HsaINT0030806 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000177575 | CD163
Description
CD163 molecule [Source:HGNC Symbol;Acc:1631]
Coordinates
chr12:7623410-7632509:-
Coord C1 exon
chr12:7632456-7632509
Coord A exon
chr12:7623994-7632455
Coord C2 exon
chr12:7623410-7623993
Length
8462 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGT
5' ss Score
10.03
3' ss Seq
TTTTCTATTTATGGTTTTAGTTC
3' ss Score
7.93
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGGCCATTCTGAGCCACACTGAAAAGGAAAATGGGAATTTATAACCCAGTGAG
Seq A exon
GTGAGTGATGAGAATTTATTAGTCATTGTTCAAAACAGCTGCATTCCTTTTGAGGACTGAGAGCTCTTCTGGCATTAGAAAGAAAGAATGTATATAAACATATTTTATTTGCTTATGTGCATATGTTTGTATATGTATATATCTATATTGAGAATATATAAAAGCTTATAAATATAACTGATTCATCTCTTAATTATACACACAAATAGTAATAACACATCCATGGAGCTAAGGAGAAACTGAGTAAACAAATACAAATTAATCTTTTGAAGACATTACAGGTATCATTTCAGGAAAAAGATAAGACATATTATACATCTACATCGTATAATACATGCTATGGTAAAGACTGTACAAGGCACTACAGAAAGTTTGCCTAAGAAACTTTGGGGTTGTTGTAAGATGATATGATATTTAAGGTAAACTTTAAAAATAACTGAAAAATAGACAGTTCCAAAGAAAGGACACAGTATGTGCAAACTAGAGGCAGAAAAAAGAACCATGCCTTTAGGGAACTATAAGAAGTTTTTTATTCAAAAACGTATATTGAACGTATTTATGGTAACAAGTGGCACCGTGAGCACTGAAGATAGAGATAAAATCTACTATTGGCAAAGACATGATTGTTTAATAAAAGATATCATAGTCTATAGGTGGTAATATGAAGAGGCCATGTGGAGAGAAGAGAGGTGGTTAGAATCTAAGCTGAAAAGGCTGCATAGAGCCCTGTAATGAATGGTCTTACCTGCTATACTTTATGTTCTCTTTCACTGGGGGTCTGTTGAAGAGGTGATGATGAGCTTTGAAAGTTTCAGATGAGACAAGATGATTAGAATTGCATTTTACAACTTGCTTTCATGAGAAAAACATAAAAAAAAATTCAAATGTGAACAAGACGTATAGTTAAGCTATACATCAAGAGAAAAAGATTGTGAAATGAGTTACTAGATACATTTTCTGTTTTTAAAATAATAATTTGGGGAAGACTACATCTAGAAATGAAATGTAGAAAAAGTATTTTTTATAGAAATATTATATATTCCTATAATTCATCTACATATTATATATCTACATTGTATAATACATGCTATGGTAAAGACTGTACAAGACACTACAGAATATTTGTATATACGAAATATAGATTAAGACAAAGGATAAGAGTTGGAACTCTTAAAGTACATGAAATATAAATTGTGAATATCTATAAAATGCAGAGCTAATTTTACATACTATATATATACACACATAGATACATAGAGTTCTTAGAAACTGTACAGAGCACAAAAGGGTTAATATATGTGAATGTAAATTGTATGTATGTGTATGTGTAACATCTAATAGATAATTGGGCAAAGCTATGAAAAGACAATTGACACAAAATGAATTTCAAATGACAGACATTTTTAAATGTCTGGAGGATTGAAATTATAATTAACAATGAGCTATCACTTTATACAAATCAGACTAACAAAAATTTGAAATACCATCAATATTTATTACTGGCGGGAATACAGAGAAAAAGGCCATTTCAAACACTGCTTTTGGAAGTGTGAGATATGGTAGGTAGCCTTTGGAGAAAGCAATCTGGCAGTTTCTATTAAAAATTATTTTCAAAGATTCACAGACCCTTTGACCCAATAATTCTATCCCTGAGAATTTCTTCTTACCAATAAAGTCACTAGTATGTAATGACAAATATACAAAGATTCCTTTCTGCCATGTTGTTGAAAGTGGCAAAAACTAGAAACAAAGTGAATGCCAATTGATGGAGTAATGACTGGAAAAATGACGGTTTAGGCAACTAAAAAAGAAAAAATCATTATAAAATATAATAATATTCCATTTATGTATTGGCTATAATTAAATACAATGCTTACATCTATAAAATTATGCATTCATATGTGCATAAAGAAGCTAAAAATTCTAGTGTTGTAAACTGAGAACCATGAATAATATTTGATTTATAATCTGAAGCATATGAATGTTTTCTGATGTGATAAATGATAATTGAACTACTTTTCCCTGAAAGAGTAATCACTGCTGAATAACTGCTTCAGAATCACATGAGGGTGCTTTTAAAAAATGACGATTCTTTTTTTGTTTTTAATCTTTAAGTTCTGGGATACATGTGTTGAATGTGCAGGTTTGTTACATAGGTATACACGTGTCATGGTGGTTTGTTGTGCCTATCAACCCGCCATCTAGGTTTTAAGCCCTGCATGCATTAGGAGCTTAAATTTGTCTTAATGCTCTCCTTCCCCTTGCCCCCACCCCGCAGCAGGCCCCATGTGTGATGTTCCCCTCCCTGTGTCCATGTGTTCTCATTGTTCAACTCCAACTTATGAGTGAGAACATGCGGTGTTTGGTTTTCCGTTCCTGTGTTAGTTTGCTGAGAATGATGGTTTCCAGCTTCATCCATATCCCTGCAAAGGACATGAACTCATTCTTTTTTATGGCTCTATAGTATTCCATGGTGTGTATGTGCCACATTTTCTTTATCCAGTCTATCATTGATGGGCATTTAAGTTGGTTCCATGTCTTTGCTATTGTGAATAGTGCTGCAATAAACATGTGTGCCTGTGTCTTTATAGTAGAATGATTTATAATCCTTTGGGTGTATACCCAGTAATGGGATTGGTGGGTCAAATGGTATTTCTGGTTCTAGATCCTTGAGGAATTGCTACATTGTCTTCCACAATGGTTGAACTAATTTACACTCCCACCAACACTGTAAAAGCATTTCTATTTCTCCACATCCTCTCCAGCATCCGTTGTTTCCTGACTTTTTAATGATCACCATTCTAACTGGTGTGAGATGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCAGATGACCAATGATGATGAGCCTTTCTTCACATGTTTATTGGCCACATAAATGTCTTCTTTTGAGAAGTGTCTGTTCATATCCTTTGCCCACTTTTTGATGGGTTGTTTGTGTTTCTCTTGTAGATTTGTTAAAGTTCCTTGTAGATTCTGGTTATTAGCTCTTTGTCAGATGCCTAGATTGCAAAAATTTTCTCCCATTCTGTAGGTTGCCTGTTCACCCTGATGATAGTTTCTTTTGCTGTGTAGAAGCTATTTAGTTTAATTAGATCCCATTTGTCAATTTTTGGCTTTTGTTGCCATTGCTTTTGGTGTTTTAGTTATGAAGTCTTTGCCCATGCCTATGTACTGAATGGTACTGCCTAGGTTTTCTTCTAGGGTTTTTATGGTTTTAGGTCTTATGTTTAAGTCTTTAATCCATCTTGAGTTAATTTTTGTATACGGTGTAAGGAAGTGGTCCAGTTTCTGTTTTCTGCATATGGTTAGCCAATTTTCCCAGCGCCATTTATTGAATAGGGAATCCTTTCCTCATTGCTTGTTTTTGGCAGGTTTGTTGAAGATCAGATGGTTGTAGAGGTGTGGTGTTACTTCTGAGGCCTCTGTCCTGTGCCATTGGTCTATATATCTGTTTTGGTACCAGTACCATGCTGTTTTGATAACTGTAGACTTGCAGTAAGTTTGAAGTCAGATAGCGTGATGCTTCCAGCTCTGTTCTTTTTGCTTAGGATTGTCTTGGCTATACAGGCTCTATTTTTGTTCCATATCAAATTTAAAGTAGATTTTTCCAATTCTGTAAAGAAAGTCGATGGTAGCTTGATGAGAATAGCATTGAATCTATAAATAACTTTGGGCAGTATGGCCATTTTCACAATATTGATTCTTCCTATCTATGAGCATGGAATGTTTTTCCATTTGTTTGTGTCCTCTTTTCTTTCCTTGAGCACTGGTTGGTAGTTCTCCTTTAAGAGGTCCTTCACATCCCTTGTAAGTTGTATTCCTAGGTATTTTATTCTCTTTGTAGGAATTGTGAATAGGAGTTCACTAATGATTTGGCTCTCTGCTTGTCTATTATTGGTGTATAGGAATGCTTGTGATTTTTGCACATTGATTTTGTATCCTGAGACTTTGCTGAAGTTGCTTATCTGCTTAAGGAGTTTTTCGGCTGAGACAATGGGGTTTTCTAAATATACAATTATGTCATCTGCAACAAGAGATAATTTGAGTTCCTATTCCTGTTTGAATACCCTTTATTTCTTTCTCATGCCTGATTGCCCTGGCCAGAACTTCCAATACTCTGTTGAATAGGAGTGGTGAGAGAAGACATCCTTGTCTTGTGCTGGTTTTCAAAAGGAATGCTTCTAGGTTTTGCCCATTCAATATTATATTGGCTATGGGTTTGTCATAATTAGCTCTTATTATTTTGAGATACGTTTCATCAATATCTAGTTTATTGAGAGTTTTTAGCATGAAGCACTGTTGAATTTTATCGAAGGCGTTTTCTGCATCTGTTGAGACAATCATTTGGTTTTTGTGATTTGTTCTGTTTATATGATGGATTACGTTTATTGATTTACATATGTTGAACCAGCCTTACATCCAGGGATGATGCCAACTTGATTGTGGTGGATAAGCTTTTTAATGTACTGCTGGATTTGGTTTGCCAGTATTTTATTGAGGATTTTCGCATCAATGTTCATCAGGGATATTGGCCTGGAATTTTCTTTTCTTTGTTGTGTCTCTGCCAGGTTTTGGTGTCAGGATGATGCTGACCTCATAAAATGAGTTAGGGAGGAGTCTCTCTTTTTCTATTGTTTGGGATAGTTTCAGAAGGAATGGTATTTGCTCTTCTTTGTACCTCTGGTAGAATTTGGCTGTGAATTCATCTGGTCATGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTGGTAGGCTATTACTTACTGCCTCAATTTCATAACTTGTTATTGGTCTAGTCAGAAATTCGACTTCTTCCTCGTTTAGTCTTGGGAGGATGTATGTGTCCAGGAATTTATCCATTTCTTTTAGATTTTCTAGTTTATTTGTGTAGAGGTGTTTATAGCATTCTCTGATGGTAGTTTGCATTTCTGTGGGATCAGCGGTGATATCCCCTCTATCACTTTTTATTATATCTATTTGA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Seq C2 exon
TTCAGCCTTTAAGATACCTTGATGAAGACCTGGACTATTGAATGGAGCAGAAATTCACCTCTCTCACTGACTATTACAGTTGCATTTTTATGGAGTTCTTCTTCTCCTAGGATTCCTAAGACTGCTGCTGAATTTATAAAAATTAAGTTTGTGAATGTGACTACTTAGTGGTGTATATGAGACTTTCAAGGGAATTAAATAAATAAATAAGAATGTTATTGATTTGAGTTTGCTTTAATTACTTGTCCTTAATTCTATTAATTTCTAAATGGGCTTCCTAATTTTTTGTAGAGTTTCCTAGATGTATTATAATGTGTTTTATTTGACAGTGTTTCAATTTGCATATACAGTACTGTATATTTTTTCTTATTTGGTTTGAATAATTTTCCTATTACCAAATAAAAATAAATTTATTTTTACTTTAGTTTTTCTAAGACAGGAAAAGTTAATGATATTGAAGGGTCTGTAAATAATATATGGCTAACTTTATAAGGCATGACTCACAACGATTCTTTAACTGCTTTTTGTTACTGTAATTCTGTTCACTAGAATAAAATGCAGAGCCACACCTGGTGAGGGCACAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000177575-CD163:NM_203416:16
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
3' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.397 A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF135841=BatD=PD(21.7=46.5),PF063657=CD34_antigen=PD(37.9=90.7),PF066977=DUF1191=PD(17.6=41.9),PF151021=TMEM154=PD(20.5=41.9),PF118373=DUF3357=PD(23.5=44.2),PF097774=OSTMP1=PD(16.5=30.2),PF0769011=MFS_1=PD(41.9=72.1),PF041569=IncA=PD(34.5=46.5),PF145751=EphA2_TM=PD(37.0=46.5)
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)