BtaINT0041429 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000017282 | COL25A1
Description
collagen, type XXV, alpha 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18603]
Coordinates
chr6:17629009-17635354:+
Coord C1 exon
chr6:17629009-17629086
Coord A exon
chr6:17629087-17635330
Coord C2 exon
chr6:17635331-17635354
Length
6244 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGCAAGT
5' ss Score
3.1
3' ss Seq
TCAATACATTTTCTCAACAGAGG
3' ss Score
7.31
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTCCACCTGGTCAAAAGGGAGATGCAGGAGCCACCGAGATCATAGACTACAATGGCAACCTCCACGAAGCCTTGCAG
Seq A exon
GCAAGTGACTGCTCCCCATCCTGACACAGACAGGGACCCCGCTGAGACCTGGAGTGTGTGGAAATATCACCTTCCACCCGCCTCAGCTCTCAGAGGGCTCTACCTCTCAAAGCAAACCTTTTCCCTCATCTTTTGAACCCAGCTTCTTCTCCCTGGCCCAGTTTACCCTCTTTATTTCCTAGTGTTTTTCAATCCTTCCTTTTATTTTCCTTCTTCCTCCAGATATATTTAGCTTTATCTGGTTTAACGTATATTGGTTTTGCAAATCTTCGTCTCCTTTCTTGAAAAGTGAACTTAACAAAACCATTAAGAGCCCTGTGGCTCTGGAGTTGGAGCTGCCTGGGTTCAGATCTCTTGCTTACTAAGTGCATGAGCTAGAGCAAGTTATTTAGTTCTCTGTGAAATGAGGACAATAATAGCATCTGCCTCAAAGCATAAATAGGGCTGTTGTGAGAAGTACATGGCTAAATACTTGGAAACGTGCCTGGCACATGAGGCCTCTATCATTGCTTCTTAATACTGCTACTGTTCAATTCTTTTTCTTCCATCAAGTAAAAACACATAGAGGGTAGTCAAGAGGGTTACTATCAAAATAGTGATAACCCCAATCTACTCAAAACCCTCAGTGACCCCCTTGCCTACTCTATCAAGTCTAAGCATCTCTATCTGATGTTTAAGCCCCATAACCCTGTCTTTTCTATACAGATTTTTTTATTTCTCCACAACATAGTTATCATATCTATAAAAATTGCTCCTTTTTTTCCTGGTTCATCTTTTCCTTTCATTCATCTCTAAATCCTCTTCAACAGTTCACTTGCCACCCAGACAAGTTCCTCCTCTGAATCCTTTTAAATATTAGCAGTCAGGACCAAGTAGTTTAACATTTAATTATTCTCCCAAATCCCCTGATTTACTTTAGTCTTGCCTCTTACCAAATTGTAAATTACTTGTTGACAGAAAACTTGTTGTATGGTTATTTTGACTCCTGCAATGTGTCCAACCCAGGTCTGGGAATGTAAATATTAAATAAAGTTATTGGTTGTATTAGTGATTACACTTAGTTCATATGCACAATCCATTTCTCTGCTCGAAAGTCAAATTAGTTGTTTTAAATGTTTTTCCATTTTGTACTTGCTTGAATTTTTTCCCTCTATATGATTTCACTAGCATTACCAAATTATGGTAGATCTACAACACTTCTATGGATCCTTTGTTACAACTGTCATTTTTAACTAATAAAGCATTTATTACATAGTTTTTACAGAATCTATCTTCAGCTTAGCCTATTTTTCATTCTTTTTCTTCTTCTGGTAAAGCACAAAGAAAAGCATGCTTACTGCTTGGAGAAACATCCCTTGGGCAGTGTGTTCAGTCAACAGCTTGCATGAGTGTTCCTCAGCACAAGTGGATTAGATTCAAGCAGTAGATTCTGGGCTCCTGTCAAGTTCTAGAACATGCTTTCTAAATTCTCCCCTGTTCCCCAGAAGTTGCTGTCTGCATGTATAAGGAAAGAAAAGAACAGGAAGTTTTGGTTACCTACTATGTTGTCAGAGTTCTTACTTATAAAATGTAGGGACACATTTTCAACTTTGTGAACAATATTGTCAATTTCCCTTGAACTGCTTCCAGTGGCACCGTGATTCTTTTAACTGCCTTTAAGAGGTATCCATTCTCTTATCTTTCAAGATATACTCCAATATTTTTGGCCATGGCCATTTTATGGAAAAATTGTGGAAGAGTTTTAAAGCCTTTACATGAACAAGAGCTTGGCATGAAGCAAACTACCCTTAGTCTAAAACCAAAATCTGCTTTGATTTCTCCTCTATTATTAACTAGGTGTGTCCCTTTGGGGAAATCACAAAATGTCTATATTTTATTGATCTGATCGTTAAATGAGAATGTTTCTAAATGGATCTTTTCTAAGATCCATAAAATCTAATATTATGCTTAGAGTTTTTTTTAGGAGCTGAATATTCTTTGTTGATGTGCCTGAATACACTGTACTTTTTAAAAAAATCTAACACCTACATCTTGATATGAAACAAGAAATGTGCACTCACTTTCTTTTTTTACCTTCAGTTCTATTTGACTATAAACCAGTCACTATCCATCACAACCAACTAGTTCATGTTTATGTCTCAATCTTCACTCAGTCAGTTCAGTCTCTCAGTTGTGTCTGACTCTGTCACCCCACGGACTGCAGCACACCAGGCTTTCCTGTCCATCACCAATTCCTGGAGCTTTCTCAAACTCATGATCATCAAGTTGGTGATGCCATCCAACCCTCTCATCCTCTGTCGCCCCATTCTCCTCCTGCCTTCAATCTTGCCCAGCACCAGGGTCTTTTCCAATGAGTCAGTTCTTCACACCAGGTGGCCAAAGTATTGGAGCTTCAGCTTCAGCATCAGTCCTTCCAATGAACTTTCAAGACTGATTTCGTTTAGTTTTAACTGGTTTGATCTCCTTGCAGTGCAAGGGACTCTAAAGAGTCTTCTCCAATACCACAGTTCAAAAGCATCAATTCTTTAGCACTCAGCCTTCTTTATGGTCCAACTTTCTCATCCATACATAACTACTGGAAAAACCATAGCTTTGACTATATGGACCTTTGTTGGCAAAATAATGTCTGCTTTTTAATATACTGTCTAGGTTGGTCTCAACCTTAAGATTTATTATTCTTATGGAGTTATTTAGGCAACTAAGCATTGTGCTTGTAAATAACTTATTGTTATTTTTTCACTTCAAAACTATGTCTTTGTTTTCCCAATATAGTACTCTAGCAGATTGAGTACTTAATAAATAAATTAAATAGCCATTAGATTGAGAGGAAGTAATAGACACTTGTTCTTCTAGTTCTCTAACCAGTGATGGATAGTCACAGTTTTGCAAATTCTATGTCACTATCGCCTCCTCTTTAAAAAAAGGCCTGCAAAAAAAAAAAAAATCTAGAGTAATTAGATAAATAAGAGCATATTATAGTTATAAAATATCACCCTAGAAATATAAAATTTTAATGTTGCCTCTATTGAAAATTGTTACAGGCATACCTCCTTTTATTGTGCTTCACTTTATTGCACTTTGAAGATACTGCTTTTTTTTTTTTTACAAATTGAAAGTTTATGGCAACTCTGTGCCAAGCAAGTCTATTGGCTCCATTTTTCCAACAGGATTTACTCACTACATGTTTTTCTGCCACATTTTGGTAATTCTCACAATATTGCAAATTTGTTGATTTTGATTTTATTTGTTATGGTGATCTGCTATTGTTTTTCCTCGCCCTGCTACGTGGCTTGCAGGATCTTAGTTCCCTGACCGGATCAAACCCCAGCCCACTGGACCACCAGGGAATTCCTTGTGATCCGTGATCTTTGATGTTACGGTTGCAAAAAGATTAAGACTCTCTGAAAGTTCAGATGATAGTTAGCATTTTTTAGTGTTAAAGTATTTTTATTGAAGTATAATTAATGTACAATATTACATATGTTACAGGTAAACAATACACTGATTTTTCATTTTTAAAGGTTATGGTTATTATAAAATATTGGCCATGGTACAATATATCCTTGAGCTATAAAGTATTTTTCAATTAGGGTATGTACATTGTTCTTTAGACATAATGCTATTGCACACTTAATAGGCCGCATTACAGTTTAAACATAACTTTACTTACACTGGGAAATCAAAAATTTGTATGACTTGCTTTATTGCAATATTCACTTTATTTCAGTGGTGTGAAACCCTAACCTGCAATATCTCCAAGGTATGCCTATATTTACATGGACATTTGTCATAAGTCATTTATTTTTTTTTTAAGGTGGTTATGTTTCCACAATTAGCAGCAAAACCTTTTCATTTAAAAGCTCTTAAAAGCTCTAACTGAAGCTTTTAAAATTTCTCAACACCATATAAACTAAACCTGTTCTCTAGGGTAAATCAGAGGTGATTTTAAGCTTGCTTCATTATAAGCCATGAAAGAAAATAACCTTTAATCTTAAAGCGATTCACATTAGCATCTAAGAGAATAAATTACCGAGCATCCTTCTAGCCGTCAACCAATTTACAGCTTTTCTATCTCATGCCTTCCATTTCACATCGCAACTCAGTAGAGAATGACATGGCTTTCTCCATCACTACCCAAAATTCTGGTTTTCAAATCATTACTGAAGTTCAGCAGAGAACCCTGCTGAGTTTATGTTGTGTTAACTTAGAGGAACCACATACAAGAAATCCAAAGTGAGCCAACATATTTGCGAAGTCCCTGAGTGTCTACACACTGGTTCTTCAGGATGGCAGTAACATTATGGTTTTGAGAAGTTGGCTTAGTTTTCTGTCATTTATTCTTCTGTTGACTGTGTGGAAACTACCCTGTATAATTTTTAGGTCTCACAAATATAGTTATTTAACAAAGTCATTTAAGCCCCATCTGTTCAATAGTTGAGGTTCCAATAATAATATTCTTTTATTTATGCAATTCATTATAAAACATGTTGTTATCCCTAAATTAAAAGAAAAAGACAAACTAGTTTTGCATTTAGGTGGAAAATGAAACATGTATGGCACAGATTGGAAAACTTCGGAGAGTTCAAATTTTAAACTACTCCCCTTTCTAAGCTTTTCTGGATTTGCTTTCTAGTTAAAAAAAAGAATTTTTAGTTGGAAGGCTATGGCAAGGAAATTATTTCTGCTCAGTAATTTTCTAATAGCCTTTTAAAAATGACTCATCTATATACGGGAGCTAAGAAGTAGCTTTCTCATAACCATAAATTCAACTCTTGGCCTAGGTAAATCCTTTAAGTATAAAATAAGTGGTGTCTTATGTTAACATATATATGATGGTATAAAAATCTGGACCTTGATTTTTTTTATAACTTTGCCCCCAGTTTGTGGCCATTTTGCCCTTTACCTTAGAAGCAAACCTTACTGGGTTGTTTTTTCCTACCCTGTTCTCTCTGAAGCTGTAAGGACTATGACTGATTTTACCATAGAATACAAACTTGCAC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Seq C2 exon
AGGATTACCACCTTAACAGTCACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000017282:ENSBTAT00000022980:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0139113=Collagen=PD(20.3=46.2)
A:
NA
C2:
PF0139113=Collagen=PU(1.8=12.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]