HsaINT0026495 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000157445 | CACNA2D3
Description
calcium voltage-gated channel auxiliary subunit alpha2delta 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:15460]
Coordinates
chr3:55018206-55073557:+
Coord C1 exon
chr3:55018206-55018317
Coord A exon
chr3:55018318-55073444
Coord C2 exon
chr3:55073445-55073557
Length
55127 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAAGC
5' ss Score
7.47
3' ss Seq
GCTACCTCTTGTTCCAACAGGTC
3' ss Score
10.85
Exon sequences
Seq C1 exon
CCCAGAAATTGAAACAGACCCTGGAGCCTTGTGATACTGAATATCCAGCATTCGTCTCTGAGCGCACCATCAAGGAGACTACAGGGAATATTGCTTGTGAAGACTGCTCCAA
Seq A exon
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GTAAAATAGTCTCCAAAATTTGCTTTACAAAATATGGTAGTTGCTACCACCCAGGAGAGAAGTCTTCCTCATGGCTCTTTAATTGACGGATGGTAAATGACTGCCTCGCTACCTCTTGTTCCAACAG
Seq C2 exon
GTCCTTTGTCATCCAGCAAATCCCAAGCAGCAACCTGTTCATGGTGGTGGTGGACAGCAGCTGCCTCTGTGAATCTGTGGCCCCCATCACCATGGCACCCATTGAAATCAGGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000157445:ENST00000474759:35
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development