HsaINT0002907 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000068366 | ACSL4
Description
acyl-CoA synthetase long-chain family member 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:3571]
Coordinates
chrX:108939373-108976621:-
Coord C1 exon
chrX:108976368-108976621
Coord A exon
chrX:108939426-108976367
Coord C2 exon
chrX:108939373-108939425
Length
36942 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTGAGT
5' ss Score
10.9
3' ss Seq
AATGCTGTCTCTTACTGCAGATT
3' ss Score
9.92
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATTGAAATCACAGAAGATATTCGTGTTCTTCTTAAGAGAAAAAGAGGACATTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000068366-ACSL4:NM_004458:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)