HsaINT0036295 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000184293 | CLECL1
Description
C-type lectin-like 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:24462]
Coordinates
chr12:9875091-9885860:-
Coord C1 exon
chr12:9885545-9885860
Coord A exon
chr12:9875410-9885544
Coord C2 exon
chr12:9875091-9875409
Length
10135 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGC
5' ss Score
8.69
3' ss Seq
CTTATCTTCCTTTCTTCCAGTTT
3' ss Score
10.26
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGTTAGTAATTTCTTCCATGTCATACAAGTATTCGAGAAATCTGCTACCTTGATTAGTAAGACTGAACACATTGGTTTTGTCATTTATTCATGGAGGAAGTCCACCACCCACTTGGGGAGCAGAAGGAAATTTGCCATCTCAATTTACTTATCAGAAGTTTCTTTGCAGAAATATGATTGTCCCTTCAGTGGGACATCATTTGTGGTCTTCTCTCTCTTTTTGATCTGTGCAATGGCTGGAGATGTAGTCTACGCTGACATCAAAACTGTTCGGACTTCCCCGTTAGAACTCGCGTTTCCACTTCAGAGATCTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
TTTCTTTCAACTTTTCTACTGTCCATAAATCATGTCCTGCCAAAGACTGGAAGGTGCATAAGGGAAAATGTTACTGGATTGCTGAAACTAAGAAATCTTGGAACAAAAGTCAAAATGACTGTGCCATAAACAATTCATATCTCATGGTGATTCAAGACATTACTGCTATGGTGAGATTTAACATTTAGAGGTGACAGCATCCCCCACACTGGCAGTGAATTTTTTGTGCTACAAACTTGGCAAAAGTCTGTGAAAAGAAGTTTCAACTTCATGTGTTATTAACTATACAAATATTAGTTGAATGAATTGTTGAATTACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000184293-CLECL1:NM_172004:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)