HsaINT0008888 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000164236 | ANKRD33B
Description
ankyrin repeat domain 33B [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:35240]
Coordinates
chr5:10638028-10657816:+
Coord C1 exon
chr5:10638028-10638168
Coord A exon
chr5:10638169-10649265
Coord C2 exon
chr5:10649266-10657816
Length
11097 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
TTGTGTTTTGCGTTTTGCAGGGG
3' ss Score
9.88
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000164236:ENST00000296657:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.720
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127962=Ank_2=PD(21.2=43.8),PF0002325=Ank=PU(72.7=50.0)
A:
NA
C2:
PF0002325=Ank=PD(24.2=2.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development