HsaINT0001577 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000118777 | ABCG2
Description
ATP binding cassette subfamily G member 2 (Junior blood group) [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:74]
Coordinates
chr4:88121635-88131213:-
Coord C1 exon
chr4:88131061-88131213
Coord A exon
chr4:88121793-88131060
Coord C2 exon
chr4:88121635-88121792
Length
9268 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATG
5' ss Score
8.99
3' ss Seq
TTATAATATTTGTGATTTAGGTT
3' ss Score
8.47
Exon sequences
Seq C1 exon
GATGATGTTGTGATGGGCACTCTGACGGTGAGAGAAAACTTACAGTTCTCAGCAGCTCTTCGGCTTGCAACAACTATGACGAATCATGAAAAAAACGAACGGATTAACAGGGTCATTCAAGAGTTAGGTCTGGATAAAGTGGCAGACTCCAAG
Seq A exon
GTAATGTGGAAAAACTGAAAGCATCATGATCAGCATAAGTAGGACTTTCCCTGTGTGGATAAAATGACTCTGATTCAGAAGTTTCCTGTAATGTGTATGGTCAAAAATGGTTGCTTTCCATAACAATGAGAAAAGTGGCTTGTTACATAATATGAACGTGGAAATTAACCTGGAAAAAAAATCTTCACATTGGTTGAATTCTGCACCTGAAGTGAGGCAATGTGGTGTTGTACGTGAAAGTGTTCATCACCTGGCCTTTCCTTATGCTCCTCCCCCACCTCATGGTTTAAGTCACGTCTCATTCCGTGTCTGCACTAACTTTTCTTCTTCCTCTTTTTCTCTTCCTCCTTTTAGTCACTCTTCCTCCAAGGGACTTTGTTCCATTGCTATTGAGGTATATTTCTGGGATTGATAAGTGATGAGAGTCCAAGGATTCTTGCTCTGTATCAGCAGTCCCCAACTTTTGCCACCAGGGACCAGTTTTATGGAAGACAGTTTTTCTATGGACCAGGGTAGGGGGGATGGTTTTGGGATAATTCAAGTGCATTACATTTATTGTACACTTTATTTCTATTATTATTTCATTGTAATATATAATGAAATAATTATACAACTCATCATAATATAGAATCAGTGGGAGCCCTAAGCTTGTTTTCCTGCAACTAGATGGTCCCATTTGGGGGTGATGGGAAACGGTGACACATCATCAGGCATTAGATTCTCATAAGGAACACACAATTTAGATCCTCGTACATGCAGTTCACAATAGGGTTCATGCTCCTATGAGAATCTAATGCCGCCACTGACCTGACAGGTGGAGCTCAGGTGGTAATGCAAGCATTGGGGAGCGGCTGTAAATACCGATGAAGCTTTGCTCACTTGCCTGCTGTGCATCCTGGTTCCCCAGAAGTTGGGGACCCCTGCTCTATATGTTTCAGTTTCCTATAATTTGGCTTCCAAAATTATATTTGGTCAAATTAGGATTTATTTCTCATTTATGTAGTGTCTGTTTTTTTTAATAGCCTTTCTTTTAATAGTTTTGTCTCTCATTCCCTCCCTTCTCTGCCTCTTTTTCTTCTGCCAAATGTTTACAGACTTTTGTATGCTAAGCTGTCTTTTAGGTTCTAGAGATACAATTGTGGGCAAGAGAGACAAAGTAACTCCTCCTCTTGTGGGTTGGAGAGGATCGTGAAGAAAAAAATGACATGAATGAATGAACTTTACAATTGATTAATATGTTTGGAAGATTTGCTGAGAAGATATTTGAAGCTTTGGGTGAAAATGAGCTTTTTGCATTGTAATGGCTATAGTGTAATCCCCTGTGATATCCCTTACTTAGAAGCAATGAAGAATGAGATGTTCTAATGGTGTATACTTCATATTATGCTTTCTGACAGTCCTTTCTGTTCAGGGTGTTTTACTGTATTTTGTTTGGAAGAGTAACTCTGAGATGCCACCATTCACTACTTATTTCCGCTTTATGAGTGATTGGGTTTTCTTTGCTTTGGTTCTGTTTGATTTTATCTTACCAGTAAGGTGTTTTGTTCCACTCTATTCTTTACCTTCAGGCAGCCATTGCCCTATGTTGCTTGTTAGGATATCTAGGGAAAATAGACTGTGAAGGCACAGCTATTGACTTCCTAGTTTATTTATCTAAATAATTGAAGCAATACATTTAAAATATGTTACTTTTTGTGAAATTTTAAACATAACAGAAATGTAGAGTGAATTGTCTGATTACTATAGTAATGATATGGCTATAGTATAATTAATATAATAATGAGACAATTAATATCATTTACATAGATTTCCCAGTTATTAACCTTAGGTATATATGGGGTCAATTTGGGGAGCCTCATGGTAATTGAAAAGGTGTTAATATCATATGAGAGAAAGTGAACTCTCCTAGCTGCAGAGCCCATGCTCTTATTGTAAGTCCACCTGGAGGCTGGGAGGGGAGAGAGTGTTAGAAGACTAATAATTATAGTTGCATTCACATTTTCTTCTCCTGACTTTATCTCCCTTTTTAGACTGTGATTTCACCATGTCACCTATCTTTTAGTGTTCTGAACTTCAAACTACATATTTGACTTGGTGAAGAACAAACTGTTAAAAGCAGGTGCTTTTTTTAAAAAATTTTATCTTTCACTAAAGTTCTGGGATACATGTGCAGAACGTGCAGGTTTGTTACATAGTATACATGTGCTATGGTGGTTTGCTGCACCCTTCAACCCATCATCTACATTCGGTATTTCTCCTAATGCTATCCCATCCCTAGCCCCTGACACCCTGACAGGCCCCAGTGTGTGATGTTCCACTCCCTGTGTCCATGTGTTCTCATTGTTCAACTCCCACTTATGAGTGAGAACATGCAGTGTTTCGTTTTCTGTTCCTGTGTTAGTTTGCTGAGAATGATGGTTTCCAGCTTCATCCATGTCCCTGCAAAGGACATGAACTCATTCTTTTTTATGGCTGCATAGTATTCCATGGTGTATATATGCCACATTTTCTTTATTCAGTCTATCATTATGGGCATTTGGGTTGGTTCCAAGTCTTTGCTATTGTGAATAGTGCTGCAATAAATACATGTGTGCATGTGTCTTTATAGTAGAATGATTTATAATCCTTTGCGTATATACCCAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATGGTATTTCTGGTTCTAGATCCTTGAGGAATCACCACACTGTCTTGCACAATGGTTGAACTAATTTACACTCCCATCAACAGTGTAAAAGCATTCTTATTTCTCCACATCCTCTCCAGCATCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAATCATCGCTATTCTAACTGGCATGAGATGGTATCTTATTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTAATGACCAGTGATGATGAAGTTTTTTTCATATGTTTGCTGGCTACATAAATGTCTTCTTTTGAGAAGTGTCTGTTCATATCCTTTGCCCAATTTTTGATGGGGTTGTGTTTTTCTCATAAATTTGTTTAAGGTCTTTGTAGTTTCTGGATATTAGCCCTTTGTCAGATAGATTGCAAAATTTTTCTCCCATTCTGTAGGTTGCCTGTTCACTCTGAAGATAGTTTTTTTTTTTCTTTCTTTTTTTTTGCTGTGCAGAAGCTCTTTAGTGTAATTAGATCCCATTTGTCAATTTTGGCTTTTGTTGCAATTGCCTTCAGTGTTTTAGTCATGAAGTCTTTGCCCATGCCTATGTCCTGAAGGGTATTGCCTAGGTTTTCTTCTGGGGTTTTTACAGTTTTAGGTCTTACATTTAAGTCTTTAATCCATCTTGAGTAGAGGTGTAAGGAAGTGGTCCAGTTTCAGTTTTCTGCATATGGCTAGCCAGTTTTCCCAGCACCATTTATTAAATACAGAATCCTTTCCCCGTTGCTTGTTTTTGTCAGGTATGTCAAAGATCAGATGGTTGTAGATGTGTGGCATTATTTCTGAGGCCTCTGTTCTGTTCCATTGGTCTATATATCTGTTTTGGTACCAGTACCATGCTGTTTTGGCTACTGTAGCCTTGTAGTATAGTTTAAAGTCAGGTCACGTGATGCCTCCAGCTTTGTTCTTTTTGCATAGGATTGTCTTGGCTATACAGGCTTTTTTTTGGGTTCCATATGAAATTTAAAGTAGTTTTTTTTCTAATTCTGTGAAGAAAGTCAATGGTAGCTTGATGGAGATAGCATTGAATCTCTATATTACTTTGGGCAGTATGGCCATTCTCATGATATTGATTCTTCCTATCCATGAGCATGAAATGTTTTTCCATTTGTTTGTGTACTCTCTTATTTCCTTTGTGGTTTGTAGTTCTCCTTGAGGAGGTTTTTCACATCTTTTGTAAGTTGTATTCCTAGGTATTTTATTCTCTTTGTACCAATTGTGAATGGAAGTTCATGATTTGGCTCTCTGTTTGTCTATTATTGGTGTATAGGAATGCTTGTGATTTTTGCACATTGATTTTGTATCCTGAGACTTTGCTGAAGTTGCTTATCAGCCTTCAGAGATTTTGGGCTGAGACAAGGGGCTTATCTAAATATACAATCATGTCATCTGCAAACAGAGACAATTTGACTTCCTCTCTTCCTATTTGAATACACTTTATTTCTTTCTCTTGCCTGATTGCCCTGGCCAGAACTTCCAATATTATGTTGAATAGGAGTGGTGAGAGAGTGCGTCCTTGTCTTGTGCCGGTTTTCAAAGGGAATGCTTCCAGCTTTTGCCCATTCAGTATGATATTGGCTGTGGGTTTGTCATAAATAGCTCTTATTATTTTGAGATACATTCCATCAATACCTAGTTTATTGAGAGTTTTTAGCATGAAGGGGTGTTGAATTTTATCGAAGGCCTTACTGCATCTATTGAGTTAATCATGTGGTTTTCGTCATTTGTTCTATTTATGTGATGGATTACATTTATTGATTTCTATATGTTGAAGCAGCCTTGCATCCCAGGGATGAAGCTGACTTGATCATGGTGGATAAGGTTTTTGATATGCTGCTGGATTCAGTTTGCCAGTAGTTTATTGAGGATATTCACATTGATGTTGATCAGGGATATTGGCCTGAAATTTTCTTTTTTTGTTGTGTCTCTGCCAGGTTTTGGTATTAGAATGATGCTGGCCTCATAAAATGAGTTAGGGAGAAGTTCCTCTTTTTCTATTGTTTGGAATAGTTTCAGAAGGAATGGTACCAGCTCCTCTTTGTACCTCTGGTAGAATTCGGCTGTGAATCTGTCTGGTCCTGGACCTTTTTTGGTTGGTAGGCTATTAATTATTGCCTCAATTTCAGAACTTGCTATTGGTCCACTCAGTGATTCGACTTCTTCCTGGATTAGTCTTGGGAGGGTGTGTGTGTACAGGAAAATCCATTTCTTCTAGATTTTCTAGTTTATTTGCGTAGAGGTGTTTATAGTATTCTTTGATGGTAGTTTGTATTTCTGTGGGATCAGTGATTATATCCCCTTTATCATTATTTATTGTGTCTATTTGATT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Seq C2 exon
GTTGGAACTCAGTTTATCCGTGGTGTGTCTGGAGGAGAAAGAAAAAGGACTAGTATAGGAATGGAGCTTATCACTGATCCTTCCATCTTGTTCTTGGATGAGCCTACAACTGGCTTAGACTCAAGCACAGCAAATGCTGTCCTTTTGCTCCTGAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000118777:ENST00000237612:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.059 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0000522=ABC_tran=FE(33.1=100)
A:
NA
C2:
PF0000522=ABC_tran=PD(23.8=67.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development