HsaINT0001806 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000143322 | ABL2
Description
v-abl Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:77]
Coordinates
chr1:179068462-179078576:-
Coord C1 exon
chr1:179078343-179078576
Coord A exon
chr1:179078034-179078342
Coord C2 exon
chr1:179068462-179078033
Length
309 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTAACT
5' ss Score
5.86
3' ss Seq
TACATCTTCCATGTCCTCAGGGC
3' ss Score
9.58
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTTCATCAGAGGTGCACAGGCCTCTAGTGGATCCCCAGCACTGCCTCGAAAGCAAAGAGACAAGTCACCCAGCAGCCTCTTGGAAGATGCCAAAGAGACATGCTTCACCAGGGATAGGAAGGGGGGCTTCTTCAGCTCCTTCATGAAGAAGAGAAATGCTCCTACACCCCCCAAACGCAGCAGCTCCTTCCGAGAAATGGAGAATCAGCCCCATAAGAAATACGAACTCACGG
Seq A exon
GTAACTTCTCATCTGTTGCTTCTCTACAGCATGCTGATGGGTTCTCTTTCACTCCTGCCCAGCAAGAGGCGAATCTGGTGCCACCCAAGTGCTATGGGGGGAGCTTTGCACAGAGGAACCTCTGTAATGACGACGGTGGTGGGGGTGGGGGCAGTGGCACTGCTGGGGGTGGGTGGTCTGGCATCACAGGCTTCTTTACACCACGCTTAATCAAAAAGACACTGGGCTTACGAGCAGGTAAACCCACAGCCAGTGATGACACTTCCAAGCCTTTTCCAAGGTCAAACTCTACATCTTCCATGTCCTCAG
Seq C2 exon
GGCTTCCAGAGCAGGATAGGATGGCAATGACCCTTCCCAGGAACTGCCAGAGGTCCAAACTCCAGCTGGAAAGGACAGTGTCCACCTCTTCTCAGCCAGAAGAGAATGTGGACAGGGCCAATGACATGCTTCCAAAAAAATCAGAGGAAAGTGCTGCTCCAAGCAGGGAGAGACCAAAAGCCAAGTTATTGCCCAGAGGAGCCACAGCTCTTCCTCTCAGAACACCCTCTGGGGATCTAGCCATTACAGAGAAGGACCCTCCAGGGGTGGGAGTGGCTGGAGTGGCAGCTGCCCCCAAGGGTAAAGAGAAGAATGGTGGGGCACGACTTGGGATGGCTGGAGTTCCAGAGGATGGAGAGCAGCCGGGCTGGCCTTCTCCAGCCAAGGCTGCCCCCGTCCTCCCAACCACTCACAACCACAAAGTGCCAGTCCTTATCTCACCCACTCTGAAACACACTCCAGCTGACGTGCAGCTCATTGGCACAGACTCTCAGGGGAATAAATTCAAGCTCTTATCTGAGCATCAGGTCACATCCTCTGGAGACAAGGACCGACCCCGACGGGTAAAACCAAAGTGTGCCCCACCCCCACCACCAGTGATGAGACTACTGCAGCATCCGTCCATCTGCTCAGACCCTACAGAAGAGCCAACTGCCCTAACTGCAGGACAGTCCACATCAGAAACACAGGAAGGAGGAAAGAAGGCAGCTCTGGGCGCAGTGCCCATCAGTGGGAAAGCTGGGAGGCCAGTGATGCCTCCACCTCAAGTGCCTCTGCCCACATCTTCCATCTCGCCAGCCAAAATGGCCAATGGCACAGCAGGTACTAAAGTGGCTCTGAGAAAAACCAAACAGGCCGCTGAGAAAATCTCAGCAGACAAAATCAGCAAAGAGGCCCTGCTGGAATGTGCTGACCTACTGTCCAGTGCACTCACGGAACCTGTGCCCAACAGCCAGCTGGTAGACACTGGACACCAGCTGCTTGACTACTGCTCAGGCTATGTGGACTGCATCCCTCAAACTCGCAACAAATTTGCCTTCCGAGAGGCTGTGAGCAAACTGGAACTCAGCCTGCAGGAGCTACAGGTTTCTTCAGCAGCTGCTGGTGTGCCCGGGACAAACCCTGTCCTTAATAACTTATTGTCATGTGTACAGGAAATCAGTGATGTGGTGCAGAGGTAGCCACTGTTAGCCTGGTGGGAAAATGCACACATTTCTGAGGGGAGAGGGAAAAGGACTTGTTTTCCTGTGTTCTTGTTTTCAGAAAATGAAAGACTCATACTTGAGTGTGTTTATGTGAAGTACCTCAGATCCCTGAGTTCTCACGTTTACAGTTTCATCTCAAAAATAAGAAGCAAACCACATAAGTATAGGAGAGGTAAATTAAGTGGGGGCAAGGCAGTAGTGGACAGGGTTGGAAACTGCACTGGAAAATAGGGAACATGTGTATGTCATAAGGAAGGCAATGCAGCCCATCCCTACCTGGAATGCTGGGAAGTGCTAGGCAGGGCTGCTCTCAGCAAGACTGCAGCAGCTGCACCCAGACCTGGGGCTCTGGTAGGTACTAATGGTGATTATGCTCCAATTTACCTAATGAATTTGGTGGGACAGCAGAAAAGAAAGCTGGGAATGTACCAAGAGAAATTTTTGTTCAGGGCTGTTGGAAGTAGCTGTTAGCCTTGCTTCCACAAGGCCATTGCTGCTGTAATAAGAACTGCAAATCAGAGTGCTACAACATAAAACTGGGAAATATGGCCCTATCTGAATGCCTCTGTCCTATTTTCCGCTGGTGTATCAGTTAGTGCAGGAAGTAAAGAATGCTGGAAAGTTGAATCAGAAATTGAAAACCTTCTAAAATCTTACACAGATTAGCAGAAGTCACTTCTCCCAGTCTGGTATATTATTTCATAATGGACCAGGATCGGCTTCCTGCCTGTTGGTGGCTATCTGTAAACCATAAGTACAGGGGTCTCCCTAGTGGTTCTTCTCTGTCTTTTGCTGGGCAGGCTGTCTTCCTTTATTCCTGGTAGCATTCAGAGCATTAACCAGTGTTGATTTTGAAAATAGTAGTCCCTACAGGTTCTCACAAAGGAATGAATCCTGTTCTGATACAGTTCCCCTGCATACTGACATACTGGCCAAGGACTTGAGCAGCTGTGTATTTTTCTTTATCAACTAAAATACCAGGGAGATGGTCTTTTCTTGAAACCCAGTGGCCTGTATGTGACTGAGAGGAAAAGCTGGCTTGGTCCTAATGGCTGTTTCTCTGTACCTTTCCCTTCCCTTACCACCTTAAGCCCAATCCAGGTAGAGAATAGGGAGAGGCATTCTCCTCTCTATGGATTTGAAGTGAATCACCCCCACATTATTCTCACATGCTTTTCTTCTCTCACATATTCCTCCCTACTCCCCCACCCAATCATTGTGCTTATTTGTACAGATCTTATTGGGAATATTCTTTATTTATTTTGTCATTTCACTTCTATTTTAAGAATGCATAATTGAAGGAGTAGTCATTTTCAGGGAGCACCAGGTAGACCCTGGGAACCTAATGACTTAATCCTTAAATATGTTTTGCCCTTGAAAAATAGGCCTTTTCCTTCCTTCCTTAGTTATAATTGTGGAAGCTAATTAGGATGGCATGGAAGTGAATCTAATGAGTTAGGTATTATTAATGTTCTTGGTATCGGGTCTAATTCCAGTTACTGCTTCATTCTCTTTTTAAAGCTTTATGAATACTTCCCCCATCCTCCCCAAGGAGAGCTCAATACACACATATTTTTATTTTATTCTCTCAAAGGAATATTAGCTTAGGAAGATAGGAATTCAACATTGAGCACTGAGTTTTCTTCTGGCTCTGTCATTGATACACTGTCAAACCACAGCCTCATCTCTTAATCTATTTAATTAAGGTAACAGTACATGTTCTCAAGGGTGTTGCAAGTAAGTGTGCAGCTATCCCTTGGAGAGCCTCTCTGGAAAGCTCTTTTAGTGCAGTGTTGTTATGCTGAATTGTTTTCCATTATCTTATTTGCTGAGTAGAAAATATTAATGAAATTAAGAATTGTTGAGATTATATGAATTGGGCTAGAATACTAAGGGGAAAACTATGTTTTGAATAGAGTTTGGCATTTTTGACCAAGAACAAAATTGAGTTTTCATTGGAAAGAAAGGAAACCTTGATTCTTACCATTGCTGCTCCAAAGGAGGCCCAGGTTAAGAGGATTAGAGGAGACACGCGGTGCTGGGCATTCCTGGCAGGTGTTGGGTGATCCCCGCAGTATGTCACCTGCAGTTGCAGCACAGGCAGCTAGTGATTGGGTTCATCTCCTCCTAGTGGTTGGAAGAGAACTCAGATGTAAAAACCAGCGGTCCTTCTCCCACCTTCTTTCCTGCCATTCTTGCTCATCATACATGTCCGTAAACTTGAAGAACTCGTTTTAGCAGCTAGCCTTTTAAGGTCGAGGATGGGAAAGCTAAAACTGTAGAATATTATTATGCTGCTTTTTAGGTTTATCCCTGTTGTTGTGGGATGCAAGTTAAGGGATTGTAATTGTTTTTCAGGGTTTTTTTGTTTTTTGTTTTTTAAGCAAGGGCTCTATTTTCCCTTGAGAGTTCTGGAACTAAGCCTTGGAGAAACACTACTGAGTGTATTTAGGCTCCCTGGTTTTCTTGCCCAACAACAATCTGAAGGGTAGGGGGTGGGGGCTGTGTCTTACTCAGGGGCAGCACCTAGCTGTCTTGCCTACAGTGGGTGCACGATATATAAATGGAATTGATTTTTGTCAACACTGTCAAGAGTGGCATTGACTATTGGAGCATACCCCGTCCACATGATGCTTGAACTATGTAACTTCAGGGGTTGAGGGCTCAAGGTTCAGGTTAAAGAGGCACTGTCAACTTACTATACAAGCATAATTTAGGTTTTTCCTTTTTCTACTTGAAAAGGACCAGCTTAAACACAAACCCTTATGTAAATTAAAAGGTTTGAATCCAAAGCAGAGAGAACTGCTTCTGGAAAAGTGTAGTTTAATTTTAACTATTCTAAAAGCAATGAGCAAAGGCCCTTGTCCAAGGCGTTGACAGTTTTCTAAAGTGGTTATGCTGTATATCTGGATGCATGCCTTTGGGCTGCCACTGCTTGATTCCTTTCATGTACAGATAATATTACTTCAGTTTAGATTTCCCACTTTAAAATGCAGTGATTTGTGTTGAATACATCTTGATTGTGCTTTACCTAAAGTATTTTCTTAAAAGGCTTTGTGTAAAATTTAAATGTATATATTTTCCTGTAGACTTCCATCATGATTTTCAGAGATTAGCCTTAAAAAATTTGGCCCTAAGAAATTCATTCAGTGTTTTTCTAGATGACCTCTGTACATAGAGGTCATTATAGTGGAGACCCTTTACCAGCAGCATTTTAAGATTTAAATTAGATAGAAAGTTTCTTAGGATTCAACTGAAAATTGGCTAGTAAAATATGTCCCAGGTAATAAAGCATGCTGACTTTGCTAAGGCACTGCCCATTTTTATTTAACTAAAGTCATGGAGATTTTGAGTTTAAAGGATGCAGTATAGATAGTGGTTTAGTGTTTAGGCTCTAATGCCAGTCTAAAAGGCAAGTCATTTAACCTTGGGAGCCTCAGTTTCCTCACTGTAAAACAGGGATAATAATAGTAACTACCTCAGGGTTGTTGTAAGGATTAAATGAGATGATATTTGTAAGATACTTAGCTCAAGTGCCTGGCACACAATGAGCACACTCTATAAATGTTCTACTACTACTATTATTAACACCTAGTCTAGGGATGCACAGCAGAATCCCCTAGGGTTAAAAAACAAAACAAAACAAACAAAAAAAACTGACGGAATAGCCCCACTCCAGATCAGAATTCCCAGTGGGCTGGGGTCTCGGCCAGTGTATTCTCCAGTAATCTCGCCAGGTGTTTGAAACACCCAGTGCTATCTGAAAACTATCAGTACCCCAACCCTTTGGTTTATAGATTAAGAAACTAGCAGAAGATGGTTAAATTACTTGCCTATTGTCTCAGAACGGTTAATTAGTGGCGGAGCCAAGGCTAGAATTCAAGTCTCTTGACTTTATGGTTGTGGGGTCTTTCCACCATACCTGCTGCCATGTGAGACACTGCAAAAAAGTGGCTCAGACCGACAATCAGCCTGTGTGGTGCTGCACACTTTCTAAAGCACATGCTCCTGACACTTTGACCTTAAGGGGCTTGAATGTGGAGTAATGGGAACACAAGCCAAGCAAGCACTCAGTAGAATTCAGTCATTTAAAAAATTCAATGGGGTCATTCTTTTGGACAGACCTCAGCAACACAGCAATGTGCACTTTGTAGTAAAGAAATACCAACTTGAGTTTTTAAAAAACCTAGTTAGTCCTACATTCCCTTTTCTTTAAAAAAACTTTATTGTTCACATTATTTTAATGACTATGAGATAATGTATATGACAGCACTTTGAGAAAATATCAACTGTAATATAACTATAAGGTTGTAGTATTGTCTGTTTAAAAGATAAGACAGTTGATTCAATGTGGATGGACCCTGTGGGGTACCTGAAAATGTAGATACGTAAGAATCACCTCTGTCATTTATCACATTTAGAAATATGAAACTGCTTAACAGGTATGAGCAGGTATAGCAAGTGTTTGCTAAAGTTGTAGTTCAGAGCTGAATTACTTCAGGAAACTAGGGACCAACTTTTTGGTTTAATTCCGATCTTTAAAAAGTAAGAATGTGTACTCACTCCAGAACACAGAAGCTCTTCCAAGGACCTTGACTCAAGAAGGATGAGGTCCTCTTACTCTTCTCCATTTATCCACTATATGCTTGGCCATTTATCCTAAATGTGGTGGGAACAGACTTGTTATCTGTTGATGTTGACAGTGTCTTTTTTAACCTATGTCCTGCATAGTTTTGTTAGGTTTACAGGGGGAGGTGGATGGCCATAAAACCAGTGCACTTTGGGAATTACTTTTCTAGGATTTCCTACCAGTTATAAATGACATTGACATTTGTCATCTTTTTTTTCTTTTTCTAAAAAGAATAGCTGAATTTAATTCACCTATTATAAAATACTCAAAAGTAAATTGCCTTGGTGGCCACTTCTGAATTATAGCTACATTTCATTATGACCCCTTCTGCTCCCTTCCATTTTGCTACTGATGTCATTCTTGTTATCAGGCTGTGCCCCTACCAGGAGTTCATATTGGGTTGACAGGGTTATCTATATTTTTGTTCTTGATTTTTGAGTTTCATCATCTTGCATTAAATTGTTCCACCTGGATTTGGGGTTCATCTCTGTGCCCTAAGGATCTGCTATGACCAATCCTCTTTTTGTAGGTGGGTCTCTGGCTTAAGTATTGATAGGCTTCAGCGGTTTGTGTCTCTGTCTTAGCTTGTATCAAGCCAGTAGTAGCTCACTTCCTTTGTAAATTCCTGCTTCAGTCTGGGATCCGTAGGAGTATGTGAGAACTTCTGAAACGTCTCCAACTCTTAACAGTCAAGATATCTATATCATTTGGATAGAGTTCTGGTTTTCCAACTACTAGACTTAAAGAAATTCTGGCCGGGTGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGGGGCTGAGGCGGGTGGATCACGAGGTCAGGAGATTGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCACCTCTACTAAAAATACAAAAACTTAGCTGGGCGTGGTGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTGGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCAGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCCAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGTGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAATTCTAATGCAAAGCTTGCTTTTTTTTTCTTTTTTCCAGCAAGCCAGTAGTAATAGTTATTGTTACTTGCTCTGTTCAGCACAACTGTAGTTCACTTGAACTTCACTGTCATTCCCTACGCTCCTCTCTTACTGAGAAGCATGGGTGGGATTCAGGGCTGTGGGACAAGCTACAGCCTACTCTGGAGCACTCACCCCCATGACTCAGTCCAGCCTGTCTCTTGGGAAGTTTATTGCAATGTGCAGACGGATGAATTTCTGCTTTTCATGCCACCTCTCTGAGGTATGTATTCTATCTTGAGTATGTACAAGATGATACCTTTTGGCTGGGCACAGTGGCTCGTGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGACCAAGATGGGCGGATCACTTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATATAAAAATTAGCCGGGCGTAGTACATGCCTGTAATCCCAGCTACTCCCGAGGCTGAGGCAGAATTGCTTGAACCCAGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCGCGCCGCTGCACTCCAGCCTAAGTGACAGAGTGAGACACGTTAAGAAGAAAAAAAAAAAAAAGGATACCTTCATTTCTGACTCAATATCCTAGATCCAAAGGACAGGAAATTAGGGAAGGCTTCACCCTGTGGGATCAAGATAAGAAGATCCCATACTTCTTCCCAGGTAAGGAGGCCTGTGGCAGGTCATGATTCAAAGCTGACTTGGAATGGCAGAAACTGCTGAGAGGCCACCCTTGGAGATTTGTGCCTTCAAAGATGGGTTTCATGAGTCTCAGAGAGGAAAAGACTTGTCAGCTGGGTTGATTTTGCATGATTATTGAACTAGAGCTGGTAGACACGAGCTTCTCAGATGGCAGTGGCCAGATCCTCCATCTGTGAGAATCCGCCACTTGAAGTGGTTTCCTGAGAGTGTTCACTTGGCAGTTGCTGCGTTTCTCAAGCCCACCTGGCGAGGTCTCGCCGGACCCTTCCCTCCAAGTGCACTTACTTCTTCATCCCCATGTACATCTCTAACTTTGAAATTGTTTACCTCTCCTACAAAAATCTTACCTTTTGACCTGAGCAGAGTAGCAAAGCCCTGTTCACTCTGAGGGAGCAGCTGGCGTGTTGAAGGGGAAAGGCCAGGCACAGCACTGTCCTCAGACCACACCATATTTGGAGCAGAATTGTGATACATGTCATCTGTGTCTATTCTGGAAGGTTCTTTGTTCATCACTGTACTCGCATCAGCAAATTTTCAGGGTCCTACCTGTCACTCCAGGCTACTGAGCTGAACCCTCAGAAGCTGAGGTCTCCGAGCATGCTAAGTAACCTTTTAGAAAAGCTGGAGGCAAACTGTCGAATGCTAGCAGGCTTTATGAAAGGAAACATAAGGAGTTTGTGTAGTCAGAACTTGCTTAAATTTGCTTCGGAATTAGGCACCATAAACTTTAGTTGGAGAATGGGACTTAAATTTTCACATATATGTATACTTAATTTTCAGCAATTATGACACAATAAAAAGAATATGCAAATTTATTGTTGTTTCAGAAGGTTTTGCAGGACTGGGAACGCTTTAGTGTCATCAACAGTAAACCTCAGATACTGTTCTGCACAGTTCAGAAGTACCATACCAGGTATTGTGAGTGGCAAGAACGCCAGGGGACAGAGATGCTTCTGGTAGATGAGGGCCAGAGAAACCAGCTCTCCTCCATTTTGACAGCAATTTCTCACTGTGGCCATTTGGCCTCCATTATGTTTTGAGAGGAATTTCTTGAGATCTTGAGAAATCACCATGATTAGGCCAATTGTCAATCAGTATTCAGAAACTAGAAAGGAACAATGAGATACTTGTTTATGGTTCTTTAGGGCATATGTTTGAAAACCCTCTCATCTCAGATCTGTATAGCTGGTGTGTGTTTGTGTCCATAAATACACGTGCATTGCTGTCGTGCCCATTAAGAAAGGGGGAGTAAGTAAAAGAGGAATCGCTCAGATCTTTCCTTGGATGAACAGCAGTGGCGTGGTTGGTGTGTTGACTGTGAACAGGCTGACTTAGCTGTTGATGTATACTCAGAACCTCCATCTCCTCCCAGACCCTGCACTTTTCCTTCTCTGCAGTCTGATTCTCTAATGACTGTCACTGGACAAACCCCAGTTTTATGCTCGCTTAGTAAAAATAAGTTTAAACATTTCATGGTGGTTGACAGAACTTTGTCCCCAAACATGCGGATTCAATTCTTTAAAACTCGTTGAACGTTTATACCAAAGGTCCCGCCCCGCAGGTGTGTATGTGGTGCACAGAGGGTGAGGTTTGGAGCATCGGGCACTGTGTGCATTGCTAAGGGGACATAGTGAGACAATGTGGGATTTAACTAAAAACACATCAATTGTGTGTCACATTACCAGTGTTGTCAGGTATTTGTTCTTAATTGTTATTGTAATATATTTTCAGTTGTTTTTCTAATTTAATTCTCTCCGTCTGTTGTCTGACTGTGAACTGCTAACAGTGTTAAACTTGATGTAAATAAATGAGGCCCTTGAAAGGGACTGCTTTCTCTGTCTTCTCACAAGGTTTGCCAAGTTGTGTTCTGTTTTAAATAAAGGTTGCAATATTTTATTGGCAAAGTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000143322-ABL2:NM_001168237:12
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.769 A=NA C2=0.735
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF089195=F_actin_bind=WD(100=18.1)
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
CCAGCAGCCTCTTGGAAGATG
R:
TTTGGTCTCTCCCTGCTTGGA
Band lengths:
343-652
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)