GgaINT0021034 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000005400 | CACNA2D3
Description
NA
Coordinates
chr12:7942904-7959039:+
Coord C1 exon
chr12:7942904-7943015
Coord A exon
chr12:7943016-7958933
Coord C2 exon
chr12:7958934-7959039
Length
15918 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAAGC
5' ss Score
7.47
3' ss Seq
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3' ss Score
10.9
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000005400:ENSGALT00000036263:31
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]