HsaINT0001577 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000118777 | ABCG2
Description
ATP-binding cassette, sub-family G (WHITE), member 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:74]
Coordinates
chr4:89042787-89052365:-
Coord C1 exon
chr4:89052213-89052365
Coord A exon
chr4:89042945-89052212
Coord C2 exon
chr4:89042787-89042944
Length
9268 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATG
5' ss Score
8.99
3' ss Seq
TTATAATATTTGTGATTTAGGTT
3' ss Score
8.47
Exon sequences
Seq C1 exon
GATGATGTTGTGATGGGCACTCTGACGGTGAGAGAAAACTTACAGTTCTCAGCAGCTCTTCGGCTTGCAACAACTATGACGAATCATGAAAAAAACGAACGGATTAACAGGGTCATTCAAGAGTTAGGTCTGGATAAAGTGGCAGACTCCAAG
Seq A exon
GTAATGTGGAAAAACTGAAAGCATCATGATCAGCATAAGTAGGACTTTCCCTGTGTGGATAAAATGACTCTGATTCAGAAGTTTCCTGTAATGTGTATGGTCAAAAATGGTTGCTTTCCATAACAATGAGAAAAGTGGCTTGTTACATAATATGAACGTGGAAATTAACCTGGAAAAAAAATCTTCACATTGGTTGAATTCTGCACCTGAAGTGAGGCAATGTGGTGTTGTACGTGAAAGTGTTCATCACCTGGCCTTTCCTTATGCTCCTCCCCCACCTCATGGTTTAAGTCACGTCTCATTCCGTGTCTGCACTAACTTTTCTTCTTCCTCTTTTTCTCTTCCTCCTTTTAGTCACTCTTCCTCCAAGGGACTTTGTTCCATTGCTATTGAGGTATATTTCTGGGATTGATAAGTGATGAGAGTCCAAGGATTCTTGCTCTGTATCAGCAGTCCCCAACTTTTGCCACCAGGGACCAGTTTTATGGAAGACAGTTTTTCTATGGACCAGGGTAGGGGGGATGGTTTTGGGATAATTCAAGTGCATTACATTTATTGTACACTTTATTTCTATTATTATTTCATTGTAATATATAATGAAATAATTATACAACTCATCATAATATAGAATCAGTGGGAGCCCTAAGCTTGTTTTCCTGCAACTAGATGGTCCCATTTGGGGGTGATGGGAAACGGTGACACATCATCAGGCATTAGATTCTCATAAGGAACACACAATTTAGATCCTCGTACATGCAGTTCACAATAGGGTTCATGCTCCTATGAGAATCTAATGCCGCCACTGACCTGACAGGTGGAGCTCAGGTGGTAATGCAAGCATTGGGGAGCGGCTGTAAATACCGATGAAGCTTTGCTCACTTGCCTGCTGTGCATCCTGGTTCCCCAGAAGTTGGGGACCCCTGCTCTATATGTTTCAGTTTCCTATAATTTGGCTTCCAAAATTATATTTGGTCAAATTAGGATTTATTTCTCATTTATGTAGTGTCTGTTTTTTTTAATAGCCTTTCTTTTAATAGTTTTGTCTCTCATTCCCTCCCTTCTCTGCCTCTTTTTCTTCTGCCAAATGTTTACAGACTTTTGTATGCTAAGCTGTCTTTTAGGTTCTAGAGATACAATTGTGGGCAAGAGAGACAAAGTAACTCCTCCTCTTGTGGGTTGGAGAGGATCGTGAAGAAAAAAATGACATGAATGAATGAACTTTACAATTGATTAATATGTTTGGAAGATTTGCTGAGAAGATATTTGAAGCTTTGGGTGAAAATGAGCTTTTTGCATTGTAATGGCTATAGTGTAATCCCCTGTGATATCCCTTACTTAGAAGCAATGAAGAATGAGATGTTCTAATGGTGTATACTTCATATTATGCTTTCTGACAGTCCTTTCTGTTCAGGGTGTTTTACTGTATTTTGTTTGGAAGAGTAACTCTGAGATGCCACCATTCACTACTTATTTCCGCTTTATGAGTGATTGGGTTTTCTTTGCTTTGGTTCTGTTTGATTTTATCTTACCAGTAAGGTGTTTTGTTCCACTCTATTCTTTACCTTCAGGCAGCCATTGCCCTATGTTGCTTGTTAGGATATCTAGGGAAAATAGACTGTGAAGGCACAGCTATTGACTTCCTAGTTTATTTATCTAAATAATTGAAGCAATACATTTAAAATATGTTACTTTTTGTGAAATTTTAAACATAACAGAAATGTAGAGTGAATTGTCTGATTACTATAGTAATGATATGGCTATAGTATAATTAATATAATAATGAGACAATTAATATCATTTACATAGATTTCCCAGTTATTAACCTTAGGTATATATGGGGTCAATTTGGGGAGCCTCATGGTAATTGAAAAGGTGTTAATATCATATGAGAGAAAGTGAACTCTCCTAGCTGCAGAGCCCATGCTCTTATTGTAAGTCCACCTGGAGGCTGGGAGGGGAGAGAGTGTTAGAAGACTAATAATTATAGTTGCATTCACATTTTCTTCTCCTGACTTTATCTCCCTTTTTAGACTGTGATTTCACCATGTCACCTATCTTTTAGTGTTCTGAACTTCAAACTACATATTTGACTTGGTGAAGAACAAACTGTTAAAAGCAGGTGCTTTTTTTAAAAAATTTTATCTTTCACTAAAGTTCTGGGATACATGTGCAGAACGTGCAGGTTTGTTACATAGTATACATGTGCTATGGTGGTTTGCTGCACCCTTCAACCCATCATCTACATTCGGTATTTCTCCTAATGCTATCCCATCCCTAGCCCCTGACACCCTGACAGGCCCCAGTGTGTGATGTTCCACTCCCTGTGTCCATGTGTTCTCATTGTTCAACTCCCACTTATGAGTGAGAACATGCAGTGTTTCGTTTTCTGTTCCTGTGTTAGTTTGCTGAGAATGATGGTTTCCAGCTTCATCCATGTCCCTGCAAAGGACATGAACTCATTCTTTTTTATGGCTGCATAGTATTCCATGGTGTATATATGCCACATTTTCTTTATTCAGTCTATCATTATGGGCATTTGGGTTGGTTCCAAGTCTTTGCTATTGTGAATAGTGCTGCAATAAATACATGTGTGCATGTGTCTTTATAGTAGAATGATTTATAATCCTTTGCGTATATACCCAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATGGTATTTCTGGTTCTAGATCCTTGAGGAATCACCACACTGTCTTGCACAATGGTTGAACTAATTTACACTCCCATCAACAGTGTAAAAGCATTCTTATTTCTCCACATCCTCTCCAGCATCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAATCATCGCTATTCTAACTGGCATGAGATGGTATCTTATTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTAATGACCAGTGATGATGAAGTTTTTTTCATATGTTTGCTGGCTACATAAATGTCTTCTTTTGAGAAGTGTCTGTTCATATCCTTTGCCCAATTTTTGATGGGGTTGTGTTTTTCTCATAAATTTGTTTAAGGTCTTTGTAGTTTCTGGATATTAGCCCTTTGTCAGATAGATTGCAAAATTTTTCTCCCATTCTGTAGGTTGCCTGTTCACTCTGAAGATAGTTTTTTTTTTTCTTTCTTTTTTTTTGCTGTGCAGAAGCTCTTTAGTGTAATTAGATCCCATTTGTCAATTTTGGCTTTTGTTGCAATTGCCTTCAGTGTTTTAGTCATGAAGTCTTTGCCCATGCCTATGTCCTGAAGGGTATTGCCTAGGTTTTCTTCTGGGGTTTTTACAGTTTTAGGTCTTACATTTAAGTCTTTAATCCATCTTGAGTAGAGGTGTAAGGAAGTGGTCCAGTTTCAGTTTTCTGCATATGGCTAGCCAGTTTTCCCAGCACCATTTATTAAATACAGAATCCTTTCCCCGTTGCTTGTTTTTGTCAGGTATGTCAAAGATCAGATGGTTGTAGATGTGTGGCATTATTTCTGAGGCCTCTGTTCTGTTCCATTGGTCTATATATCTGTTTTGGTACCAGTACCATGCTGTTTTGGCTACTGTAGCCTTGTAGTATAGTTTAAAGTCAGGTCACGTGATGCCTCCAGCTTTGTTCTTTTTGCATAGGATTGTCTTGGCTATACAGGCTTTTTTTTGGGTTCCATATGAAATTTAAAGTAGTTTTTTTTCTAATTCTGTGAAGAAAGTCAATGGTAGCTTGATGGAGATAGCATTGAATCTCTATATTACTTTGGGCAGTATGGCCATTCTCATGATATTGATTCTTCCTATCCATGAGCATGAAATGTTTTTCCATTTGTTTGTGTACTCTCTTATTTCCTTTGTGGTTTGTAGTTCTCCTTGAGGAGGTTTTTCACATCTTTTGTAAGTTGTATTCCTAGGTATTTTATTCTCTTTGTACCAATTGTGAATGGAAGTTCATGATTTGGCTCTCTGTTTGTCTATTATTGGTGTATAGGAATGCTTGTGATTTTTGCACATTGATTTTGTATCCTGAGACTTTGCTGAAGTTGCTTATCAGCCTTCAGAGATTTTGGGCTGAGACAAGGGGCTTATCTAAATATACAATCATGTCATCTGCAAACAGAGACAATTTGACTTCCTCTCTTCCTATTTGAATACACTTTATTTCTTTCTCTTGCCTGATTGCCCTGGCCAGAACTTCCAATATTATGTTGAATAGGAGTGGTGAGAGAGTGCGTCCTTGTCTTGTGCCGGTTTTCAAAGGGAATGCTTCCAGCTTTTGCCCATTCAGTATGATATTGGCTGTGGGTTTGTCATAAATAGCTCTTATTATTTTGAGATACATTCCATCAATACCTAGTTTATTGAGAGTTTTTAGCATGAAGGGGTGTTGAATTTTATCGAAGGCCTTACTGCATCTATTGAGTTAATCATGTGGTTTTCGTCATTTGTTCTATTTATGTGATGGATTACATTTATTGATTTCTATATGTTGAAGCAGCCTTGCATCCCAGGGATGAAGCTGACTTGATCATGGTGGATAAGGTTTTTGATATGCTGCTGGATTCAGTTTGCCAGTAGTTTATTGAGGATATTCACATTGATGTTGATCAGGGATATTGGCCTGAAATTTTCTTTTTTTGTTGTGTCTCTGCCAGGTTTTGGTATTAGAATGATGCTGGCCTCATAAAATGAGTTAGGGAGAAGTTCCTCTTTTTCTATTGTTTGGAATAGTTTCAGAAGGAATGGTACCAGCTCCTCTTTGTACCTCTGGTAGAATTCGGCTGTGAATCTGTCTGGTCCTGGACCTTTTTTGGTTGGTAGGCTATTAATTATTGCCTCAATTTCAGAACTTGCTATTGGTCCACTCAGTGATTCGACTTCTTCCTGGATTAGTCTTGGGAGGGTGTGTGTGTACAGGAAAATCCATTTCTTCTAGATTTTCTAGTTTATTTGCGTAGAGGTGTTTATAGTATTCTTTGATGGTAGTTTGTATTTCTGTGGGATCAGTGATTATATCCCCTTTATCATTATTTATTGTGTCTATTTGATT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Seq C2 exon
GTTGGAACTCAGTTTATCCGTGGTGTGTCTGGAGGAGAAAGAAAAAGGACTAGTATAGGAATGGAGCTTATCACTGATCCTTCCATCTTGTTCTTGGATGAGCCTACAACTGGCTTAGACTCAAGCACAGCAAATGCTGTCCTTTTGCTCCTGAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000118777-ABCG2:NM_004827:5
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.059 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0000522=ABC_tran=FE(33.1=100)
A:
NA
C2:
PF0000522=ABC_tran=PD(23.8=67.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)