Special

HsaINT0008159 @ hg19

Intron Retention

Gene
Description
ankyrin 3, node of Ranvier (ankyrin G) [Source:HGNC Symbol;Acc:494]
Coordinates
chr10:61898722-61926411:-
Coord C1 exon
chr10:61926349-61926411
Coord A exon
chr10:61898846-61926348
Coord C2 exon
chr10:61898722-61898845
Length
27503 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATTT
5' ss Score
7.64
3' ss Seq
CTTACTCTCTACATCTGCAGGTG
3' ss Score
10.58
Exon sequences
Seq C1 exon
TTCGTAAAGCCAATGCCCCTGAAATGCTCAGTGATGGCGAATATATCTCAGATGTTGAAGAAG
Seq A exon
GTATTTGTAAATTTTTATTGTGATGAAACTTAACTACTACCAACTTTATCTTTCATTTCTTATCTTTGAAATATAATATTTCCTTGAGTTACTAACTTTTCATATTATCTTGAGATTATTAATTTGTGTATTATTTAAATAATGTATATCTGGTACTACTAGCTCTCCTTTTTAAGTCTCTTTGAATCCTCTTTCCTTGAACCTGTTTCCTAACTTTAAAATATAAAAGTGTCACTAATTATCTGGATTACTTGCCTTCTCTTTGTTTCTATCGAACAGAATACTGATGCTTTTATTGTTTGCATCTGAAATCTAGAAAGGGAAAACTGGTTAATGTTTATGATTACAATATTTTTTAAAACAAGCGAAGTTTCCTTATAGGAAATCCTTTTAAATGCCCTGAGATTTGCCCATTCTGCTAAACTTTGTAGAAAAAGCAGCTTTTGATCTTGAAATGATAATGAAAACAACCTGAAAAAAAAAACTTTTGAAATAGAAATTTTCAATAATGATTTAATGAAAGAGATCAAAATATTATTGTAGCTATACTTTATGTGTTTTCAGAAATTGGTTTCTGTTTTGCTTAAAAACCAATACTTTGACCAGGTCATGATATACAGATATATCAATGAATGGCATCTTTAAAAGGTCCATTGGAAAACAAGCATTTTTATAGTGAGTAAATATTGTACTGATGACACATTTTGGAGTGTCACTGTAATAACAAAATATTTACCATGGGAAAATTATATTTAACTGTTTTTCTTGCATCATTTGACTCTCCCAAATGATGGGAGATCATCAAATACAGTCTACCCTATTATGACCTCCATTTGCCACCTGTCATGTAGTAGCTTTCTTTTGGTTAGTCTTAGTGTTGCTAGTCTTTTTTTGCCTTTAAGTAATCTTCCCTATTTTAATTCATATGATTTCTTTCTTTGAGTTGCATGCATTTCATTGGGAACCTAAATAGTGGAAAAGCTTGCCTAGTCTGAAGCCACTTTAATCTTTTCGTTATCCAATCAATGACTTCCCACTATAATGCATTGTGGCCAGGGACTGCACACCCCAGTGAGCTAATGTCCTGCTGGTCATTTAGGGACCTCGGAGGATCTGGCTGAATGTTTGTAAATGCTGTTTTGATAAATGCTAAAGGCTTTTACTCAGTTTTCTTTCTTTTTCTCTGAAACATCTGCTATACATTTACCTCCCTTCTATCCCCAAATGGATAATATTTGTTATCGTCTTTAGGACTTTTAGAATAATATACCTACTGTCATATTATATTTCATTGCCTTCTCATACATTTCAGAGTAACTTCTGTGCAGAAGATAAAAGAAAAAATGATATTCTTACATAGATGTTTACACACACAAAACATGATGTCAAAAGTATGTTTGTCAAATGAAATTATTAGGAATCATGGTATGACAATCATAGACCTAAAAATTTACTGTTCATTAACGAAATATCTAAAATTATCCCCATTGATGAGAGGCCAAGTTTGAATGGACTAACAGCCTTATACATATGGATAACCAAATAATTTCAAAAATGGAGATTTTGAATCTCGAAATTTGAATTTAATTGACCTCGTTACTTAACTAGAAATGTGTTTATCTCAGCTTGGGAATTTGAAATTGGCAATTTTAAATTCTCATTTTATGCATCTTTTCTTTAAAATCTTTGGCCCTTACTTTAATGTGTCCAGGGCTATTGGAATCAAATGGCTTTTAATTTTGTGGTATTGCCGAATTTAATGTTGAAAAGGATTCCTTAAAGGTCACTCAGTCTGAGCAAACATCTGCTGGAATCTCATCTGCTTAGGATCTCCTGTGCCCAAGCCCTTCAAATAATGAGAATTCTTTAATTCCTAAGCTGCATAGTCCATTTGGACAATTCTGTCTTTAAAAATCCTTCATGTTATTGAACTTCCTGTAGCATCTACTCATTGATTCAAGCTTTGGTGTATTTGACCAAGTTGATGGGAAGACTACATTCTATGTAGTATTTTGAACAAAAGCTGCCTTTTCTGTGTGACAATCTTTCAGATATTTAAAAATGCTTTTTCTATTTCTTTTTAGTTTTTTTTTTTTTTCAGGTATATCATTGCTACCTCCTTCTATTGTTCCCCTCAGCAACCTGGTCGCCCTCTCCTGTGCATGTTTCAATATGTCTGTGCCATCTCAAGTTGAGGTGACCAGAACTGAACACAATATTTTTAGTCTCGTCAAAGCAGAGTATAGCAGGACTATTGCATTCTCCATGGAAGATGTTAAAAGTCTATTTTTGAAGATTAAGGTTATAATACACTTTTAATTCAAGTCATATTAGTATTACTGTCTGCTAAGGTCCCTAAATTTTGCTTACAAGAGCTCTAGTAAGCCACATTTGCCCTATTATGTATTTATGTTGTCCTCTGCTGCATAAATTAGCATTTCTAACTACTGCAAATCCCAAAACAAATCATTTTGAAATTTGGATTCTAAAAGGACCCCTACAACTTGAATGATAATTTTAACTTCTGACTCATTTGCCTGATAGTCTTGCCAGAGCTTTGATTGTCATTTTAGTTAGATTTAGTGTTGGCCATTTGAGTAAGCTCCTATGCAGCTGTGGCAAATGTTCATTTCCATGAAGCCATAGGCATGTTGTGAGTATAACTATCTACAAGAACTAGTGAGAGATCATCACATTGGTATCCCCAGACACTAAAGAATAACAGCAGCTTTTAAAAGCAAATAAAAATAATAAGCAATATAGGCTGCCAGTTTGTCTCAAGAAAGAAAATGAAAATGAGTTTGTAATAAGGGAAAATAAAATTTTAATCTGATTCTAAAAATAATCTGCTGTAAGTAGATATTTAAAATTTAAAATAAATAAGATAAAAAATTAAAAAGCAAAAGTAAAATAAATATTAAGGAAGAAATGTCAAGAGTAGTCTCTCTCTTCTTTTTCATTCTCTTTTCCTTTTTCTTCTTTGCTTTCTCCTTATCGTCTTCTCTTTCTTTTGTACACTATGAGAAACTAGTGCAAGTGAAAGAATGTTTGGATTCATTTCTCAAAAAAATAAAAATTAAGGAATACAAGACTAGACAATGTTATCATTTAATAAGGTGGGAGAACAATGGGGCCAAGTTGCAAAGTTGAACACAGGTGGAAGCATCAGCAAAGCAGAGCCGTAGAAGAAGTCAAGCAACTTTGTCCAAGGCAGGGTTTTAAGCTCACATTAGGCAGGTGGGGGCTAAGCAGAGCTCCTCAGAGGGTCAGATGCATTTGTAGATACCTTACTGCTCTACTGTCTCCTGTTCCAGAAAATACCTATGCATATAACATTCATAAAACTTTAATATACGTACAAAACTAGTATCTTGATTGTAGTGCTAGTTTGATTCTTATGTTTTGCAATTCATATTTTGTAATTGAAAATATGAAAGAGTGTGTGTATAGAAGAAAGAAGAGAGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAGAAAGAGAAAGGAGAGAAAGAAAAAGAGGGAAAATTGAGATTAAGGTTCAAGTGATTGAGTTTGGCGTCTCCTCCCAAGGGATTTTACATTGGCTTTGGTTCAACTCTGATCTTAAATTGCAACTGCCTATAAAATGTATTTTATAAATTGGGGCAGGGGGGTATAAAATGTTATTTTAGCTTGTAGAATTCTAGTGGATTGGAGTGTAGTTACAGATCGAAAGAACTATAGATGGGAGATAATGAGAAGTGGAATTAAGCCATGCAAAGTAAAAATCTAAGAGGCAGCTCTATGAAATATGACTCTACTGAACAGGTTTAGGAGACAGCAGCTGGTGAGGCAAACTCCTGCTAGGAAGAATTTTCTAATTCTAAGCTACTTTCAAATTTGATAGGGCTGAAAAATATCTCTCTGAATCAAATGCAGACATTAAATATTAAAAGAAAAATAAGAGGCTAAGTATACATGTAAAAATAATATCAAGTAGGTATAAGTTTGAGATATAATAAAGCAATAAAATTTTAGCAGATAATAGAGTGACATGAGGGATAAGAAGAATCATGTTCAGCTTCGTGCCAAATTTGGTGGCCAGTGGAAGCCACAGTAAATTAAAATCCACCGATTTCAAAGAACTGAATGGGCAAGTTGGAGTCTTGTAAGTCTATTCCTGCCATTACACTGATGAGGTAGGAAAGCCCAAATACACATTGAATGGTCTTTCCAATGAGGTTTGTGGCAGAGCTGGACAAGAAGACTGGTCTGACACTCTGTAGTTTTAGATCATTTCATTCCCCTGCCCCCAAAGTCTAGTCAAGTAAAGCACTGGGAGTAGAGAAGGAACACATAGATCTGTAACTGGTTGTGATCAATTACTTGCAAACAACACTGCATAGATCATCTCTTTCATTGCTATTCCAACTTGAAATGTTTCTTATATATAGAACCCAAGAATGCATATTTTTAGCTTCAAAAAAAGGAGGTGTGTTAAGGAAAAGGAACAAATCATGTTCTTGGAAACTATCACAAGGTAATAAGAATATTTTAATTTGTAATAATGGATACATAATAATTGTACATATTTATGGGGTATATGTGATATTTTGATACAATTATACAATGTGTAATGATCAAATCAGAGTAATTGGGATATCTATCACCTCAAGCATTGATCATTTCTGTGTGTTTGGAACATTCTGGTTCCACCCTTTTAATTCTTTTGAAATATATTGTTAACTATAAATTATTGTTAACTATAAATTATTGTTAACTATAGTTGCCCTATTGTGCTACCAGATATTAGATCTTATTCCTTCTAGCTAACTGTATTTTTGTGCCAATTAACCATCCCCTCTTTATCCCCGCTCTTTCCAGCCTCCTGAAACCATCATTCTACTTTCTATCTCCATGAGTTCAATTTTTTTTTTCAGTTCCCACATATGAGTGAGAACGTGCTAAATTTATCTTTCTGTGCCTAGCTTACCTCACTTAAGATAATGTCTCCAATTCCATCCATG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Seq C2 exon
GTGAAGATGCAATGACCGGGGACACAGACAAATATCTTGGGCCACAGGACCTTAAGGAATTGGGTGATGATTCCCTGCCTGCAGAGGGTTACATGGGCTTTAGTCTCGGAGCGCGTTCTGCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000151150-ANK3:NM_020987:23
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

No protein impact description available

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.913 A=NA C2=0.458
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]