTTGACCTTATCATGAAGTTGAGTCAGGAGAGTTTGGTCTTCTCTCTGAAAGGATTTTTTTTTCTTTGTAGCCAAATTCTACTTGACCTTGACTGATACTGCCAGGAGAAAAGAATTTTTTAGTCAGCCAATTGATGGTTTTTCCCAATGTCAAGGATAAGAGTAGTGTCGTGAAACGAATAGGAGAGAAAGAATGAGAGAAATGTACCTCTCACAAAGTAAAGGCACTTAGGCAAGATCAGGATGAAGCTAGAGAAGAGAGCATGCTAAAGTTCAAACAGATGGGAGAAACTTTGGGGCACTGGGGACAGGGACAGGAAAGTATTTAAGAATGAAAATAGAAATTTGGGCTTCTGAGGTTGAATGACTGAAGTCAGAACTGATAGCCCTTTGAGAAATGTCAGGAGAAAAGGTACTGCAGAGAAGGCCCATGTGTTCTGACGGACTGATGTGGAGTGAGTAGGGGGAAATATGCAGTAGGGTTCAGAACACTGGAGAGAAGAGATCAGAGCAGCCTTGCAACCTTACAAGTGACAAGTAGAGGTAGCCAGATGAGCAACCTCAGCTTTCTCATTCAGCCAGGGCACCAGACTGCTGTGTTGTCCATGGCTGGTGTCCTGAAGGGACACTAACTGTTGTTCCTCCCACTTCTTATCCACTCCTTTCCTGTTTATATTAGACATTCTCCACTCTATGTTCTAGGTTTCTATATTAAAAATGGAAATTTCATTTTTACCAAGAGTCTCACTGTTACTTCTTCTAGAGTCTTAGCTTTGATATGCTCTCTACAGTCTGCAGTTTTCTGTCTTTTGTGTCTGCCAGCCTACAGTTTCCCCTTGTGACTCTAACAGGCTACAGGCCCTGCTTTCTTGCTTGTTCTGGTCAGACATTTGAGCATCTTCGTTACCAGAACCTCATGCACACATCACACAGACTAACATCACATGGAGCCTCTCCTTGGCTTTGGGAGCGATTGGAGGAGCAGACTGACCACCACTACCTAAGGTTCACTGGCAACAAATTGTAACAAATGGTTTAGGCTCTGGCTCTGGGAACTTCTTTACCACTGCAGCACCTGCAGTGATAAACTGTTTTAGAGCAAAGAAAGTAGTCTCAGTTATCAGCAAGATGTCAGAGTAGAAAAACTTCAGGACATGGCTCCCCCAGGGATATATTACAGGAAAAACAGGAAATGGACTAAAACACCTTCCTGGGAGGTATGGAAGTCAAAGATTGACAGAAACCAAATACCCAATCAAGAAAAAGTAAGGGATTGCATGCAACCTTTGTTTGGCTTTGTCCCAACTACTCTTGGAATACCGTGTCACTGTTTTGGAGAACTGGTAGCTCAGTCCCAAGTACGTTCTTGTGAACTGGAAAGAGCAGTGCACCCAGGACTGTAAGAGGTCTGTCTATTCTATACTGCCTGTTAACTGCCTGAGAGTCTGGTCTCTGTGTCATGTTAATCTAGATGTTCTATGCATGAGATTCTGATAACGAAAGGTTCTAGAAAAAGTCAGAAAGCAGTGGATATGGCCTACTAAAGTCACAAAGGGGACTATGGGCTGTCAGATGCCAGGGGCAGAAAACTGCAAGCTACATGTAGAGGACATATCACAGCTAAGGTGTTAGAGGAAGCAGCAGTGAGATTCTTGGTAAATCTCAGGTGAGTGTGGCTTGGAGGAGAATTAGACAAGTCTGTTACCAGGAAATAGGAAAGATGTGGGAACCACAAGTACCCACCCCAAGTAATTGAGTGACATAGAACTAATATACAAGGGGTGGTGGTGTCATTCTTCCCCATCTATCTTTATTTGAGATAAGGTCTTTCCATATATCACAACTTGGCCTCAAATTCACAATCCTATCTTCTCTTACCAGTTAGAGGTATTGGAGACCTATGCTACCATGCCTTACTAGTTATTACAAATGCTTAATTTTGAACAGAATACTCCATGATTTCTTAAAACATTGATTTTATTATTATTCAGGTATGGTGAAGGGCAAGGGATAAGTAGACAATTGATTGAATGGTGAGTTGTTATATTCACAAATACTAAGGAGGGGGCATACCGCCTCATGGGAGGTACTGGGGAAGTTCAGGAGAGAAGAAAAGGAAATGTGGCAGAGCCTCTGATGCACTTGTGCAGGGAGCAGTATTGGGCCTTGGAGAGCAGAGTCAGCGTTGCTTTGGAGGAGTGAATGTGCTAAGGGGTATTGTTATATACTGAGTCTGCACCTAATTGGCAAGGACTTGGAGGTGATTAGAGTAGAGAGTACCAGAGCCTTGCTGCCTGGACCATAGTCATCCATCGATCCTGTCTGTAAACCTTGTCAGATAGCCAGACATCCTGATGATGCTCATCTCAGAAGCATCTACTTAAAGCAGTGGGCTCTTCATTTGTTTGTGGAGAAGCTGTGTTCAACTTGAAAAAACACATTTATTCTCTGTTATTGGAAATTTCTTTAAAGATATTTTATTTGTTTGCTTTGTGTCAGAGTTTCAATTTTTGACTTGTTTATGCACTCGCCGCTGGAAAGGAAGTTTTGTGCAATAAATTGGGAACACAGAAGACAACACCGCGGGAGGGTGCATTGTGGGTTGTTATTAAAATATTGATTAAGAACTCCCACTAGCAAAGCTCTGAGCAAAAATATTCTATCACATCCTTTTCCTCTTGCCCATTCATGTGGGAATTGGACCGAGCTGGATCTATGAGTTTAATATTATAATGAGAGCAAAGCTTAGCCAGGAGAGGAGGGTGATGGCAGAAGATGAGTCTTGTCTTCAGCTTTGGCCCCAGCAGCTATATAACA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A:
NA
C2:
PF126982=ABC2_membrane_3=FE(5.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types