MmuINT0032426 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026399 | Cd55
Description
CD55 molecule, decay accelerating factor for complement [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:104850]
Coordinates
chr1:130439027-130447639:-
Coord C1 exon
chr1:130447619-130447639
Coord A exon
chr1:130440380-130447618
Coord C2 exon
chr1:130439027-130440379
Length
7239 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGT
5' ss Score
11.01
3' ss Seq
TTTTTTTCTTTAACTTTCAGGAC
3' ss Score
12.47
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGTGACCGTTATATATATG
Seq A exon
GTAAGTTTGACTCACAGGGAGTTAGAAGAAATTGCCATCACTGTGGGAAACATAGTCTACATTTCTGGAAGAGAATCTTATCTTATAACTGTCTCAGGAAAACGATCAAAATGCAGTGTTTCTGGGCACCTAAGGGAAGATGGGTAAATCCCTTTAATCCGCTTGTTTTGTGGACACCATTAGGCGTCCAGTATGCTCCTTCCTATTCTCAACAGTGTTCCTGTTCTCAGGGAGTCTTAGGACAGCTTCAGGTCATTTGGCCAATCAGTCAGGTAGCATTGAGTGCCCGTTGTGTCAGTCGCTCACTTTAGGGACAGAAGAAGCACAGAAACGGAGGTCAACATGGTTCTTGTCTAAAGAGCTGCATAGTCAACCAACTCTTTGACCAGTTTTATGTCTCTGTCATAGGCCAAGTGCCAGCAAGAGTCTCAGCTTTAGATATATTTGTCCTTCAACTCTAGTAACAGTTTTAAGCAGAGTTCTGTTAAAATGTATTCTCTACATGCTAATATGGTTGGCAAAGGTAAACCATGTCTTATGTTGTGAATCCTTTTAGCATTTGGTCAGTATATTTCTATGTACATTATATTTACTGTTACTCATTAATAAGGTCAACAAACCCCCGAACAAAATGCTAAGAGACTTTGTTAAATAGAAAAATAGCAAAGAAGCATACAAAGTCATGTGCAACTGTAAATATCCTTTCATGAAAAGATGTGTATTTTACCATTTTGTATGAATCAGTGATATCACCTTTTCATACATGAATGAATGTATTAGCTAAGGGACACGCCCTGAAAACAGGTACTCGGTTTCCAATGTTACTCTTACGGGTGTTTGTCATACTTAGTTTATGTTTAAGCTAAAAATTTAGTTAGAGATATCACAGCAGGGGCAATTGCTTTTGTACATTTTCTAATTTAAATAGAAATAAATGTATTCTAAGCTAATGCAAAAACATCTCCTGATTGATTTGCCAAAGTGGTGAGTTTAACACCTGATTTTCTGTTGTTTGCTCAGTGATATTTACTATAGATTTGAGATACTGGCTATTTAACATTTTTTTTTAAAAAATAAATGTAGTTTTTATGGTGCTGGGGGTGCAACACAGGCCTTGTATGCATCAGGCACAGGCTCAGCTGATGAACTCACCCCTCTCATTTTGTATTTGAAATTCCCCGAGTATGTACACTTGTTGTCAGGAAGCTTCCTGAGGGTCTGTACTAGTTTACCTGTGTTCTGACAGCTCATTCCTGCAGGCAGGCATATGTCACAAGTGTCATTGCTTAAGTGTAGCCTGTTAACTCACTGTAAAGATGAGATCCGTGTTACAGGAAAAGTGGCTGTTTATTCATTTTTGTTTCTTTATGGACAACTGGGAGTGTTTTTAATTTCACCTGCTAGTGAGGGCACGGAGAACTGGGCATCACCGAAATTTCATGCATATATATTGTTATACTGCATTCTTATTCAGCTCCCTCATTCTCACTTGGCAAAAAGCTTTTGTCCACTATATGATAATATACTAGAAATTTGCCATTTTTCCCATTTAATTCCTCGAAGAGAAGATAGAAATCATCAGATCTTCTTAATTTGCATTATCAATGCCACTGGTGTGAATTTTAAATGTTGTGACTCTTGGCTCTGCCAGAATCCATTCCCTACCCATCTCTCATTCTTATCTTCTCTCTGACAAGAATCTGTTAAGCATCTTTTCCCCTGATTAACCACACCTCATGAAATATTAATTCCACGCATGCACTGTAAATCATAAATCTATGTTTTCTATATGCCTGTACTTTTTACATATAGAAAAGTAATCTTTTTACTCTTTGGGTTAGCTCTCTTTGGCAGTATTGAGATCAGCATAGTTTTATTGCCTTTTAAGTTGACATCATCTAGAAGAAAAACAACAAAAGAACTTGTGCTTACAAATCGGTCAAACTTTGGCTTCAATCTGACTTTTTTTGTTTAGCGAATATTTAACCCAACAATTAAGTTAATCTCTTGGGTCCCAGTTTTCTCATCTATGAGACAGAGTCTGTGTAAGCTTACATGTTATAAGGGACATGAACAATTCTAGCCTAAGTAGCAAGAGATGAAGGCATGAGTCTCCAAGAAGTCACAGTATGGGGTCCTTATTCTTTCTCTGAGATAGTTTTATACAGATGCCTTGAACTCATAGAAACCTGTCTGAACCTTAGGTTAAGAGTAAGGTTTTATTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTGGTGTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGACTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGTTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCGGAGTGATGGGATTAAAGGCGTGCGCTACCACGCCCGGCAAGAGTAAGGTTTTATTGCTGTGGCAATGCACAACAATAATAAACGAAAAGAGCATCAATGCTCAATAACATCAAATAGCTATTTGCCAAGGACCTCCTCTTTGCCTAGCCCTGTGCTTATTGTTTAAAAGTGATCTGCTGATACAGAAAATCCTTGCAGTGTTTGAAATAGTGCACAGATGCATCTCTGACAGAGAATCTCAGGGAATTACAGCTCTTATTGAAGAATGCCATTTTTAAAAGTTACATACTTCTTCTTGGATCCCTTCAACTTTCAGATTTTGGGCATGTGCATCATTATTGTAACTGCATCCATTGTTGCATACCACCCTCTATGCTAAGTTGCTCAACTCTTCAGTCAGTACTTATGTTTGTGTTCGGTGTTTTATCGATTACCCAGTGAATTTGAGATCATAAACAACTGCATTTATGGATAAAGGTCTTGCTTGTAACTTGAGAATTATGTTTTTATTAGTTTCCTGGTCACTTGTGTCATTTGTACTCTACAAATAGCCTCTCTTTAAAACTTTCCTTTGAGACTCAAATTCTTTACCTACGGAATGTGAGTGAAGTCCAAGTTCTTACTCTAAAATGATATCTTTCGTCAGTCACCACCTTCAATCAGATTGGAACAAGCTTACATTTAAATAAACCTTTCCCCCAGCAGTATCAGGCCCTGCTCTTGGAGCACTGAGCTGGCTTAGGATATTTTACTTGCTCTTCCTTCTGAGAGGACAAGTGAGTGACAGGCACTGTTGATTGCTGAGTCTCTGGTCCAAGGGAACCACATGCAGGGTGCACTTCATTTCTCCTATTGACTTCTTGGTCTTGCGTTCTAATGGTGAAACTACAGTGTATGTAGAAGCTTCTGTGTTACCAATTTCCCCTCTCAAGGCTTTGAGGCTGCTGATGTAGTAACTGGTATCCCAGGCCTCGTCAGTTTTCTGGCACTATGATCTTAAAAGTTTCTCCTTTTTTTTCTTGTGAAATTTGAATATTGTATTTAAATCACATTCTTAGCTTTAGACCTCTTTTGGAATACTGTTTCTTTCCCTTTTTAATTGCTACCCTGGGGGATGTCTCTCCCCCTCTCCACCAGTTCCTGCCAGTACATTTAAGGACAGTAATGGTATTTCAAAGAAAAACGATATTAAAGTCAAAGTTCCTCCTCACGCTATATGAGTGACGACTTACTCCCTTTCTATTGAATTTAATTTGTGGTAATATCTGTGTGCTGTAGAGAAGCAAAGATATCCAGAAAAAGCTGGCTCATAACATCTTTAAATTGTCCATGAATAAGCAGTTTTCCACATCTGGTATGGGAAAGGAGCTAAGCCACCCTGAGCAGTTCTGAACTCCATCTTTCCGGTTTGAATCCAGAAGGTTCTTTATGCAGGCTGTGGCTTAGAGACTTTTCACTTTTATCTTTACGATGGAAAAAGACCAAACTGCCTGTTGGAGTGTGAGTGAGGCTCAAGTAGATTGTCACCCATCAAGAGAATCAAAAGGTGCTCAGCATAAGTCAACACCCAGGCGTTAGACAGCATAGGTTAAGTCAAGCCTTATCTGAAATAGCTGATGTGCTTTGAATGGGATTAAATATAAATGGCCTAGTTGGCTCTTATATCCCCTGGTCAAGTGCGGCAATTTAAATTGATCCTATTTCATCGTGGCAGTTTAACTACTCAGAAATCAGACAGTTTGTGCACACCCGAGTTACTTCAAAACTGACTTAATTCCTGCCTGTTTTAGTCAGTTAATTAATTATTATAACTACCTTTTAATGCTATTATTAAAGCACCATTTTAATGTTAACTCAGATTAGTTTTCTTTTTATGCCATATAGATCTTTTTTCCCCTGTTAAACTAGCAGTAGCTTTTAAATACGAAGGCTTCCTCTTTCCTTTTCTTTGGCTTTACATGAATTAATGGTTTGGCATGTTTACCTGTCTCTGAGTGTACTTAGTGCCTGAGGACCAGAAGAGGGTATCAGATTCTCTGGAACTAAAGTTACAAATAGTAAACTGCCTTGGCTGGGAATTCAACCCTTATCCTCTGGGGGAAAAAAAAGCTAGTGGTTTTTACTGCTGAGTTACCTCCAGTCCTTGTGCACACATTATTAAAGGCTTACAGGTTCTAGTATTTACTGCACAGTGTCATAGAAAGAACTTAGGCATCTGTGGATTTTAGAGCCATAAGGGCTTCCTGGAACCAATCTTTTTCATTCCTTAGTAGATAGCAAGAGATGGCTGCCTTCAAAAAGCAGTGTTTTTTATTTCCAAAGTTTCAGTTATTGCCAGAGTTGTTTGTTGAACTTAACTGTTTGTTGAATGAATGGCTCACATCCTGATTCTTTCTTTACTGTGATGTACATCATCACTTACTTTAAAAACTTTATCGTTTGAGAATTTCACAAATGGATGTCTTTAAAGGTTTGCTTATCTTTATATGCACGACTGTTTTTGTCTGCATCTATATATGTGCACCCCCTGTGTCAAGTGCCCTATGGGCCAGAGGAGTCAGTAGATTTCTTGGCACTGGAGTTAGAGCTGCTATGTATGAGGGCCTCTGGGAATTGAACCCCAGTCATCACGAAAAGCAGGCATTGTTCTTGAATCAGTGAGCCATCTCTTTAGCTCATGACTATGTTTTGATCAGTGTCCCTACTCCCTCCCTCCAAGCTCCTCCTATGCCCACACCACTGGGTTTTCCTTCTAATCTCATGGACTTTTTAAAAACCTATTGAATCCGCTTAGTGCTGCCAGTCTGAGTTGCCATAGGCCTGACCACTGGAGTGTGAGCATCATATTAGGGGCTGCATCCAAAGAACAGTGACTCCGCCTATCCCCAGCATCCACTACATCCATCACATTTTCAGTGTCTTTACCAGGAGTACCCCAGAGAGGCTTTCCTTAGGAAACTGGGGATTTTCAGTGGCTTGATTTTGGGAGGTCTTGTAAATGGCTACTCTGAGACTGTGTGAAACAGCTCCCTTGTAACTAGAAAACCCCTTTAGCACCTTGGGTACTTTCTTCAGCTCCCTAATTGGGGACCCTGTGAGCATCTGCTTTTGTATTTGTTAGGCACTGGCAGAGCCTCTCAGGAGACAGCTATATCAGGCTCCTGTCATTAAGATCTTGTTGGCATCCAAGGTTATATGCCCCAGTATAGGGGAGTGCCAGGGCCAGGAAGCAGGAGTGTGGTTGGTGAACAGTGGGAGGGAGAGGGGGATAAAGGATATTCAGAGAGGAAACTAGGAAAGGGGATAACATTTGAAATGTAAATAAAAAAATTCTTAAAAAAAAACTTAACAAAGAAGACACAGTTTCACAAATGTCCTCCACTAACCCCTAGTTCTTACAGTCTTACTACTACTTCTTCTGAGATCGTACATGGCCATAGAGGAAGGGCTGTGATAAAGATATCTCTTTTATTCTCGTTATCTGCACTCTGGGCACTTGTGAGTCAGTGTTAATCACCATCTAGATGCATCTTCTAAGCATCTCTGAAGAGGACCAAGAGCTTTCCTGATCTATGGGTGTAAAAATAGGGACTTGGGGGCAATTTAACACTGTGCTCAGTTAGTAGGACATTAGAAGGAGGATTTCCCATAGGGCCTGTTTCTTACTTAGCCATGGGTACTTGGACTAGTTAACACTACCAGTCTCTAGGAAAGGCCTGAAATCCAACCAGCAGTTGGTTGTCTCCACTAGATTCATGCCATTGTGGTCTCAATGGGTACATCTTGCCAGCCTAGTCCTTCCTCCACTGACATGGTCCATAACTGGGTAAGATGGCTGATGACTTCCCCATGAATAGCATATACAGCACCTTCAGCTACTATGGAAGTTAGGCAGTGGGGATGAGTGTGGTCAGTCCCAGCTTGCATTCCCAGTGTCTTATGGTGGTTCCTGAAACAGTGTCTGACCATCAAGTTCAGGAGGGTAACCAAGAGCAATGACAATGGCCTACAGTGTTTTGGGGAGACCGTGGCACCCAACTGACCAGCAGATTAAACTGATGTTGGGTTTTTTGTTTGATAGCCTCTTATGCCTTGTATAGGTTAAATCCACTTAAACTCATCTTATATATGTACATATATTTTAGGAGACCTCAACAATAGTAGGGCTCCACGTGGACTTAAGCCGCTCTTCTACCTTGGCCTCCCATTTACTACTCTGCATTAATTCCTGAACTATTGCTTTATCTTGTTTGTACTAGGCTTATCTCATTGTAATTACAAGTATTGGCATGCCATTATACCACAAGTATTTGAGACAGGGAGTGATGGTCCTTGGGGCTTAGTAAAAATGTTTGGTTGAAACACTTTCCTCCATAAATAGGTTATCTTATTTTCTGTGTGTTTTTCTATTCACTTGTTGACTTTTAGACTCTCCATTATCCCAGAAACATCCACATTGAGATATGTTTTTATAACTTTATTTGTGGATCATGAAAGATAATTTTTATATCTTTTTTGAAAATAGTTTAATGCAAATGTATTTGTGAATGTTCTCAATTGTTTTAATCTATTGAAACTTTACATGTAGTTGTTCAGGTGTCTTTCATTGGCTCTTATTCTCAAAGTATCTTCAGTGTGCTAAGATACAAAAAGCTGCCTTTCGTACTTGTTTCCATAATTACTGAAGTATATTGAAGTAAGCTGAAGGCTCTTTATTATCTTTGACTTACATTAAGACATTTGACATTTGTTTTGAGCTCCTAATTAGCCAGTTCTTCTAGTGTTTTATCCCACTGAACCCGAAAAGTTAATGTTTATCATCAGTAAATAAAATCATTTTGATATTAATTTTTTTCTTTAACTTTCAG
Seq C2 exon
GACATACATGTTTAATAACCTTGACAGTTTTGCATGTGATGCTATCACTCATTGGCTACTTGACATAGCCAACGAAGAGTTACGAAGAAAGTATATAAAACTACTGATAATACTTCTAGTTTGTTAGACTGTCCAAGAAGAATGGATACAATAAATTTAATAGTGTTGTTTGTTCTGCATGCTGTCATTGTCTTCAAGATGTGTTAGAAATGTTAAGAAAGCATGAAGAAAGTTTGTTTGGTATGGCATTTGTGATGCATATAAGTCTCTTGGAAATATTTCAAAACTAGACAAATTCACAACATTGCATGGTCTCTTTTCTAAAAAGTGTGGGAAAGTGTAGAAAATTTCCAGACTAGTATGGTAATGTGGGGAGAGGGAAATCATGATTTCTTAGGCTAGATCTATCCTGTTAGTCTAGCTTATGATTAAAATAGGAAGCTAAAACATACTGATTAGATTGCAAAAGTAAACCAAAGTCCCCAAACAAAACTTCTGTTCTTGTAAGCAGAATCGCCACAGAGGTGGCACATTCTAATTTAACCCTTGACCTGAAGATGTTTTCACTTTTACTTTCTATGAAGATGAGTTGGCTAAATGTTATAAAGGAAGACTATACTAACAAACCTGCAGTGGAAGCTCACTTGATACAGTGCTTGTACCACAAGCCTAAATCTCTGAGCTCCTTCCTCAGCACACAGTTATAATAATCCCAGTATTTGGGAGATGAAGGCAAGAAGATCAGAAGTTCAAGGTCATTCTGCGTTACCTGATGAGGTTCAGGCCAACATGGGATACCTGAGACTCTGTAGTAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACATACATCATAGATGGATGGATGCATGAACAGGTATAGATAGATAGATAGACAGACAGACAGACAGACATACAGACAGAAAGAAATGAAGAATGTTGAACCTTTTGAATTAGTTGATGGCAAATTAAGAGGAAGTGGTTGGAGACCACGTTTAGTAATTTACCTGTAAACACAGATCTGAGTCAGGAATAGTTCACTGTGTTTAAGAAGGATACACTGCAGTTTGCTCTCAGGGAAATCTTGTTTTGTTTTCACCAGTAAAAAATGCCCTAGGAAGGTATCTTTCACAGACTGACCATTTGTATAATAGTGTCTGATGGTATCGTAACATCTACATATGAACAGGTTTTGTACTTCAGACATGACATGTTCATAGCCAAACTGTAAATCATATTCTTTTGTAATATTTAGATAAACCTATTTATATTTATTTATATCCGTAAACATTTTAGTTTTAAATGTATATCAAGAAGATTTGTAATAAAAATAGAAATAAATAAATA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026399:ENSMUST00000027650:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.149 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types