MmuINT0032426 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026399 | Cd55
Description
CD55 antigen [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:104850]
Coordinates
chr1:132335607-132344216:-
Coord C1 exon
chr1:132344196-132344216
Coord A exon
chr1:132336957-132344195
Coord C2 exon
chr1:132335607-132336956
Length
7239 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGT
5' ss Score
11.01
3' ss Seq
TTTTTTTCTTTAACTTTCAGGAC
3' ss Score
12.47
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGTGACCGTTATATATATG
Seq A exon
GTAAGTTTGACTCACAGGGAGTTAGAAGAAATTGCCATCACTGTGGGAAACATAGTCTACATTTCTGGAAGAGAATCTTATCTTATAACTGTCTCAGGAAAACGATCAAAATGCAGTGTTTCTGGGCACCTAAGGGAAGATGGGTAAATCCCTTTAATCCGCTTGTTTTGTGGACACCATTAGGCGTCCAGTATGCTCCTTCCTATTCTCAACAGTGTTCCTGTTCTCAGGGAGTCTTAGGACAGCTTCAGGTCATTTGGCCAATCAGTCAGGTAGCATTGAGTGCCCGTTGTGTCAGTCGCTCACTTTAGGGACAGAAGAAGCACAGAAACGGAGGTCAACATGGTTCTTGTCTAAAGAGCTGCATAGTCAACCAACTCTTTGACCAGTTTTATGTCTCTGTCATAGGCCAAGTGCCAGCAAGAGTCTCAGCTTTAGATATATTTGTCCTTCAACTCTAGTAACAGTTTTAAGCAGAGTTCTGTTAAAATGTATTCTCTACATGCTAATATGGTTGGCAAAGGTAAACCATGTCTTATGTTGTGAATCCTTTTAGCATTTGGTCAGTATATTTCTATGTACATTATATTTACTGTTACTCATTAATAAGGTCAACAAACCCCCGAACAAAATGCTAAGAGACTTTGTTAAATAGAAAAATAGCAAAGAAGCATACAAAGTCATGTGCAACTGTAAATATCCTTTCATGAAAAGATGTGTATTTTACCATTTTGTATGAATCAGTGATATCACCTTTTCATACATGAATGAATGTATTAGCTAAGGGACACGCCCTGAAAACAGGTACTCGGTTTCCAATGTTACTCTTACGGGTGTTTGTCATACTTAGTTTATGTTTAAGCTAAAAATTTAGTTAGAGATATCACAGCAGGGGCAATTGCTTTTGTACATTTTCTAATTTAAATAGAAATAAATGTATTCTAAGCTAATGCAAAAACATCTCCTGATTGATTTGCCAAAGTGGTGAGTTTAACACCTGATTTTCTGTTGTTTGCTCAGTGATATTTACTATAGATTTGAGATACTGGCTATTTAACATTTTTTTTTAAAAAATAAATGTAGTTTTTATGGTGCTGGGGGTGCAACACAGGCCTTGTATGCATCAGGCACAGGCTCAGCTGATGAACTCACCCCTCTCATTTTGTATTTGAAATTCCCCGAGTATGTACACTTGTTGTCAGGAAGCTTCCTGAGGGTCTGTACTAGTTTACCTGTGTTCTGACAGCTCATTCCTGCAGGCAGGCATATGTCACAAGTGTCATTGCTTAAGTGTAGCCTGTTAACTCACTGTAAAGATGAGATCCGTGTTACAGGAAAAGTGGCTGTTTATTCATTTTTGTTTCTTTATGGACAACTGGGAGTGTTTTTAATTTCACCTGCTAGTGAGGGCACGGAGAACTGGGCATCACCGAAATTTCATGCATATATATTGTTATACTGCATTCTTATTCAGCTCCCTCATTCTCACTTGGCAAAAAGCTTTTGTCCACTATATGATAATATACTAGAAATTTGCCATTTTTCCCATTTAATTCCTCGAAGAGAAGATAGAAATCATCAGATCTTCTTAATTTGCATTATCAATGCCACTGGTGTGAATTTTAAATGTTGTGACTCTTGGCTCTGCCAGAATCCATTCCCTACCCATCTCTCATTCTTATCTTCTCTCTGACAAGAATCTGTTAAGCATCTTTTCCCCTGATTAACCACACCTCATGAAATATTAATTCCACGCATGCACTGTAAATCATAAATCTATGTTTTCTATATGCCTGTACTTTTTACATATAGAAAAGTAATCTTTTTACTCTTTGGGTTAGCTCTCTTTGGCAGTATTGAGATCAGCATAGTTTTATTGCCTTTTAAGTTGACATCATCTAGAAGAAAAACAACAAAAGAACTTGTGCTTACAAATCGGTCAAACTTTGGCTTCAATCTGACTTTTTTTGTTTAGCGAATATTTAACCCAACAATTAAGTTAATCTCTTGGGTCCCAGTTTTCTCATCTATGAGACAGAGTCTGTGTAAGCTTACATGTTATAAGGGACATGAACAATTCTAGCCTAAGTAGCAAGAGATGAAGGCATGAGTCTCCAAGAAGTCACAGTATGGGGTCCTTATTCTTTCTCTGAGATAGTTTTATACAGATGCCTTGAACTCATAGAAACCTGTCTGAACCTTAGGTTAAGAGTAAGGTTTTATTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTGGTGTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGACTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGTTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCGGAGTGATGGGATTAAAGGCGTGCGCTACCACGCCCGGCAAGAGTAAGGTTTTATTGCTGTGGCAATGCACAACAATAATAAACGAAAAGAGCATCAATGCTCAATAACATCAAATAGCTATTTGCCAAGGACCTCCTCTTTGCCTAGCCCTGTGCTTATTGTTTAAAAGTGATCTGCTGATACAGAAAATCCTTGCAGTGTTTGAAATAGTGCACAGATGCATCTCTGACAGAGAATCTCAGGGAATTACAGCTCTTATTGAAGAATGCCATTTTTAAAAGTTACATACTTCTTCTTGGATCCCTTCAACTTTCAGATTTTGGGCATGTGCATCATTATTGTAACTGCATCCATTGTTGCATACCACCCTCTATGCTAAGTTGCTCAACTCTTCAGTCAGTACTTATGTTTGTGTTCGGTGTTTTATCGATTACCCAGTGAATTTGAGATCATAAACAACTGCATTTATGGATAAAGGTCTTGCTTGTAACTTGAGAATTATGTTTTTATTAGTTTCCTGGTCACTTGTGTCATTTGTACTCTACAAATAGCCTCTCTTTAAAACTTTCCTTTGAGACTCAAATTCTTTACCTACGGAATGTGAGTGAAGTCCAAGTTCTTACTCTAAAATGATATCTTTCGTCAGTCACCACCTTCAATCAGATTGGAACAAGCTTACATTTAAATAAACCTTTCCCCCAGCAGTATCAGGCCCTGCTCTTGGAGCACTGAGCTGGCTTAGGATATTTTACTTGCTCTTCCTTCTGAGAGGACAAGTGAGTGACAGGCACTGTTGATTGCTGAGTCTCTGGTCCAAGGGAACCACATGCAGGGTGCACTTCATTTCTCCTATTGACTTCTTGGTCTTGCGTTCTAATGGTGAAACTACAGTGTATGTAGAAGCTTCTGTGTTACCAATTTCCCCTCTCAAGGCTTTGAGGCTGCTGATGTAGTAACTGGTATCCCAGGCCTCGTCAGTTTTCTGGCACTATGATCTTAAAAGTTTCTCCTTTTTTTTCTTGTGAAATTTGAATATTGTATTTAAATCACATTCTTAGCTTTAGACCTCTTTTGGAATACTGTTTCTTTCCCTTTTTAATTGCTACCCTGGGGGATGTCTCTCCCCCTCTCCACCAGTTCCTGCCAGTACATTTAAGGACAGTAATGGTATTTCAAAGAAAAACGATATTAAAGTCAAAGTTCCTCCTCACGCTATATGAGTGACGACTTACTCCCTTTCTATTGAATTTAATTTGTGGTAATATCTGTGTGCTGTAGAGAAGCAAAGATATCCAGAAAAAGCTGGCTCATAACATCTTTAAATTGTCCATGAATAAGCAGTTTTCCACATCTGGTATGGGAAAGGAGCTAAGCCACCCTGAGCAGTTCTGAACTCCATCTTTCCGGTTTGAATCCAGAAGGTTCTTTATGCAGGCTGTGGCTTAGAGACTTTTCACTTTTATCTTTACGATGGAAAAAGACCAAACTGCCTGTTGGAGTGTGAGTGAGGCTCAAGTAGATTGTCACCCATCAAGAGAATCAAAAGGTGCTCAGCATAAGTCAACACCCAGGCGTTAGACAGCATAGGTTAAGTCAAGCCTTATCTGAAATAGCTGATGTGCTTTGAATGGGATTAAATATAAATGGCCTAGTTGGCTCTTATATCCCCTGGTCAAGTGCGGCAATTTAAATTGATCCTATTTCATCGTGGCAGTTTAACTACTCAGAAATCAGACAGTTTGTGCACACCCGAGTTACTTCAAAACTGACTTAATTCCTGCCTGTTTTAGTCAGTTAATTAATTATTATAACTACCTTTTAATGCTATTATTAAAGCACCATTTTAATGTTAACTCAGATTAGTTTTCTTTTTATGCCATATAGATCTTTTTTCCCCTGTTAAACTAGCAGTAGCTTTTAAATACGAAGGCTTCCTCTTTCCTTTTCTTTGGCTTTACATGAATTAATGGTTTGGCATGTTTACCTGTCTCTGAGTGTACTTAGTGCCTGAGGACCAGAAGAGGGTATCAGATTCTCTGGAACTAAAGTTACAAATAGTAAACTGCCTTGGCTGGGAATTCAACCCTTATCCTCTGGGGGAAAAAAAAGCTAGTGGTTTTTACTGCTGAGTTACCTCCAGTCCTTGTGCACACATTATTAAAGGCTTACAGGTTCTAGTATTTACTGCACAGTGTCATAGAAAGAACTTAGGCATCTGTGGATTTTAGAGCCATAAGGGCTTCCTGGAACCAATCTTTTTCATTCCTTAGTAGATAGCAAGAGATGGCTGCCTTCAAAAAGCAGTGTTTTTTATTTCCAAAGTTTCAGTTATTGCCAGAGTTGTTTGTTGAACTTAACTGTTTGTTGAATGAATGGCTCACATCCTGATTCTTTCTTTACTGTGATGTACATCATCACTTACTTTAAAAACTTTATCGTTTGAGAATTTCACAAATGGATGTCTTTAAAGGTTTGCTTATCTTTATATGCACGACTGTTTTTGTCTGCATCTATATATGTGCACCCCCTGTGTCAAGTGCCCTATGGGCCAGAGGAGTCAGTAGATTTCTTGGCACTGGAGTTAGAGCTGCTATGTATGAGGGCCTCTGGGAATTGAACCCCAGTCATC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Seq C2 exon
GACATACATGTTTAATAACCTTGACAGTTTTGCATGTGATGCTATCACTCATTGGCTACTTGACATAGCCAACGAAGAGTTACGAAGAAAGTATATAAAACTACTGATAATACTTCTAGTTTGTTAGACTGTCCAAGAAGAATGGATACAATAAATTTAATAGTGTTGTTTGTTCTGCATGCTGTCATTGTCTTCAAGATGTGTTAGAAATGTTAAGAAAGCATGAAGAAAGTTTGTTTGGTATGGCATTTGTGATGCATATAAGTCTCTTGGAAATATTTCAAAACTAGACAAATTCACAACATTGCATGGTCTCTTTTCTAAAAAGTGTGGGAAAGTGTAGAAAATTTCCAGACTAGTATGGTAATGTGGGGAGAGGGAAATCATGATTTCTTAGGCTAGATCTATCCTGTTAGTCTAGCTTATGATTAAAATAGGAAGCTAAAACATACTGATTAGATTGCAAAAGTAAACCAAAGTCCCCAAACAAAACTTCTGTTCTTGTAAGCAGAATCGCCACAGAGGTGGCACATTCTAATTTAACCCTTGACCTGAAGATGTTTTCACTTTTACTTTCTATGAAGATGAGTTGGCTAAATGTTATAAAGGAAGACTATACTAACAAACCTGCAGTGGAAGCTCACTTGATACAGTGCTTGTACCACAAGCCTAAATCTCTGAGCTCCTTCCTCAGCACACAGTTATAATAATCCCAGTATTTGGGAGATGAAGGCAAGAAGATCAGAAGTTCAAGGTCATTCTGCGTTACCTGATGAGGTTCAGGCCAACATGGGATACCTGAGACTCTGTAGTAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACATACATCATAGATGGATGGATGCATGAACAGGTATAGATAGATAGATAGACAGACAGACAGACAGACATACAGACAGAAAGAAATGAAGAATGTTGAACCTTTTGAATTAGTTGATGGCAAATTAAGAGGAAGTGGTTGGAGACCACGTTTAGTAATTTACCTGTAAACACAGATCTGAGTCAGGAATAGTTCACTGTGTTTAAGAAGGATACACTGCAGTTTGCTCTCAGGGAAATCTTGTTTTGTTTTCACCAGTAAAAAATGCCCTAGGAAGGTATCTTTCACAGACTGACCATTTGTATAATAGTGTCTGATGGTATCGTAACATCTACATATGAACAGGTTTTGTACTTCAGACATGACATGTTCATAGCCAAACTGTAAATCATATTCTTTTGTAATATTTAGATAAACCTATTTATATTTATTTATATCCGTAAACATTTTAGTTTTAAATGTATATCAAGAAGATTTGTAATAAAAATAGAAATAAATAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026399-Cd55:NM_010016:9
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.149 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: