HsaINT0026486 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000157445 | CACNA2D3
Description
calcium voltage-gated channel auxiliary subunit alpha2delta 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:15460]
Coordinates
chr3:54899788-54968511:+
Coord C1 exon
chr3:54899788-54899868
Coord A exon
chr3:54899869-54968449
Coord C2 exon
chr3:54968450-54968511
Length
68581 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAT
5' ss Score
8.76
3' ss Seq
TTATTTATAATTTGTCCCAGCTG
3' ss Score
6.06
Exon sequences
Seq C1 exon
GACCAGTCAATAAAAGCAATGTGGTGACAGCAAGTACATCCATCCAGCTCCTGGATGAACGGAAATCTCCTGTGGTGGCAG
Seq A exon
GTAAATAATTGATTGAATCCATGAAGACAAAGTAAGCATGGCGCCCATTCATCCGGCCAGTGGGCTACTTCTGTGAGGCACGCTTATCCTCCAAAAAGGTTTTCAAAGGAGAAAACAATTTTAAATTACTTCCTTCTCAGCTTGGTGTCATCTCCTTCAAACCAAGACTCTGACAGCTGGTGGTGGTTGATGTGAAAACAGAAAACTTTCCCAGCGTTTCTATCCTTAAACTCTGAGCCAGTAAGAAATTGTCAGTACTTGCCGAGGAGAATTTCTTGATGGTAGGTAGCATGTTCATTCAAAGTAAACTCCAGATCTCCAGCTTCTGTGTCATTAGGATGACAGTGGGCATACAAGGAAATTGCAGGTTTGTTTTAGGCAAACACAAACTGAAATGTGCCCTTCTCCAGAGAGACTGAGATTTTCATCCCCCTAATCCCCCTGGGGAATTAGAGTTAGCTGTATCTGCAGGTGCTGTGTTTGGGACCAGGGGAAAGCCAAAATATTATATGACTGAGAGTCTTGAATTGTCAAAGAAGTCCCGTTTCTGGCTTTTTCCATTTCTCTCACTTTTTAGGAGTGTCAGCAGCTGTCTGTGGATGGCTAGGGGCTTTCATTGGTGGCATTTGGCCTAAAGGGCTGGCAACTACCAAAAAGCCCTCTTTGAAGACAGATGCTGACATAAAAACAAGGCCCGAGGGTGTGTCTGGCACATGGTTTATTCTGATCACTTTGGAGCCATTGGTTGATGGGTGGGTGATATGCTCCAAGCACCATCCTGGTATTGGCTGGGTTTACTAAAGAGAGCGATTTTTGTTTTCCAGCAGTCTCCCTCAATAAGTTGTACTTTAGGGTGACTTAACATCCACTTCTGTGTCTTCACACACTGAATATTTGTGGGAAGGAGTATAAATGGAGCAGATGGAGGAGACCTGTTTGAAGTGGTTGTTCTTTGGCGAGGAAATACTGCTTTTTTCCCCCCACTTTATTTCTTACTTGGCCTGTGTATAATTGTATTAGTAGGGTTGAAAGATCTGGGGGTAGTTGCCCTGGTTATTCCTGAGTTACTGGGTGTGACAAGGATGACAGCCTTATGTATCTGACCTGTGGCTCATCTTGAACTAAGCAGACCTATTCTTAATCAGCCAGGAGATATGGGCTCTGAGGATTCACAGTTGCTGTCTTCAAATTTTGTCACTTAATGTCTCATGTTCCTTGAGGAAAGTGGGAGACGGGATCATTTAACTCAACAAGATTTACTTATGCTTAAAGGAGGTCAGGCTTGCTTACCTCCAGGCTGGTCCAGCGAGCTAATTCTGAAGGCATGTTGTCTCCCGGGAGCTGAGGCCACATGCAGCAGCTGTCAGTGACATGGTCTGGCCAGAATATCTGGTTGTCTGTTTGAAATTTCTTTTTAAAACCCTTTCTTTGGGTTTCTAGTTTAGTCATCATGAAGGATGAGCCCTAAGGTCACTGTGCCTGTCCCAGCCACCTCTGTCCAAGTTTACAAACTATGCTCACATGTTTCCAAATGCCTTACATTTCATAAATGCCTGTTTGGCTGAGTATAGGTGAAACGTGGTCTGAGCCTGAACACTGTGTATCCAGTCTAGAGAAGAACGTGCACTTTCCAAATGCTATGCCAGTCTATTGTCGAGTTGCATCGCTGGCCATAGACCACAGGCAGGTCACGAGACACAGTTTGGTCCACCCTGAGTGGGTGGAGAAGGCACCCTCCTATTTACTGCTTCTCTGTGTATGCCAAATGGCCCCCATTTTCAGAAGATAATTACAGAGCAAGGCCAAGAAGCAAGGTCATTTAAAGAACCGTATTTAGTCCTTACCTTTTAGAATTGGTGACTGTTACCCTTTTTCAAACTTTGGTAGACGTAAGATAAAACAGAATTGCTTGGTTTTGATGTTGAAGACTGCTGTGGATGCAGCCCCACGAAGGCAGTGACCTCAAGAAGACCTCTCTGTCTCCAAAAATAGAGCGGCCTCTTCAGCACCCCCTCCCCAAGTTTTCCTGACTCTGACTCAACCATCATATCACTGTGTGATTAGGTTTGGTAACTTTCCTCTGTGTATTTTCCTCAAATTAAGTAGACACTGTTTACCACTCTAAAATTAAAAAGGCCATTTTAATTGGGGAAGAAGCCTTGTTTTGGCAGATGAAGATGAATATGTGAGCAGGCTTTTCTCCCATCAGTGTGCCCCAACAGCAGATGGGAGACAGCCGACTGGCAGGAATGTTAGGTCTCAATGAAATCCTTGTGTTAAAGTGGAACTCTTCTGAAAGAAGAGGTGTACAACTATGCAAATAATTATCAAGGACTCCTTGGAAAGGCCAGCTTCGCTCCCAGGCCTGACCTGGTCATCTCATGTTCATTGGCTATATATGTCTGGGGTAGAAAGAGGTTTTTTTGTTTCATTTTCTTGTTTTTTGTTTTATTCTCTTCTTTCTCTTTTGTGTGTTTTCTTTTTTAAACAAAAACATTTAGATACTCATCTGTCAATGACACCTTTGAAGAAAGGCCAGTCAGACTGGGCAAGATTCCATTTGTACGCCAGCCTTGGTGCATAAATGGGCCCCATCCATCTTCCCGGCCTATGACATTGCTTACAGTCCTTCTCTTGAGAAGCCTGCCAACTCTCCAGCTGCCACCAGTGTGCTGCATTTTCTTAATTGCTTTCCCACTGCACAGGAAGAAGTGGTGGGACTCTCCCTTTGGCCTACCAAGTCTCATCCTAGCCCTGGAACCTTCTGTTGTGTCAGGTCCCTCATCCATTGCATTGTTGTCACTGGAAATGCAGATCTTGGACTGTAAGGTCCACGCAGTTTGTCATTCACTCTATAACTTGCTAAATGTGTGGTCTTGGGTCTCTAAAGTTCTATCTAAAATAGGCTTGGGATTATTACCTCCCTTGCCTTCCTGTGTGTCAATTCAGGGATAAAATGAGAAAACAAACAAGAAAATTCTTGGATAAGAGAGAAGAATAAAAATGCTAGAGTTTAGCATAACCCGTTTTTATCTAAAAGTTGGTGGCATATTCATTCATTCAATAAATAAATATTTCCTGAGCCTCTGCTTTTGCCAGGCACTCTAGCTATAAATAAATAATAACCAGTGTCTTAATCCATTTTGTTTTGTTATAACAGAATACCACAGAATGAGTAATTTTTTTTTATTTAACTTTATTTTAAGTTCAGGGGTACACGTGCACGTTTGTTACATAGGTAAACTGTGTTATGGGGGCTTGTTGTACAGATTATTTTATTGCACAGGTATTAAGCCTGGTACCCATTAGTTATTTTTCCTGATCCTCTCCCTCCTCCCACCCTCCACCCTCCATTAGGTCCTAGTGTGTGTTGTTCCCCTCTCTGTGTCCATGTGTTCTCATCATTTAGCTCCCACGTATAAGTGAGAACATGCGGTATTTGGTTTTCTGTTCCTGCATTAGTTTGCTAAGGATAATGGCCTGCAATTCCATCTGTGTTCCTGCAAAGGACCTGATCTCATTCTTTTTTTATGGCTGCATAGTATTCCATGGTGTATATGTACCACATTTTCTTTATCCAGTCTATCATTGATGGGCATTTAGGTTGATTCCATGTCTTTGCTATTGTGAATAGTGCTGCAGAAAACATACACTTGGATGTGTCTTTATGATAGAATGATTTATATTCCTTCGGGTATATACCCAGAAATGGGATTGCTGAGTAGGATGGTAGTTCTGTTTCCAGCTCTTTAAGGAATCGCAACACTGTTTTCTACAATGGCTGAACTAATTTACACTCCCACCAACAGTGTATAAGCACTCCTTTTTCTCTCCAACTTCACCAGCATCTGTTATTTTTTGACTTTTTAATAATAGCCATTCTGACTGGTGTGAGATGATATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATTTATCTAATGATCAGTGATGTTGAGCTTTTTTTCATATGCTTGTGAGCTGCATGTATGTCTTCTTCTGAGAAGTGTCTATTCATGTCCTTTGCCCACTTTTTAATGGGGCTATTTGTTTTCTCTTGTAAATTTGTTTAAGTTCCTTATAGATACTGGACATTAGACTTTTATCAGATGCTTAGTTTGCAAAAATTTTCTCCCACAGAATGGGTAATTTATACAGAAAATAAATTTATTTCTTACAGTTCTGCAGGCTGCAAACCCCAAGATCCAGGTGCCCACATCTGGCAAGAGCCTTCGTGCTGTGTCATGTTATGACAGAGGGCAGAAGGTAGAAGGGCAAGAGAGCACACACAAGAGAAGAGAAAGGGCAAAACCTATTTTGCCTTAACTTACTTATTGTTGACTTGAGTTTTATAAATTACGCTGATCGTGGTGGTGATTCTTTACTTTGTTCTCCCTGGAGAGACCTGGCCCACTAGTCCAGCAGTCATAGGCACCGCATCTACCATATCAGGGTAGAAATGACCTGGTACAAAGAAATACAGGGAGGCAGAATTGAAGCAAGATGGAAGGTGTGGCCCTGCAGGAGACTTCTTCCCCTCCTCAAATCGTCTGTCTGACTTCCCTGTTTATCTTCTAGACCCTCCCTCTGACAAATACAAGATACTCAATCCCAATATTTGTTAACAATTTCAGACTTCTAGAGATGTGTAAAATATTAAATAATGAAATCTGAATTATGTGCACTTGCTTTAAAGTGTACCTTTTAACATACCAAAATCTAAAATTGCTCCTAAAAATGTTTCATTTTGATTTCTTAGATAGTTTTGAACTCTTTAAGGGCAAAGACCCAATTATCTTTTTATTCCCAGTGCCAAGTACAAGGGCTAACATACGGTCCATATGGGAGCGATACTGGATAAATACATGATTCAAGGAAGACGGGCTTCATTTTCACCTTCTTTATGTAGGTACATATTTATTGACCAGATAGTGGAAACATAGTACTTGACTAAAACTCTAAGACAGATAATCACTCAGTAGCTAAAACTCCAGTCCATACTATAGTAA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Vast-tools module Information
Secondary ID
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Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development