HsaINT0030832 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000177675 | CD163L1
Description
CD163 molecule like 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:30375]
Coordinates
chr12:7378978-7396415:-
Coord C1 exon
chr12:7396095-7396415
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr12:7378978-7379298
Length
16796 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGA
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000177675:ENST00000313599:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0053013=SRCR=WD(100=90.7)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development