HsaINT0038698 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000188517 | COL25A1
Description
collagen type XXV alpha 1 chain [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18603]
Coordinates
chr4:108852902-108859733:-
Coord C1 exon
chr4:108859656-108859733
Coord A exon
chr4:108852926-108859655
Coord C2 exon
chr4:108852902-108852925
Length
6730 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGCAAGT
5' ss Score
3.1
3' ss Seq
TCAACACATTTTCCCAACAGAGG
3' ss Score
7.52
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTCCACCTGGTCAAAAAGGGGATCAAGGAGCCACTGAGATCATAGACTACAACGGCAACCTCCACGAAGCCTTACAG
Seq A exon
GCAAGTGACTGGTCCCTGCCCTGACACACACTGAGAAGGATGCTGAGGAGCACCCATGTAATGTGTGCAAATATGAGCTTCCACACCCTCTATCCTCAGAGGACTCCACTGCTCAAGGCACCCCTTCTCCCTGTTCTCAAGAACTCATCCCCTTCTCTGTGCCCCAGTTTATCTTCTTTATTTTGTAGCATTTTTCAATCATTTCTTTCCTTTCCCTTCCACCTTCAGATATAGTTAAGCCTTATGAGGGATAAACCTTGTGTTAGTTTGGCCAATTTTTGCCTCCTTCCTTGCAGAGGGAATGTGGCAAGGCAATCAAGAGCTCTGTGCCTCTGGGGCTGGAGCTGCTTGCATTCAAATCTCAGCTCTCTTGTTTACTAAATGTGTGACCTAGGGCAAGTTATTTCACTTCTCTGTGCCTCAGTTTTCCCATCTACAGAATGAGGATGGTAGCAGTATCTGCCTCATAGCCTTGTTGAGAAGAGCAAATGGCACAATATATATTATACTCTTAGAACAGTTCCTGGTACATAGTAAGCCCTCTGTATTTCTTATTACTGCTACCATATAATTCTTTTCTTCTTATTAAGTAAGCAATAGACTATGTGGCTTGTTTCTATCACCTTTGCTTCCTATTCATTCTTTTCATGTTTAGACTCCTGCATTCTAGCCTCTATCATCATTCTGTTGCATCTTCTCTTACAAAGGTCAACAATAACTTCTATGTCAAGTCCACTGGACTCATCGCCCCTGACATTTTTGTGATATTGATATCAAACCACCTTCCTTTGAAACTTTTTTTTTGTCTCTCTGACCTTCTACTTTCATTTTTTCCATTTTTTTTCTCTGGCGTATCACCTTTATTTTGGTGTTTCTAATTTGTCTGTCTATTCCCTAGTTTTTGGTATCCTCAAGTCTCTGATCTTTTCTTGGTACAGTCACTCCCTCTGTGTTCTTCCACATTATGGCTCTCAATTCTTTCATCTCTAGATATAATCTGTGTATGCCCCCAGCTGTCCAAGAATATTTCCATTATGGATGTATGAATGCCTTATCAGCTTCCACCAATACAATTATACTGGTTACCTTTCCCACCTACGAAATGAGTCCCTTTTTTAAGTGACCGGTTTCTGTTAGTGATACCATGAATCTGAATTTTGAGGGAATAGAAAGTTTAGAGTCATTTTTAAACTATTCTTAGTCCTTTACTTATTCTGTCTCACCAAGGGGCTGCTATTTCCTTTTTCAAAGTATCTCTTGAGATTGCCTGTTCTTTCCATTCCTAACTGAGTCCACATCCTGTTTACTTCATGCCTAATACAGCAACAGCTCCTTGACCAATGACTCTTTCCCTAGTGCCTCCTGGTCCTTCTAATTCATCTTGTGTATCACTCCAAGATTAATTTTTATAAATGATCATGGCTTCGATGGTTCTAATTTGCTCAGAAACCTTAATGACCCCCCTACTGTCTGTTCTATCAAGCCCAAGCTTCTCCATCTTAATCCTCTATAGTCATGCCCTTCCTGTGGAGAACTTTTCATTTCTCCACAGCAGAATTCCCCCTGATATAATCATTGTTATCATATCCATACAAGTCTCCTCCTTTTTGCATGTGTTCATCCCATTCTTCCTTCCTTTCTTTCCCATATAAATTCTACACAACAATCCACTGCTGCCACTCAGATGAGTTCTTCCTCTTAATCCTTTTAAACATTAGTGGTGGGGTTCTAGTGGTTTACTATTTAAAATCAAACTCCATAGTTGATTTTAGTCTTACCTCTTATGAGATTGTAAGCTTGGTGACAGAAAAACATTTTATGCTTATATTAACCAGATATGTAAATATTAAGTAAATGGTTATTGGTTGAATAAGTATACTTCATTCGTATGTACAAGCCATTTCTTTGCTTGTAAGCCGAATTAGTTGTTTTAAATATATCTCTGCTACTTTGTACCTGTTTGAATTATTTTTCCATCTTTATGATTTTACTAACACAATCTAATTATGACAGATCTGTACCTGTATAGGTTCTTTGCTCCAACTATCATTTTTAACTAGTAGAGCACTAAGTCGTTTTTTTTTTTTAAATCTATTTTCAGCTCAGCCTATTTTTTGGCCTTTTCATTATTTTTCTTCTGGTAAAATACAAACAGAAGCATGTTTACTGCTTGGAGAAATGTTGCTTGGACAGTATCTTTAGTTAGGAGCTTGAATTAGTGTTCCTCTGTGTAATTGGATTCGATGTAAGTAGTGGCCTCTGGGTTACTGTCAAATTCTAGAACTAGTTTTCTAAATTATTCCCTTTTCCCCACAAGTTGATAACTATGTAAGGAAAGAAAGGGAGACAGAGACAGGGAACACAAAGTTTTGGTGTGCCTACTGTTTTCAAAGTTCTTATAAAATATAGGGACTTTTTAAAAACTTAGTTTATTAGCAATGTTGTAAATTGCCCTTGAACTACTTCCAGTGGCCCCATAATTCCAGCTACCTTTAAGAGGTATCTACTTTCTTATCCTCCAAGAACTGTTCCAATATAATTGGGCATTTTCTGCAACACTGTGATCAAGTTCTCAAAGCATTCTTTGCATGAACTGGGCCTGGCATGAGGCAAGCTATCCTTAGTCTAAAATGGAAATCTCTATTTTGATCTCCCCTCTATTAGCTCAGTCATTTGGGGAAAATTGCTTAATGTATCTATACTTCATTGATCTTATCTGCAAAATAAGGATGTTATTGGAATAAATTTTTTTCTATGAGTCCACGAAACCTAATACTATTCTTAGGGTGATTTTTCAGAGCTTCTGAACACTTTTTACTGATATGCCTAAAAGCATTGTACTTTTTAAAAAATGTGACACCTATATTTCAATATGAAACGATATACTTCTGTTTCTTTTTCTCATCTTTAATTGTATATGACTACTAAACAGCCAATATCCATCATAGTCAACTAGTTCATGCTTATGTCTCAACCTAAATGTTTATTATTCTTATTGGGTTGGTTGTGAGGCAACTATTTGCCATGCTTATAAATAGCTTATAGTTATCTTTTCACATCAAAACTATTGGTTTCCCTAACATAGTGCTCTAGTGAATTGAGTCCCTCATAAAATTAATACATTAGATTGAGAAGAGATGGTAGACATTTATTCTTCTAATTCTCTAACCAGTGATGGATATTTACAGTTTTGCAGGTATGTCATTGTTATCCCTTTTAAAACAATCTGCCAAAAATACTCTAGGATAATCAGATAAATAGAAATATATTACAGTTATAATCATACCATATTAGAAATATAAAATTTTACTGTTGCCTCTATTGAAGATTGTGATTTACATAAACATTGCCATAAGCTATTTATTTTTATTTAAGGTGGCTAAATTTCTACAAATTAGCAGTAAAACCTCTGTTTCCTAACTGACTCTTTAAAAAATTCTCATCGCCATCTAAACTAAACCTGTTCTCTAGTATGAATCGTGGGCGAGTTTAAGCTTTCATCATTATGAGAAATGAAAGAAAGTAACCTTTAATTCTAAAGAGATTCAGATAAACATTTCAGGGAATAAATCACAAAGCAGGCTGCTGGGCTTTACCCAATTTGCAGTTTCTGTAGTTCATGCCTCCCATTTCACGTCGCGTCTCACTAGAGAATGCCATGTCTTTCTCCATCACCACCAAAAATTCTGACTTTCAAATCATTATTTGAGTTCAAAAGAGAATCCTGTTGAGTTTATATAGCTTTAACTTGGATTTGCCACATATAAGAAATGCACAGTGAGCCACATCGTTAGGACTTCTCTGTGTGTCTGCATACTGGTGCTTCCAGTTGGTGGTCAAGACTATGTATTTGTGAAGTTAGCTCAGTTTGTTGTCATTGAAACCTATTAGCTGGATGGAACATTATACAATTTTAAAGTTTCACAAACATAGTTATTTAACAAAATCATTTAAACTCCATCTGTTAGGTCAGTTACTATTAATAATATTCTTTTATTTTGCAGCTCATTATTAAACATGTTATCTTTAAATTTAAAAAAATACAAACTAGCATTATGTTCAGGTGAAAAATGAATTAGTATATGGCACATGTTGGAAAACCTCAGAGAGCTCAAATTTGAAAATCCCTTTCCTTTTTAGGGCTTTATGATCCTGTTTTCTAGTTAAAAAGTAACATGTAATTGGAAGACAATGATAAAGAAATTATTTCTACTCCTTAATTTTCTGATAGCCTTGTTTAAATGACTTCTCTACACTGTAGGAACAACAAAAAAAAAGTAGCTTTACCATAACTACAAATCCAATTCTTGTTCTAGGTGAATTCCTGAAGCATAAACTGAATGGAATTATGTTACACAGATCTGGTGGTGTAAAATTCTGGGACCTTATTTTTTTCTTATAACCTTGCCCCCAGTTTGTGGACATTTTACCTTTTACAACAATTTAAAAAATAAAAAAAAAAAACAGTAACAACAGCTCAAATCAGAAATTGGAGTGGAACAGTGGAAAACAGAAGGATGGTGTTCAACTGATACCTACAAGTTTGAATGTAATTGAATAATGTTTCTCTATGACCAGAGTCCCTAAAGGAAATGTTCTCCCCTCTGTGATTTCATAAAGTGGTTATCAACCCCATAGAACTTTCAGCACAGAACCTAGACCAGAAAAATGTTAATTCAAAAATATGATTCATGGATCAGGAATTATGTTTTAGAGATTCAGACTTAGACACGGTATATTTTGTTACAGTTCTCTAACACTTTAAGAAATTAGATTAATTCTTTCAGTATATACCCAGTAATAGGATTGCTGGGTCAAATGGTATTGCTAGTTCTAGATCCTTGAGGAATTGCCACACTGTCTTCCACAATGGTTGAACTAGTTTACACTCCCACAAACAGTGTAAAAGTGTTCCTATTTCTCCACATCCTTTTCAGCATCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAATGATCGCCATTCTAACTGGCATGAGATGGTATCTCATT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Seq C2 exon
AGGATTACCACCTTAACTGTCACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000188517:ENST00000399132:24
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.961 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0139113=Collagen=PD(22.4=50.0),PF0139113=Collagen=PU(5.0=11.5)
A:
NA
C2:
PF0139113=Collagen=PU(1.7=12.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development