HsaINT0039597 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000206384 | COL6A6
Description
collagen type VI alpha 6 chain [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:27023]
Coordinates
chr3:130610649-130621883:+
Coord C1 exon
chr3:130610649-130610711
Coord A exon
chr3:130610712-130621820
Coord C2 exon
chr3:130621821-130621883
Length
11109 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
AACCCCTTGTTTTGTTTCAGGGG
3' ss Score
9.95
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCCCAAGAGGAGAGGCTGGTGTGAAAGGAGAAAAAGGAGGTGTGGGAAGTAAAGGTCCCCAG
Seq A exon
GTATGTAATGAGAAAAATGATTGCATCTGACTTTGATCTTGGCTTGATATGTCTTTGTGGTTTCTTCCATACAGGTGGAGTTATTTACTGCTTGTGAACCAGGAACGTGTATTAGGTTTCACTTCAGCTCAATGTGGTGGCCACATCACATCATGGTCCCCATCTTGCAGAGCAGGCTATCACTATCAGACACAGAGGTAGAAAATCTAGCCCTCTTTGCCTCAGCTGCTCAGCTATGTAAATCAGGTCGCATCACTCCCCTGATCTCAATTCTCTTGGGGTTTCCCATCCCCATCCCACCCCCAGAATACAGCCTACTTTAGTAGTCCTCAAACTGGCTAAATATGATAATCTCCTGGGGGAATTCTAAAACATTCCACCACCTAGAACCTTCCCCAGGACACTTAAATCAGAATCTCTGGCAATGAGGCCAGGGTAGCAGTAATTTAACTTCTCCCTAGGAGATCTTAATATAGACCTAGGGTTGGGAATGACTGCTCTGCATTAGCACTCCTCCAGATTCACAGTGCAGAAGAATCCCCTAGAGGGGATTGTTAACTAGAGAACTTGTTAAAGTGCGGATTCTGAGTCAGCAGGTCAAGGGCAAGGCCTGAGATTCTGCACTTCTAGGGCATTCCCAGATGATGCTGATGCTGCTGATCCAGACCACATTTTTAATAGAACGGCCCTACATGATCTGGCCCTCACCTACCTGCTATCATAGTACGTATTATTTGTTTAGCTGTTTGCCTGTCTCTCCTCCTAGATTGCAAGCTCCATAAAAGATAGGACTTTGTCTTATTACACTCTATCCCTAGAGTCCAGAATATCAGTACCTGGCACATAGTAGAGCTCAACACATATTTGAATAATGAATCAAACAGTAAATGAGTGAATGAGACACAGTTGGAAATTGTGTTCTCCACTAACACTAGGGTAAAAGGATTCCATTACGTGTGTACGTTAGTTGAACCAGGCAGTCCAATATGTAAGTGGTTGTGTTTATCACCAGAAAGTTTAAGAAAATTTAAGAGGCTATTTGCATAAACTTGTATCTCATGACACTATTTTTTAATTATAATTTGTATTTTAGGTCTAGGTGTACACGTGCAGGTTGGTTATGCAGGCAAACTGCATGTCATGGGGGTTTGGCATACATATTATTTTGCCACCCAGATAATAAGCATAGTACTAAATAAGTATTTTTTTCCGATCCTTTCCCATCCTTTACTTTCAAGTAGGCCTCAGTGCCTGTTGTTCCCCTCTTTGTGTCCATGTGTTCTTGTTGTTTGGCTCCCACTTATAAGTGAGAACATGTGGTATTTGTTTTTCTGTTCCTGTGGTAGTTTGCTTAGGATAAAGGCCTCCAGCTTCATCTATGTTGCTGCAAAGGACATGATCTTGTTCTTTTTTATGGCTGTATAGTATTCCATGGTATATATTTACTACATTTTCTTTGTCCATTCTAATGTTGTTGGGCATTTAGGTTGATTCCATGTCTTTGCTATTGTGAGTAGTGCTGCAATGAATGTACACATGCATGTGTCTTTATGGTAGGATGATTTATATTCTTTTGGGTAAATAATAATGGGATTGCTGGGTTGAATGGTGATTCTGTTTCCAGTTCTTTGAGGTATCACCACACTGCTTTCCACAATGGCTGAACTAATGTACAGTCCCACCAGGAGTGTGCAAATGTTCTCTTTTCTCTACAACCTCACTAGCATCTGTTATTTTTTGACTTTTAATAATAGCCATTCTGACTGTATCTCACTGTGGTTTTGATTTTAATTTCTCTAATCAGTGATTTTGAGCAGTTTTAAATAATACAAAACTGCGTTTAACACTACAAAAAATATAAGTGTTTGTTGTGCTTCTCTCCCTGGGTTTCATGGGAGGACTGCAGGGCTCCTCTGACCTGTAGCGCAACACAGGGTTGACAGCCTGGGCGTAGGGGATGCCGCTGGATTAAAAAATGAGAATGAGGCCCCTCTGGTGAGGTCTATGTACATGAGGGTGAGAGGTGGGTTACAAGCATGGGGGCATCAGAAAGGGGAGGGTTGTATGGAGTGGGATTGAGCATATTTTCTTATGCCTGCTGGCCATGTATATATCTTCTTTTGAAAATTGTTCATATCCTTTGCACACATTTTAATGTGGTTGTTTTTGGCTTGTAAGTTTGCTTAAGTTCCTTAAGATTCTAGATATCAGACATTTGTTGGATATATAGTTTGCAAATATTTTCTCCCATTCTGTATGTTGTCTGTTTACTCTGTTGATAATTTCTTTTGCTGTGCAGAAGCTCTTTAGCTTAATTGGGTCTGTCAATGTTTGTGTTGCAATCGCCTTTGTCATCTTTCTCATGAAATCCTTGCCAAGTCCTATGTCCAGAATGGTGTTTCCTAGGTTATCCTCCAGGGTTTTTATGCTTCTAGATTTTACATTTAAGTCTTTAATCCATCTTGAGTTGATTTTTGTATATGGTATAAGGAAGGGGCCCAGTTTCAATCTTCTGCATATGGCTAGCCAGTTCTCCCAGTACCATTTATTGAATAGGGAGTCTTTTCCTCATTGCTTGTTTTTGTTGGCTTTGTCAAAGATCAGATAGTTGTAGGTGTGTGGCTCTATTTCTGGGCTCTCTATTCTGTTCCATTGGTCTAGAGTCTGTTTTTATGCCAGTACCATGCTGTTTTGGTTACTATGGCCTTGTAATATAGTTTGAAGTCACATAAGGTGATGCCTTCAGCTTTGTTCTTTTTGCTTAGGATTGTCTTAGCTATTCATATTCTTCTTTGGTTCTGTATAATTTTAAAATAGTTTTTTTCTATTTCTGTGAAGAATGTCATTGGTAGTTTGATGGAAATAGCATTCAATCTGTAAACTGCTTTGGGCAGCATGGCCATTTTAACAACATTGATTCTTCCTGTCCATGAGCATGGAATGTTTTCCTATTTGTGTCATCTCTGCTTTCTTTGAGCAGTGTTTTGTAATTCTCATTTTAGAGATTGTTCACCTTCCTGGTTAGCTGTATTCCTAGATATTTTTATTTTTACATTTTTGTGGCAATTGTGAATGGGATTGCATTCCTGATTTGGCTCTCGGCTTGTATGTTGTTGGTGTATAGGAATGCTACTGATTTTTGTATTTCAATTTTGTATCCTAGAACTTTGCTAAAGTTGTTTATCAGATCAAGGAGCTTTTGGGCAGAGACTACTGGGTTTTTTAGATATAAAATCTTGTCATTTGCAAACAGGGATAGTTTGACTTCCTTTCTTCATATTTGGATGCCTTATATTTCCTTCTCTTGCCTGGTTGCTCTAGCCAGGACTTCCAGTACTATGTTGAATGGGATTGGTGATAGAGGGCATCCCTGTATTCTGGTTTTCAAGGGGAAGGCTTCCAGCTTTTGCCTATTCAGTATGATATTAGCTGTGAGTCATAGATAGCTGTTATTATTTTGATGTACATTCCCTCAATCCCTGGTTTGTTGAGGGTTTTTAACATGAAGGTATATTGAATTGTATCAAAAGCCTTTTCTCCATTTATTGAGATAATCATGTAGTTTTTGTTTTTAGTTCTATTTACATGACGAATCACATTTATTGATTTGTATATGTTGAACCAACCTTGCATCCCAGAGATAAGGCCTACTTGATTGTGGTGAATTAGCTTTTTGATGTGCTACTGGATTCGCTTTGCTAGTATTTTGTTGATGATTTTTACATTTATGTTCAACAAGAATATCAGCCTGAAGTTTTCTTTTTTCGTTGTGTCTCTGCCAGGTTTTGGTATCAGGATGATGCTGGCCTCGTAGAATGAGTTAGGGAGAAGTCCCTCTACCTCACCTTTTAGGAATAGTTTCAGTAGGAATGATATCAGCTCTTCTTTATACATCTGATAGAATTTGGCTTTGAATCTTTCTGGTCCTGGCTGTTTTTTGGTTGGTAGGCTTTTTATTATTGAGTCAACGTTGGAGCTTGTTATTGGTCTGTTCAGGGATTCAATTTCTTTGTGGTTCATTCTTGGGAGGTTGTTTGTGTCCAGGAATTTATCTATTACTTCTGGATCTTCTAGTTTGTGTGCATAGAGGTGTTCATAGTAATCTCTGAGAGGTCTTTTTGTATTTCTGTGGGGTCAGTGGTAATGCCCCCTTTTTCATTTCTCATTGTGTTTATTTGGATCTTCTCTCCTTTTTTTGTATTGGTCTAGCTGACTAGTCTATCTTATTTTGGCAAAGAACAAATTCCTTGATTTGTTGATCTTCTGTATGATTTTCTGTATCTCAGTTTCCTTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTATTTCTTGTCTTCTGCTAGCTTTGGGGTTGGTTTTCTCTTGCATTTATTGCTATAAACTTCCCTCTTAACACTGCCTTATCTGCGTCCCAGAGATTCTGGTATGTTGTATCTTTGTTCTTATTAGTTTCAAAGAATTTCTTGATGTCTGCCTTAATTTCATTATTTACCCAAAAGTCATTCAGGAGCAGGTTGTTTAACTTCCATGTAATTATATGGTTTTGGGTGATTTTCTTAGCACTAGTTTTTATTTTTATTTCAGTGTGGTCCAAGACTGTGGTTGATATGATTTTGTTTTTTTTCTAATTTGCTGAGGATTGTTTTATTTCTGATTGTGTGGTCAATTTTATGGTATATGCCATGTGGCGATGAGAAGAATGAATATTCTGTTGTTTTGAGATGGAGAGTTCTCTATATGTCTATTAAATCAAGTGTTCAAGTACAGGTTCTGAGTATCTTTGTTAATTTCCTGCCTGCATGATCTGCCTAATACTGTCATGATACTGTTTTAAAGCATGTTAATTATTGCTTGTGAAGATATTTGTTTTTAATTTTGATGAAGGTGCTTCTTCAAAAAGCATAAAAACTTTAAAATGTCATGGTAGAAATAACTTGATGAAAATAACTATTTCGCATTCATATCCTTGAATCAATAAAAGCTTGCTGGTACCATAAATTGAAATTTGT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Seq C2 exon
GGGCCTCCAGGACCCGGAGGAGAGGCAGGGAATCAAGGCCGTTTGGGAAGCCAAGGAAATAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000206384:ENST00000358511:22
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0139113=Collagen=FE(27.8=100),PF0139113=Collagen=FE(29.0=100)
A:
NA
C2:
PF0139113=Collagen=PD(6.9=23.8),PF0139113=Collagen=FE(29.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development