RnoINT0012377 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000019180 | Acsl4
Description
acyl-CoA synthetase long-chain family member 4 [Source:RGD Symbol;Acc:69401]
Coordinates
chrX:113634866-113659944:-
Coord C1 exon
chrX:113659750-113659944
Coord A exon
chrX:113634910-113659749
Coord C2 exon
chrX:113634866-113634909
Length
24840 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCGGTGAGT
5' ss Score
11.11
3' ss Seq
ATAAATGTTTCTCACTGCAGATC
3' ss Score
9.51
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATCCCAGGAGATTGACCTGTTCTTAAAAGTGAAAGAAGAAATCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000019180:ENSRNOT00000026057:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]