HsaINT0031211 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000196352 | CD55
Description
CD55 molecule (Cromer blood group) [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2665]
Coordinates
chr1:207339397-207360966:+
Coord C1 exon
chr1:207339397-207339417
Coord A exon
chr1:207339418-207359545
Coord C2 exon
chr1:207359546-207360966
Length
20128 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGT
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
TTTTTTTTTTTAATTTTCAGGGC
3' ss Score
12.18
Exon sequences
Seq C1 exon
GTACTACCCGTCTTCTATCTG
Seq A exon
GTAAGTTTGGCTCTCAGGCCATTAAAAGAAATTGTTTTCACTGTGGGATATACAATCCATATTCCTGGGAGATAATATTGTCTTCTTGTTTTTAAAAAAATGTATCCTGCAATTTATTTTTAAACTTTTTAGTATGGAAAACTTTAAACGTCACTCAAATAGGGAAAATAGTACAGTGAATCCTCATATACTCGCTCGGATTCAGCAATTTTCAACTCATGGATACCCACTTCACCCACACTCCCTGGATTATTTGGAAGATAATCCCAGACATCGTATCATTTCCTTCATAAACATTTCACTAAGTAACCTTTATAAAAACATAACCATGTAGCATACCTAAAAAAATCCAGTAATTCCTTAATATCAGCAAATATTTAGTCAATATCCAAACTTCCCTGATTATCTTATAATTTTTTAATTGATACATAATGTTTTATATATTTATGAGGTACATGTGATATTTTGTTACATGCATGGACTGTGTGATTCTCAAGTTGGTATTTGGGGTATTCATCACCTTGAGTATTATTTTTGTGTGTTGGAAACATTTTAGGTCCTTTCTTCTAGTGACTATGAAAAATATATCACACATTATTGCTAACTATACTCACCCTACTCTGCTATTGAATATTAGAATGTAATCCTTCTATCTAATTGTATGTTTATACCCATCGGCCAAAGTCTCTTCATCCTCCCTCCTACTCACACACTTTTCTCAGCCTCTGGTATCTAACATTCTTCTCTCTACCTCCATGAGAACTTTTTTAGGTCTCACATGTGAGTAAGAGCATGTGATATTTGTCTTTTTTGCTTGGCTTATTTCATTTAATATAATGGCCTCTAGTTCCATTCATGTTGCTGCAAATGACATAACTTTATTCTTTTTATGGCTGAATGTATTTCATTCTATATATGCTAGATTTGTTTTCTTTCTTTTCTTTTTTTTATTTTTATTTTTTTTTTGAGACAGGTTCTCGTCCTGTCACCCAGGCTGGTATGCGGTGGTGTGATCGTAGCTCACTGCAGTCTCGAACTCCTGGGTTCAAGCGATCCTTCCACTTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGTACTACAGGTGTGTGCCACGACACCCGGCTAAGTTTTTGAAATTTATTTTTTGTAGAGACAGGATTTTCCTATGTTGCCCAGGCTGGTTTCAAACTCCTGGCCGTAAGCGATTTTTCCGGCCTCCCAAAACGTTGCGATTATAAGTGTGAGCCACTGCACCTGGCCCCACATTTTCTTTATCCATTTGTACATTGATGGACACTTAAGATGATTCCATATCTTTGCTATTGTGAATAGTGCTTCAATAAATATGTGAATGCACATATCTTTTTGATATATTGGTTTTATTTTCCTTTGGATAAATACCCAGTAGTGGGATTGCTGGATCCTAAGATAGTTATATTTTTTTATGTTTTCAGGAACCTCCATATTGTTTTCCACAGTGGTTGTACTAATTTACATTCTCACCAACAGTATATAAGATTTCCCTTTTCTTCACGTCCTCACCAGCGTCTGTTATTTTTTGTCTAAAAATGGCCATTCTAACTGAGGTTAAGAACTGATAGCTCATTGTGGAGCTTGATTTGCATTTCCATGATGATTAGTGATGAGCAGTTTTTCATATACCTGCTGAGAAATGTCTGTTCATGTCTTTTGCCCACTTTTTAGTGTGATTATTTGTTTTTCGCTAGTAAGTTGAGTTCGTTGTATATTCTGGATATTAGTACCTTTACAGATGAATAGTTTATAGATATTTTCTTCCATTTAGCAGGTTGTCTCTTCACTCTGTTGATTGTTTCCTTTGCTGTACACAAGCTTTTTAGTTTAATATAGTCCTATTTATCTATTTTTGTTTTTATTGTCTATGCTTTTGAGGTTTTAGCCATTAAACCTTTGCCTAGACTAATGTCCTGTAGCATCTTCCTGATGTTTTCTTCTAGTATTTTTATAGTTGTGGATCTTATGTTTAAGTTTTTAATCATCTCGATTTGATTTTTGTACATGGTGAGGGGCAGAGGTCCAGTTTCATTCTTCTGTATTTTCCCAGCACTATTTATTGAAGAAGGTATCCATTTTCCAATGTATGTTCTTGGCACCTTTGTAAAAAAATCAGTTAGCTATAAATATGTGGATTTATTTCTGGGTTCTCTATTCTGTTCCATTATTCTGTGTGCCTGTTTTTATACCAATACCATGCTGTTTTTGGTTACTATAACCTTATATTTTGAAGTCAGGTAGCGTGATGCTGCCAGCTTTGTTTTTGCTCGGGTTGTGTTAGCTCTTTGGACTCTTTTGGTTCCACAATCATTTTAGGACTTTTTTTTTTCTATTTCTGTGAAAAATGGCATTGATATCTTGATAGGGGTTGTACTGAATCTTTAGATTGCTTTGGCAGTGTAGTCATTTTAACAATAATAGCTCTTCCAGTCCGTGAGCATGGGATGTCTTTCCCTTTGTGCCCTCTTCGATTTCTTTTATCTATGTTTTGTAGTTTTCCTTGTAGGGGTCTTTCACCTCCTTAGTTAAATCTGTTCCTAGGTATTTTATTTATTTTTTTAGTTATTGTCAATGGAATTGCCTTCTTGATTTCTTTCTCAGTTTGTTCATTATTGTATAGAAATGTTATTGATTTTTGTATGTTGATCTTGTTTCCTGCAACTGTACTGAATTTATCAGATCTAAGAGTTTTTGGTGAAGTCTTTAAGGATTTTTTTTTACATATAAAATCGTATCATTAAAAAAGAGGGACAATTTGACTTCCTCTATTCCAGTTTGGATGCCTTTTATTTCTTTCTTTTGCCTGGCTGCAAGTTAATAAATGAAAACTTGGTTCTCTATGAGCCAAATGAAACTTGGTTCTTCAATGAAATGGAAACTAGGGCTTACAGCATTATGTTGAATAGAAGTGGTGAAAGTAGACATCCTTCTCTTGATCCAGTTCTTAGAAGAAAGGCTTTCAGCTTTTCCTCATTCAACAGAATATTAGCTGTGGGTTTGTCATGTATGACCTTTATGATGTTAATATGCTTCTTCTATGCCTAGTTTGTTGAGAGTTTTATTGATTTCTATGTGTTGAATCATCCTTGCATCCCTGGTCGAAATCCCACTTGGTCTTGGCATACTAATTTTTTGATGTGGTGTTGGATTTGGTTTGCTAATACTTTGCTGAGAATTTTTGTGTCTATATTCATCAAGAGTATTGGCCTGTGATTTTGTTGTTCTTGTTGTGTTCTTGTCTGGTTTTGGTATCAGGGTAATGCTGGCCTTATAGAATGAGTTAGGGAAAGTTTCCTCCTCTTCAATTTTTTGGAATTGTTTCAGGAGAATTGGTATTAGTTCTCTTTTGTATGTTTGGTAGCATTTGGCTTTGAATCCATCCAGTCCTGGGCTTTTCTTTGTCAGGAGACTTTTTATTACAATTCAGTCTTACTACTCATTATTGGTCTGTTCAGATTTTCTGTTTCTTCCTGACTCAGTCTTGATAGGGAGCATGTCTCCAAGAATTTATTCATTTCCTCTAGGTTTTCCAGTTTGTCAATGTATAGGTGTTTATAATAGTCTCTGATATTTTGTATTTCTGTGGTATCAGTTGTAATGTCTCTTTTTTCATTTCTGATTTTATTTGGGGCTTCTCTCTTTTTTTCTTGGTTAGTCTAGCAAGTACTTTATCAGTTTGGTTTATCTTTTCAAAAAAACAAGTTTTCACTTTATTGTTTTTTAGTCTCTATTTTGTTTAGCTCTGCTCTGATTTTTCTTACTTCTTTCCTTCTGCTAATTTTGGGGTTGGTTTGTTCTTCCTTCTCTAGTTCCTTAAGATGCATTGTTAGATTGTTTATTTGAAATCTTTCTACTTTTTTGATGTAATCATTTATTGCTGTAAACTTCCCTGTTAGCACTGCTTTTGCTATGTCTGATAAGTTTTGCTACACTGTTGCCATTTCTATTTTTTCAAGAAATTTTTTGTCTAATCCTGAATTTCTCCCTTGACCTAATGGTCATTCAGAAGCATGTTGTTTAATTTTCATTTATTTGTACGGTTTCCAAAGTTCCTGTTGTTATTAATTTCTAGTTTAATTCCATTATGGTTTGAGAAGATACTTGATACAATTTTGACTTTTTCAAATTTATTGAGACTTGTTTGGTATCCTAACATATGTTCTATTCTGGAGATTGTTTCATGTGCCATTGAGAAAATTCTGTAGCTATTGGGTGAACTCTTCTGTTAGTGTCTGTTAGGTCCATTTGGTCTAATGTGCAATTTAAATCCAATGTTTCTTTGTGAATTTTTTGTCCAGATGAGCTAATGCTGACAGTGGGATGTTGAAGTTCTTAACAATTATTGTATTGGAGTCTATCCCTTTAGATTGGACAATATTTGCTTTATATGTTTGGGTACTCCAGGATTGGGTGCATACATACTTAGAATTGTTATATCCTCTTGCTGAATTGATCTCTTTGTCAATTATATAATGACCTCCTTTGTCTCTTTTTACTGTTTTTTACCTAAAGTCTGTTTCATCTGATATAAGTACAGCTACTCCTGTTTGTTTTTGGTTTGTGTTAGCATGGAGTATCTTTTTCCATCTCTTTACTTTCAGTCACAATGTGTTTTCACAGATGAGATGAATTTCTTGAAAGAAACGTATAGTTGGGTTGTGTTTTTGCATCCATTCAGCCAGTATACATCTTTTAAGAGGAAAGTTTAATCTGTTTACATTCAGGGTTATTGATATGTGAGGAATTATTCCTGTCATCTTATTAATTGATTTCTGGTTGTTTTGTTCCTTTTGTTCTCTCTTATTATTGTGATGTAGAGTTTTTCTTTCATAACATTTTAGTCTTTTCTCTTCTTTGTGTGTTTGCTCTACCAGTGGTTTTTAAAATTTCTGTGTGTTTTCATGATTGTAGATATCATTCTTTCTCTTCTGGGTATAGCACTCCCTTAAGCATTTCTTGTAAGCCATCTCATGGTGAT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TTTTGCACCCCAAATTAACTGATTCTTTTTGGTGATTTATCACATAGTAACTAAAAATTTATATTTATCACTAGTAAATAAAATCATTTTGATTTTAACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATTTTCAG
Seq C2 exon
GGCACACGTGTTTCACGTTGACAGGTTTGCTTGGGACGCTAGTAACCATGGGCTTGCTGACTTAGCCAAAGAAGAGTTAAGAAGAAAATACACACAAGTATACAGACTGTTCCTAGTTTCTTAGACTTATCTGCATATTGGATAAAATAAATGCAATTGTGCTCTTCATTTAGGATGCTTTCATTGTCTTTAAGATGTGTTAGGAATGTCAACAGAGCAAGGAGAAAAAAGGCAGTCCTGGAATCACATTCTTAGCACACCTACACCTCTTGAAAATAGAACAACTTGCAGAATTGAGAGTGATTCCTTTCCTAAAAGTGTAAGAAAGCATAGAGATTTGTTCGTATTTAGAATGGGATCACGAGGAAAAGAGAAGGAAAGTGATTTTTTTCCACAAGATCTGTAATGTTATTTCCACTTATAAAGGAAATAAAAAATGAAAAACATTATTTGGATATCAAAAGCAAATAAAAACCCAATTCAGTCTCTTCTAAGCAAAATTGCTAAAGAGAGATGAACCACATTATAAAGTAATCTTTGGCTGTAAGGCATTTTCATCTTTCCTTCGGGTTGGCAAAATATTTTAAAGGTAAAACATGCTGGTGAACCAGGGGTGTTGATGGTGATAAGGGAGGAATATAGAATGAAAGACTGAATCTTCCTTTGTTGCACAAATAGAGTTTGGAAAAAGCCTGTGAAAGGTGTCTTCTTTGACTTAATGTCTTTAAAAGTATCCAGAGATACTACAATATTAACATAAGAAAAGATTATATATTATTTCTGAATCGAGATGTCCATAGTCAAATTTGTAAATCTTATTCTTTTGTAATATTTATTTATATTTATTTATGACAGTGAACATTCTGATTTTACATGTAAAACAAGAAAAGTTGAAGAAGATATGTGAAGAAAAATGTATTTTTCCTAAATAGAAATAAATGATCCCATTTTTTGGTATCATGTAGTATGTGAAATTTATTCTTAAACGTGACTACTTTATTTCTAAATAAGAAATTCCCTACCTGCTTCCTACAAGCAGTTCAGAATGCCATGCCTTGGTTGTCCTAGTGTGAATAATTTTCAGCTACTTTAAAATTATATTGTACTTTCTCAAGCATGTCATATCCTTTCCTATTAGAGTATCTATATTACTTGTTACTGATTTACCTGAAGGCAATCTGATTAATTTCTAGGTTTTTACCATATTCTTGTCATCTTGCCAATTACATTTTAAGTGTTAGACTAGACTAAGATGTACTAGTTGTATAGAATATAACTAGATTTATTATGGCAATGTTTATTTTGTCATTTTGCTTCATCTGTTTTGTTGTTGAAGTACTTTAAATTTCATACGTTCATGGCATTTCACTGTAAAGACTTTAATGTGTATTTCTTAAAATAAAACTTTTTTTCCTCCTTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000196352:ENST00000367064:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.938 A=NA C2=0.036
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF139001=GVQW=PD(23.4=26.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development