HsaINT0002907 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000068366 | ACSL4
Description
acyl-CoA synthetase long-chain family member 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3571]
Coordinates
chrX:109696144-109733403:-
Coord C1 exon
chrX:109733139-109733403
Coord A exon
chrX:109696197-109733138
Coord C2 exon
chrX:109696144-109696196
Length
36942 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTGAGT
5' ss Score
10.9
3' ss Seq
AATGCTGTCTCTTACTGCAGATT
3' ss Score
9.92
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATTGAAATCACAGAAGATATTCGTGTTCTTCTTAAGAGAAAAAGAGGACATTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000068366:ENST00000348502:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development