HsaINT0024263 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000170085 | C5orf25
Description
chromosome 5 open reading frame 25 [Source:HGNC Symbol;Acc:24779]
Coordinates
chr5:175665370-175722265:+
Coord C1 exon
chr5:175665370-175665640
Coord A exon
chr5:175665641-175722032
Coord C2 exon
chr5:175722033-175722265
Length
56392 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTGAGT
5' ss Score
8.95
3' ss Seq
CTTCTTTTTAATCTCTACAGAAC
3' ss Score
9.64
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AACAAGGGTCAAAAATTAGAACCCATCCCTCATCGAAGACTAAGAATGGTAACAAATACCATTGAAGAGAATTTTCCTCTGGGGACTGTGCAGTTTTTGATGGACTTTGTGTCACCCCAGCATTACCCACCAAGAGAAATCGTGGCTCACATCATCCAGAAAATCTTGCTCAGTGGCTCTGAGACTGTGGATGTCCTAAAGGAGGCCTACATGCTTCTCATGAAAATTCAACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000170085-C5orf25:NM_198567:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.831 A=NA C2=0.141
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)