HsaINT0016706 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000117523 | PRRC2C
Description
proline rich coiled-coil 2C [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:24903]
Coordinates
chr1:171545479-171550240:+
Coord C1 exon
chr1:171545479-171545687
Coord A exon
chr1:171545688-171550085
Coord C2 exon
chr1:171550086-171550240
Length
4398 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTATGT
5' ss Score
7.44
3' ss Seq
ATCCTTTCCCACACCCACAGGTG
3' ss Score
10.01
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCATTTGATGACCAGCCTGCAGGCACAACTGGGGTTGACCTCATCAATGGCAGCTCTGCACACCATCAGGAAGGAGTACCTAATGGTACAGGACAAAAGAACTCCAAAGATTCTACTGGGAAAAAAAGAGAAGACCCCAAACCAGGCCCTAAAAAACCAAAAGAGAAAGTGGATGCTCTATCACAGTTTGATCTCAACAATTATGCAA
Seq A exon
GTATGTCTTAGGTTTCTTTCATTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTGCTACATTTTAAAATGTAGATGCCACAATTAAAGAAGTTTTCCAAGAAGGAAAGATTTGGACATTCAAGGTATACATAGTGGCTGATTATGAAACACTAACTGATTGAACTTAAACTAAAATAACTCCAGCTTTTAGCGTAGCCTTGAATGCTTAATAAAATTTTTGTTAAAAATAATCCAACAGCATTGCACTGTTCTTCCAAAAAAGAGGAAGAAAATTCAGTAACCACTCTACTTTGCCAGATTTGAGAAAGCACAGAAATTTGATTCTTAGTTATATTGGTATAGATGTATTATTAAAAACAAAAGGAACTAAATGTTAAACTCAATAATTATGTCCTTGGTAAAATTGGTGTCTAAGATGTGGCAAATACAGAATAAATAATAGGACGAGAGGCAGTGTCACTGTGGATAAATAGGAAAGCCATGAAGTAATAGAGGATCAAATATGAAGGATAATACAAGCAACAAGAAAATATTGGATGAAGAAAAAACAGACAAGGAATATCTGTGTATAGACATTGTACATGTAAAATGTACTATTTGCCATTCATTTGGATGAAACTGGAAATACTGAATAAAATTGAGAGATTTACTAAGTTAAGACCAGATAGCTCAATAGTGGTAATAATAGTAGTAATAGGAAAGTTGGGTTAGTTGCAGTTATTCTAGTATAAGAGATATAGATGAGGTTTTTCTTTCATCTGCCTAATTGTTATTTGTACATATTAAGCTCTGATTTGAGCACAGCTCATGGACATTATTTTTTGACCAGTGGTTCTCAAAGTGTGGTCCCCACATCATCAGCATTACCTGGAAATTTGTGAGCAATGCAAATTCTTCATTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGAGACAGAGACTTACTCTGTTGCCCAGGCTGGTGTACAGTGATGCAATCTCGGCTCACTGCAACATCTGCATCCCAGACGTCAAGCGATTCCCCAGCCTCAGCTTCCCGAGTAGCTGGGAGTACAAGCATGAGCCACCATGCCCAGCTAATTTATTATTATTATTATTATTATTTTTGTTTGTAGAAATGGGTTTTCGCCATGTTGTCCAGGTCGGTCCGGAACTCCTGAGCTTAAGCCATCCACCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACGGGCATGAGCCACCACGCCCAGCCATAATATTGCTATATTAAGACATAATAGGCCCAGGGCAGTGGCCCAGGCCTGTCATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGCGGATCACCTGAGGTTGGGAGTTTGAGACCAGCCTGACCAACATGGAGAAACCTTGTCTCTAAAAATACAAAATTAGCCAGGCATGGTGGTGCATGCCTGTAAAAACAAAACAAAACAAAAAAGACAGTAAAAACAGATAAAAACTATATATATTTCTGAAGTGGTGATAGAAATTAAGCTATTCATTTCAACTCATTAAAGTTATCTTTAAGAGTTAGTCGTCTTTAGTTCTTTTTCCTGGTAACACTGTTTTTAAGTAATATCTCTAACCTAAAATGTTAAAAAGAAGAGGACATTGGAAACTAAAAAGTAGTGTTCGAATTTTCCATAAATGCTACATGTAGTTGGGTGAACTAAGGAAGTTGAAATAATAAGATAGGCTTTACACACACACATTTTAGTGTAAGTGAAAAACTGAGATGAAATTAGAATTATGATGAGGTCTTTCCATCAGTCTGAAGTAATGTGTGCATGACATCCTTTGAAATGTTTGACTTAGACCTTTCATGGAAATGAGAATATGCTTCATTTTACAGAGTTAATGATTTTTAAAAGGATTTTAAAAACAAGTAGAAGTGTTTTATAAATCAGAATAAACTGGGTTTTTTTCTTTTGAAATCAAGTTTCCCTTCTTTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTGAGACACAGTCTTGCTCTGTCCCCCAGGCTGGAAGGCGGTGGTGTAATCTCAGCTCACTGCAACCTCTACCTCCTCGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTTAATAGTTAGGATTACAGGCACATGCCACCATGCCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGCGACTTTAGTAGAGGGTTTCGCCATGTTGGCCAGGCAGCTCTCAAACTCCTGACTTCAAGTGATCCGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGAGCCACCGTGCCTGGCTGAAATCAAGTTTCTATTAGAAAAATGGAATAATGGTAATGTCTCGCCCTGTCACCCAAGCTGGAGTACAGTGGCGTGATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTACCTCAACCTTCTGAATAGGTGGGACTACAGGCGCGCACCACTATTCCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGAGAGGGTTTTTTACCATGTTAGCCAGGCTAGTCAGGAACTCCTGACCTCATGTTATCCGCCTTCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAACCACCATGCCCAGCCAGTTTCTAAGGAGTGAAAGCCAGTATTCATTTTTCATTTCATCTCTCAGAGTATGTTAATGCTAAGTTTTAACTATTTTAGAAGAAATGTTTGTAGATAGTTTCTCTGTGACCACTTCCTTGATCATACCTATGTTGCCATAGCTAACAAGTATCACCTTCCCTTGTTGCTGTACCTAACAAGTTATCACCATCCTGAATTGTATACTTATCGTTTCCAAGAAAAATATTTTTATTGTATATGTAATTTCCAATTAAAACATGGTATATTGTTTGAAAATTAAATAATTTCTTTAAATTGCTTCACTCTTTCTTGATACTTATTATTCAGACATTATACCTATAATAAAAAATTACATCACCTGAGGTAATTTAATTTTTCTTGGAAATATTATTTGATGGATTTATATTTCACATACTGACTGGGATATAGGGTAATTTTAAGATAGCCAAAATAATTGGTTAGTTGGAAAATAAGTTAAAAAATGATCTTGAGTTGTTCATCACCTAGATGATTCTGGTATGTGTTCACCTATGCCATCTTACATTCACACACAGCTTACACATTTATTTTAATTAATTAACTTATTCATTTCTTTATTTATTGAGACAGGGTCTTGCTCTCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCTTGATCTCAGCTCATTGCAGTCTCAACCTCCCCAACTGAAGTGATTCTCCTACCTCAGCCTGCCAAGTAGCTGGGACCACAGGCATGCGCCAGCTAATTTTTGCATTTTTTGTAGAGACAGGGTTTCACTGTGTTGCCCATAACATATATTTATTTTTAACAACTCCACACTGTAGACAAGGGTCTACATAAAACAGAGACATTAAGAGTCATAAGACCAGCTAGGCTGGTCATCTTACCTTAAACAAATCAGTTTATTTCATTTTTTAAAACATTATTTATTTATTTATGTGTTTGTTTTTAAAGTAGAGACAAGGTCTCCCCATGTTGCCCAGGCTGGTGTGAAACTGTTGGCCTGAAATGGTCCTCCCACTTTGGCCTCCCATTATGCTGATACTACAGGCATGTGCCACAGCACTAAGCCAATTTATTTCATTTTTTGAAAAGGAGAAATAATAGTAACAGCCACCTCTTAGAATGGTTAGATGCAAATGAGGTAGAATGCTTTGTAGATCTTTTAAAGCACTATACAGTCTGAGGCTAAGAGATGGAGGTTAGGTCATAGGATAATTTTGATTTTTTTTCTTTTTTAAGGCATTACTTCTATATTACTTAAGGAAAAGAAAAAAGACCTATATCATTCAAAACAGGTATTTTTAGGATTTTTTGGACAGAGTCGCACTCTGTCACCCAGGCTGGAATGCAGTGGCACGGTCTCAGCTCATTGCAACTTCCACCTCCCAGGTTCAAGTGATTCTTGTGCTTCAGCCTCCTGAGTATCTGGGACTACAGGTATATACCACCACACACATCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGAGTTTTGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTTCCGGCCTCAAGCAGTATGCCCATCTCGGCCTCCAAAAGTGCTGGGATTACAGACGTGAGCCACTGCACCTGGCCAGTTTTAGGATTTTTATTTTCAACTTTAAGAGTATGAAATCTTTTCAGATCTTTACAATGAATGGCCATGCAATAGGGTGAGAAATAGGTTATACACTATAAGTTATAGGAACTAGGCCTTTGGCTAGTTTTTTTTTTTTTTTTAAGTACTACTGTACTAAACATTTTTATTAATTTTCATTTGAAAAACAGAAAATATCTTAAATCCTTTCCCACACCCACAG
Seq C2 exon
GTGTTGTTATAATTGATGATCATCCTGAAGTAACAGTAATTGAAGATCCCCAGTCAAATTTGAATGATGATGGTTTTACTGAAGTGGTATCCAAAAAACAACAAAAACGTTTACAGGATGAAGAACGCCGAAAGAAGGAAGAACAAGTCATACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000117523:ENST00000367742:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.944 A=NA C2=0.981
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains