RnoINT0028162 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000031287 | Cacna2d3
Description
calcium voltage-gated channel auxiliary subunit alpha2delta 3 [Source:RGD Symbol;Acc:631361]
Coordinates
chr16:5043278-5104234:-
Coord C1 exon
chr16:5104154-5104234
Coord A exon
chr16:5043340-5104153
Coord C2 exon
chr16:5043278-5043339
Length
60814 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAC
5' ss Score
7.82
3' ss Seq
TTATTTGTAATCTGTCCCAGCTG
3' ss Score
7.15
Exon sequences
Seq C1 exon
GAACGGTCAACAAAAGCAATGTGGTGACAGCAAGTACCTCCATCCAACTCCTGGATGAGCGAAAATCTCCTGTGGTGGCAG
Seq A exon
GTAAACCATGATTTCGGTTGAAGATTGATATAAGCAGGGCTTCTGTTTGTCTAGCACATTGACTCTCTAAAAGGTAGGTTTCAAAAATGAGAAAAACATTTCTTCTTCAGCTACATGTTATTTCCTTCGCACTAAGGTTCTAGAGAAGCAGGGGTTCTCTATCTACGCATAGAGACCCATTTGAGGAATCAAATGTCCCTTTCACAGAGGTCACTTAAATGATCAGATATTTATATTACTATTCATAACAGTAGCAAAGTAACAGTTACGAAATAACAATGGGATAATTTTATGGTTGGGGGTCAACATGAGGAATATATTAAAGGGTTGCAGCATTAGGAAGGTGAGAACTCCTCTAGAGGCTCAGGGGATTTCACGTAAAAGCAGAAATCTTTTCCAGGTTTTCTGTTGACTCTGAGCCCAGGGGAGATAGTGGGAAAATGTAGAGAAAATGCAGGAAGCTCTAGGTTGCCCATTTTATGCATTTAGGAAATGGGCATCCAAGGAATCTATAGGATTGTTTTTTAAATATTAGCACACACAAGCTGTATTAGCACACACAAGCTGTATTAGCACACACATACACGCTGAAATGTGACTTTTTCTTTAGAGACCAAGATACATGTGCAAGTTCTGGGATTGGGATCATGGGAAAGCTAAAATAGTCTACAGTTAAGTCTTGGGTTGTCAAGGAAGCCTTTTCTGTGGCTCTCTACTGTTCTCATCCGATCCAAGTCAAAGTAATGACCTATGTCTGAATGAAAGCTTTTGCTAGTGGCATTTGTACTTAGGGACTGAAATCTGCCATAGCTCTCCTAGAAAGAGAGCATGCCTGGTGCATAGTCCGTTCCTAATATGTTATTGCTGGATCCATGGGTTGATGGATGGATGGTATGTGCCAAGCACTCTCTTGATCTGGACTGTTTACCAAAGGGAGTCATTGTTTTTGGGCAGGCTGCCTCATGAAGTTGTACTTCAGAGTGACTTTGAGCATCCGTGCCTGTGTCTCTGCAACGCTGTGGTAATTTGTGGAAAGGGGAGCCAAAAGGAGCAGAGGAGCAGACCTGACTGAAGTGTTTGCTCTTTGGCTGGGAACCACTGCCTTTCCTTCCACTTTATTTCTGACAGGGCCTGTGCATCATAATTATATTAGCAGGGGCTGAACGATCTGGGGATAGCCACTCTGCTTATCCTTGGGCTATTGGATATGACAAGAAAGACAGCCTTATGTATTTGACCTGCAGCTTATCTTGAACTAGGAGGACCTACAATTAATCAGCCAACAGATACGAGCTCTGAGGATTCATGGCTTCTGTCTTCAAATGCTGTCACCTAATGCCTCATGCTCCTTGAGGAAAGGAGGAGACAGGATCACTTAACTCAGCAAGATTTATTTTTGCCTAAAGGAGGTCAGACTTGCTTACCTCTGGGCTGCTGCAGCCAGCTAATTCTAGACGCACATTATCTCCTGGGGGCTGGGGTCAGAGACAACAGCTGTCAATGACATGGTCAGACCAAAGTAGTCTTTCTGGTTCAAAATTTCACTTTAAAACCCTTTCTGTGAGTCTCTTATTCAGTGATTATAAAGGGCACTCCTGGCCTTTTCTGAAGTCACCCTAACCCAGCTACCTCTGTCCATGCATAAAAGGAGTGTTCAAATGGGTGTAAATGCCTGTTATTTTGTAAGCGAATATGACCTTGTCTGGAAGCTGTGTATCTACACTAACAGGGAGCATGCATTTGGTAAATGGTTTGCTGGTCTATTATTGAGTTACATAGCTGGCCAGAGACCACAGGCAGGCCACAGCTTGGCTCACCTTGAGGGGATAAGAAAGGCAGGTCCTATTTGTTGTCTCTAAGTGTGTACCCAAAGCTCCTTGTGTTGAGCAGATAATGACAGAGCAAAGCCAAGAAACAGGGCCATCTGGGGAACTGTTTTTAGTTTGGACCTTTTAAAGTTGGTGGCTGCTGACCTTCTTTTCCCTTCTATGTTTGTGAGACATGAAATAAAACAGAATCCCTTGGTTTTGATCTTGCAGACTGCTGTGGATACAGCCCCATGATGGCAGTGACCTCAGGGGGACCTTTCTGTCTTCCAAAGCAGAACAGTCCCTTCAGCAGACCCCTGGCTTCCATGGACAGTCTCAACCATCATGTCAGTCACCAGGCGATGAGGCTCCAAGCATTCCACTCTGCATTTTCCTCATATTACTCAGCTAGTGTTTGCCACTATGAAATAAGGGGGCCTTTTAGTTGGAGAGGCAGACTTGTTATGGCGGATGAAGATGAACTTTTGAGTAGGCTTGTTCCCCATTAGTAGGCCTCCGGCAGCAGATGGGACACAGCCAACTGGCAGGAATTTGGGGTCTCAATGAAATCCTTGTGTGCAGTTGAAGCTTATCAGAAAGAAAAGGTGTATAACTTTGCAAATAGCTCCCAAAGAGCCTGTTGAAAGGCTGTCCCGTGCACAGCCTAACCTGATATCTTCGCATTTATTAGCTGTATGTACTAGTTTGGGGACAGAAAGGGGTTTTCTTCTTTCTTTTTCTTGTCTCCTTTTTAAAACAAAAACATTTAGATACTCATCTGTCAATGACACCTTTGAAGAAAGGCCAGTTGAAGTGGGCAAGATTCCACGTAGGCATCAGCCTCAGTGTAGAGGCAGTGTCCATCCATCTTCTGGGCCTCTGACAGTGCTTCCCAGCCTCCTCTTGAGCACTCTGCCAACTTCACGGCTGCCAGCAGTGTGCCTTGCTTACTTAATTGCTTTCCCAGGGCAATAGAAGACATGGCAGGGTCTACCCAGACTCTTTCGACTCTAGAGCCTTGGAAACGCTCGTGTGTGTCAAGACCCTAATCCATTTTTCTGTTGTGATTAGAAATACAAACCTTGGAATGTAAGGTCAGCTTGAATTTGCCACTCATCTCGTAGCTTGCTCAGTTCATGGTCACGGGTCAGTGGAGCTCTGAAAGGCAGAGTCAAGATTATTATTAGCTCCTTGCTTTATTTTCATTTGGGGATAACATAAAAGAACAAGAAGAAACCACCTGGATATGAAGACATGTAAAAATGCCAGGATGTGTAGGAGTGACCCATTTTCACCTTCAATTTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATCACATTAAATAGGACTCCTGCTTTTGTCAGATATTTGACCTATCACTGAATAACTGATTATCTCCTGATGTCTCTTCCCTTTTCACCAGGTATATACATTATCAGTAATCTTAGAGTTATGTCTAGAGTAAAAGAGATGGCTCAACAGATAAGAACATACCATCCAGCCTTATAACCCATTCCCTGGAACACGCATACACATATCATAGTAATAGTAAATGAAAAAAATTAAAAGCCATACCTGTATAGGGCCAGGGAATAAAGAGCCGAGTGATTTCCTGGAAGGTTCTAGAGGTCAAAGATTGTGTGCTTTTTCTTTTCTGCACCCCAGATTGTAGCCAGCTGAGTACTTAGATTGTGGTGGGCACACATCAGTGAAATGTTATAAATTGAATTGAGCCCGTGGAAATATGCTTCACCCTAACCTAGTTATTTGCCAATTCCATGTCCATAAATTATCTAGACTAATTCTCCACTGGCCTCTCCGTCAGGAAGGCCAGCCGTTCTCTCAGGTACTACCTCTGAGGAAATGACCTGAGTGGATAAAATGGTCATGGTGTGTATAGTGTGGTGGTGGACAGATGGCACAACAGACGGTAAAGGGGACCTGTTCTTGAACTGTTTGTCCTGTTTCCATACTCACTGGCTAGACTCTGAAAAATACAAACTATATAACCTGGCCCCTTGTCAGATTTCTGGAAAAAGGATTTTGCGTGTTTATGTGCTGTGGTTGGGTAGGGTGTGTGCACAGGCACATGTGTACGCTTGTGTGAAGGCCTAATGTTGGTGTCAGATGCTTTCCTTGATGATTCTCTACTGTATATAGAGATAGGCTCTTTTGTTGAGCCTGGACGTGATGTTTTGCCTGGCTTGGCAGTCAGCCTGTTCCAGGGATTCCCTGAACTATGAGACACCCATACATTTTCTACAGGGATTCTGAAGAATCAAACACTAGGCCTCACAGTTGCAACACCTGATGAACAACCTCTTTAGCCCAGACTTCTGAATTTTTAAAGTAATACACAATTAAATCAGAGTCACACCATTTGCTCTGAAATGTACATTTTAACATATCAGAATCTAAAGTTGGTCCCAATTGTGTGCTCCATGTGACCTCTTAAATACCATAAGCAAGAGCTCTCATAGTTACCTTCTGGGGGCTGACATGGTATATATGTGAGCGATATGGCCTGAATAAGTTATTCTAGGAGTATGGGCTTCATATTCCTAGAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTCACTTGCTATATGGAGTATAGAATCTGCTGGCCAGATAAGGAGCCCCTGTCCATGCCTCAGAGACTCTCACTGGCAAAATTCAAATGCACACCATAATAACACCATCCCAAAGGATGGGACTATCTTTAGGATAGAACAATTATTTTCTGTCTTAACCAAAAGTTATCTTTTCACTGAAGTTCTAGTCTGTAATATGAATAGTAGACTGGTAGCCAATCTGATCATCATAAAAAGCTGGACATTAGAGCATTAATTTATTATATTATGACTTTTAAAGCAATTTTATTGTGGTCTGACATATCCCAAAAATCACTGCGCTTAAGCTGTAGAGTTTACTGAGATTTCAGTAGAGCAGAAGGAGATCCCGACCTTCCAGTTTGCTTAGCAAGGGACATGGATTGCATTAGATCCATTCATAAGGAAAATCTGAAAATGTGGCCTATGTGATTTCATTTGCATAATTCAAGGCAGTGTAATGAAGGGGAAGATTTCACTTTAAACAGCTAATTAGGAAGGTGATTGATTAGCATCATTAAGCATTAGCCATTGTCAGGTAAGTGCTATTTAAACT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Seq C2 exon
CTGTAGGCATTCAGATGAAACTTGAATTCTTCCAAAGGAAGTTCTGGACGGCCAGCAGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000031287:ENSRNOT00000048043:26
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]