HsaINT0024214 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000106804 | C5
Description
complement C5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:1331]
Coordinates
chr9:121008408-121014070:-
Coord C1 exon
chr9:121013873-121014070
Coord A exon
chr9:121008499-121013872
Coord C2 exon
chr9:121008408-121008498
Length
5374 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TACGTAAGT
5' ss Score
9.27
3' ss Seq
AATATGATTTTTTTGTCCAGACA
3' ss Score
5.04
Exon sequences
Seq C1 exon
CTGCTAAATATAAACATTCAGTAGTGAAGAAATGTTGTTACGATGGAGCCTGCGTTAATAATGATGAAACCTGTGAGCAGCGAGCTGCACGGATTAGTTTAGGGCCAAGATGCATCAAAGCTTTCACTGAATGTTGTGTCGTCGCAAGCCAGCTCCGTGCTAATATCTCTCATAAAGACATGCAATTGGGAAGGCTAC
Seq A exon
GTAAGTATGACATTTTCTATCAGAATTCTGCTCAATATGGGGAATTTTGTGTAATTTTATGCTGCTAAGAAAGGCAGTTTTCATGATCTATTTAGAATTGAAAGTAGAAAAGATAACTTGTAAATGTCCATAAGAAAAAAAAATCCTTCATTTTTGGGCATCCGAAGAGGTACAGTACAGAGCAGAGTACACTAGGCCAGAGTTAAGACCTGGCATAACCTTAAAGCCAAGTCATCCCATAAACTTGAATGATTATTTATCCTCTCTGAGCCTCATGCAAGGAGCTTCGACCAGATCCTCTCCAATATGCCTGTGAGTTCTACAAGTCTACGCTTTTGTGATATTACAACCATTAAAAATTCTGTCTATATCTACATTGATGAAATAAAGCAGAATATTTCTAAATCTAGCCTAAGGTTAAGTGTACTTATATAAAAGCTGATGTCTTATTTCAGTTTCAACCACAATACATGTTTCCAGAATTTATAGAACTCTCATTAACATGTTTTCAGAACTTTTAGGACTTTATATATAGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTCAGTAGGAATCTGGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCTTGGCTTACTGCAACCTCTGCCTCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAACTGGGATTAAAGGCGCCTGCCACCACACCTGGTTAATTTTTGTATTTTTAGTAGGGACAGGGTTTCACCATATTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGTCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCCAGCCTATGTATAGTCTTTAACAAAACAAGCAAAAGCAAAATGACAGCTTCTGTTTTATACTTATGTGTGCTGCGTAATGACATTTTCATCAATGATGGACCACATGTGCAACGGTGATCCTATAGGATTATAATACCGTATTTTTTCTGTACCTTTCCTGTGTTTAGATATGCTTAGATACACAAATACTTATCATTGCATTACAGTTGTCTGCAGTATTCTGTTCAGTAACATGCTGTACAGGTTTGTAGCCTAGGAGAAATAGGCTATACTATATAGTCTAGATCTGTAGTAAGTTATACCATCTAGATTAGTGTAAGTACGCTCCATGATGGTTACACAACAAAATCATCTAACAACATATTTCTCAGAACATAGCCCTATTGTTAAGCAATATCTAATAACCATAATTTTGGTAAATGGCCACAAAATTTATGTTTGTAGAAATATATTCATTGAGATGTACAGTGTCTAAGATTCAGATTGTTTTCCAATATTTGTTTTGCTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGAGAGACAGAGTTTTGTTTTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCAGTCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACATGCACCTGCCACCATGCCTGGCTAATAATATTTGCTTATTATAAGCAGAATTTTAATAAACAGTCTAGTCCATATGTTGTTTTTCTTTTTGGAGGGAGGATTTGGCTTTTTTTTCTCTTAATTTTTTTTAATTTTTAAATTTATGTGGGTAAATAGTATTTACGGGGTACACGAGATACTTTGATACAGGAATGCAATAAGTAACAATCATATCATGGAAAATGGGGTATCTATCCCCTGAGGTATTTCTCCTTTGTTTTATAAACAATCCAATTATACTCTTTTAGTTATTTTTAAATGTACAATTAAATTATTATTGACTGTAGTCACCCTGTTGTGCTGTCAAGTACTAAGTCTTATTCATTCTTTCTATTTTTTGTACCCATAAACCATCCCCACATCCCCCTCATCCTCCTACTACCCTTCCCAGCCTTCTACTCTATATCTCCATAAGTTAAATTGTTTTGATTTTTAGCACCCACAAATAAGTGAGAACATGTGAATTTTGTCTTTCTGTGCCTGACTTATTTCACTTAACATAATGACCTCCAGTTCCATCCATATTGTTGCAAATGACAGGATCTCATTCTTTTCATGGCTGAGTAGTACTCCATTGTGTATATGCACCACATTTTCTTTATCCATTTATCTGTTGATGGACATTTAGGTTGCTTCCAAATCCTGACTATTTTTAACAGTGCAGCAACAAACATGGGCGTGCAGATATCTCTTCGATGTACTGATTTTCTTTCTTTTGGGTATATACCCAGCAGTGGGATTGCCAGATCATATGGTAGCTCTATTCTTTGTTTTTTAAGGAACCTCCAAACTGTTCTCCATAGTGTATAGTAATTTACATTCCCCACTAACAGTGTACAAGAGTTCCCTTTTCTCCACATCCCCTCCAGCATTTGTTATTGCCTGTCTTTTGAATAAAAGCCATTTTAACTGAGATGAGATGATATTTCATTGTAGCTTTGATTGCATTTCTCTGGTGATTACTGATGTTGAGCACCTTTTCACATGCTTTTTTGCCATTTGTATGTCTTCTTTAGAGAAATGTCTATTCAAATCTTTTGCCCATTTTTAAGTGGGATTATTACATTTTTTCCTGTAGAGTTGTTTGAACTCCTTATATATTCTTGTTATTAATCTCTTGTCAGATGGGTAGCTGCAAGTATTTTCTCCCATTCTGTAGGTTGTCTGCTTACTTTATTGATTCCTTTGCTGTACAGAAGCTCTTTAACTTGATGTGATCCCATTTGTCCATTTTGGCTTTGGTTGTCTGTGTAGTGGGGTATTACTCAAGAAACTTTTGCCCAGACCAATGTCCTAGAGAGTTTTCCCAGTGTTTTCCTATAGCAGTTTTATAGTTAGAGGTCTTAGAGTTAAATCTTTAATCAATTTTTATTTGAGTTTTGTATATGGCAAGAGATAAGGGTCACGTTTCATTCTTCTGCATGAATGGGATAACCAGTTTTCCCAGCACCATTAATTGAAGAGACTGTCCTTCCTCCAATGTATGTTCTTGGCACCTTTGTCAAAAATGCGTTCACTATAGGTGTGTGGATTTGTCTGGGTTTTCTATTCTGTTCCATAGGTCTATATGTCTGCTTTTATGCCACTACCATGCTGTTTTGAATTATACTATAGTATAATTTGAAGTCAGGTAATGTGATTCCTCCAGTTTTTTTCTTTTTGCTCGGGATTGCTTTGGCTATTCTGGTCTTTTGTAGTTCCATATGAATTTTAGGATTTTTTTTCTATTTCTGCAAAGAATGTTATTGGTGTTTTCATAGAGATTGCATTGAATCAGTAGATTGCTTTGGGTATTAAGGCGTTTTAACAATATTGATTCTTCCAATCCATGAATATGGAATAACTTTCCATTTTTTTGAGTGTCCTCTTGAATTTCTTTCATTGGTGTTTTATAGTTTTCATTGTAGAAATCTTTTACTTCTTTGGTTAATTTAATTCCTAGGTATTTAATTTTATTTGTGGCTATTGTAAATGGTATTACTTTTTAAATTTCTTTTTCACATTGTTCATTATTGACATATAGAAATGCTACTGATTTTTGTATGTTGATTTTATATCCTGCAACTTTATTGAATTCATTTAGCAGTTCTAATAGTTTTTTGGTGGAGTCCTCAGGTTTTTCCAAATATGTGATCATATCATTTGCATACAAGGATAACTTGACTTCTTGCTTTCTAGTTTGGATGACCTTTATTTCCTTCTCTTGTCTAATTGTTCTGGCTAGGACTTCCAGTGCACTAGGACTTGCCTAGAAATTGCAGTCCTTGTGGCCTAGACTGCCCCTCAAGTTAACCTAGGGCCCTAGAGCACTCCAGCCCATGGTGGGGAGGCTTGCTGGAACTCAAGCTCCAACCACTGGGATGAGCGATGCCCCTCTGGCTAGGGCCAGTCCAAATGCTCCCTCCATGGGCAGACACCAGCTGAGTACAGCCTGGTTCTGCTTTCCACCGTGACAGTGCAACACTGAGTTCAATGCAAAGCCACAGAATGACTGCACTCTCCCTCTCCCAACACAGAGATTCTCCATGCTGCACAGTCACTGCTAGGGGATGTGGGAGGAGTGGCATTGGTGCTTCAAGACTATCTTTCCTGCCCTCTTCAATGTCTCTTTCAGTGATGTAAAGTCAAAACCAGGTACTGTGATTGCTCACCTGATTTTCGGTTCTCTTGATGGTGCTTTTTGTGTGTAGTTAGTTGTTAAAATTTAGTGTACCAACAGGAAAGACAAATGGTGTAGGCTTCTATTCAGCCATCTTGCTCTCCCCTCTCATATATTTTTTCGTTTTTCAATTTTTCAACTATAATCATCTGGCTTGGCTTCAGCTGGATAGAAGTCTCTCTCTGCAGCCCCCTCCTTCCTGGAACTCTCCCTCATTCCAGACAAGTTGGCCTTGCAAAACTCCCATCAGTGTTGCCACAAGTCTTCAAAATCATCAGGCTCTGCTTGTATTCCTCTCCCTGCCCTAGTCTGTAAACTGCCTCTAGGCAGTAAGCTGGGGCAATTTTAGGTTTCACCTAATTGTTTCCTTTCTCTTAGAGATCACAGTCTTGCTTATGCTCTAATGTCTGAAAACTGTTATTTTGCATATCATGTTTTGTTTTCTATTAAGGCATCTTATATGAAAACAGAAGTTCAGTCCATTTTTATTAAAGTAAATATAAACAAATTACCAAGTTAAAGAAGGCAGAGAACCATATAAAGCCTCCTTTTTTCTAATATAAACACAATTATTACAATTATATATATAAGTGCAAATAACTTTATAGACTGATCGATATCTTGTATAATCTCAGGAATACTAAACATTTAGCAATTTAAGAAAAAAATCATTAAAGATATTTAATGCTTTGTTTTGCCAATGCTATTAGTGGAAAAATCCTAAGGCCTTTATAGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTGACAGAGTCTCTCTCTGTTACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCTCGGCTCA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Seq C2 exon
ACATGAAGACCCTGTTACCAGTAAGCAAGCCAGAAATTCGGAGTTATTTTCCAGAAAGCTGGTTGTGGGAAGTTCATCTTGTTCCCAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000106804:ENST00000223642:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0182113=ANATO=WD(100=52.2)
A:
NA
C2:
PF0020717=A2M=PU(12.5=35.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development