HsaINT0029087 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000170160 | CCDC144A
Description
coiled-coil domain containing 144A [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29072]
Coordinates
chr17:16734690-16761718:+
Coord C1 exon
chr17:16734690-16735643
Coord A exon
chr17:16735644-16761424
Coord C2 exon
chr17:16761425-16761718
Length
25781 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGT
5' ss Score
9.72
3' ss Seq
ATATTGTTTTACTCATGCAGATT
3' ss Score
8.12
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATTGACCTTACAGAAGCACAGGAAACTGTACCTTCACGATGTCTACATCTGGATGCAGAGAATGAAGTTCTTCAACTTCAACAGACATTATTCTCTATGAAAGCAATACAAAAGCAATGTGAAACACTACAGAAGAATAAGAAGCAGCTGAAACAAGAAGTAGTAAACCTCAAAAGTTATATGGAAAGAAATATGTTAGAACGTGGTAAAGCTGAATGGCATAAACTGTTGATTGAAGAAAGAGCAAGGAAGGAGATAGAAGAAAAATTAAACGAAGCCATTCTCACCTTGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000170160:ENST00000399273:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.336 A=NA C2=0.037
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF149151=CCDC144C=WD(100=95.6)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains