HsaINT0040240 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000145244 | CORIN
Description
corin, serine peptidase [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:19012]
Coordinates
chr4:47593998-47600347:-
Coord C1 exon
chr4:47600214-47600347
Coord A exon
chr4:47595904-47600213
Coord C2 exon
chr4:47593998-47595903
Length
4310 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGT
5' ss Score
11.01
3' ss Seq
CCCATCGTTACTTATTGCAGGGT
3' ss Score
6.96
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCCATTTAAGCTGCAAGAGGGAGAGGTCCGCATTATTTCTCTGGAACATTGTCAGTCCTACTTTGACATGAAGACCATCACCACTCGGATGATATGTGCTGGCTATGAGTCTGGCACAGTTGATTCATGCATG
Seq A exon
GTAAGTTGCTTTCTGGTTACCAAGGAGATTCAGTTCAACAATAACTTCAGTGGATTCCTATAAACTCATTATTACGTATGGCCCTTTGGAAACATTTTTTGAAAATCATTTGTTGCCAAATGTTTAATTATTAACAGCACATTTTCCTGCAGCTGGTACACAAGCAATCCCCACAATTACACCCATCCTCTTTATTCAGGGTGCCTTCTACTGTCTCATCTACTATATGGGGAACATCACCCTTGTTCAGCAACAGGAGAAAAACAATTTTTCCTGTTCATCTCATTCAACCATTTTAGTGGCTAGGATAAATGAGGTTCTAAGAGGAGCTAGTAGTAACCATGGCTTCCACCTGGCTGCCCTGGGGAAGCAGGGAAGGCATGAAAGGACATTGTCAGCCATTAGGGTGATGGCAGGAAGCCACACATCAACACCCCAACTTCCAGGGTGTGAGACAGGACTACCTCTGTCTCAGGGGTCATCACACTGGTGTTGTCTGGGCCCTCACTTGATTGCCAGCATGTCCTCAAATGTCACTGAACTCAACCTTTAGATACTCAGGATTCATGGCCATGAGAGTTTGCAGAACATATTAACATAATAGTGTAGAGGTGCCTTTTTATTTTTACTTAATAGACACACATCGAACATTATACTGGACTGGCTCCCAGGAAAGGAGGGAAAAGTGCAAGTGCTCAAATAAGCTTGTAACAAAAACTGGGGAAGACAGTTATTATACTATGCTGCTGTGAAGCACCTTTAATTGGGAGTAAATTGCTCCCTACAGTTTAGTAATGAAGAAAAGATACAACAGTGCTCTTAAGTACTAACTCAATTTAAATAAACTATATTTTTGATGATCCATTTTAGAATGGAAAAATCAGGGTATTGAAAATGGCCCTGTGGTGATTCCTTAGATAGTTGTCATGGGAAAGAGGGAGGCAGACAGCTCCCTTGGCATTTCGCTGAGACCACCCTCCTTTCTGCTTCATGGCCACAAGTCATCCTGCTGACGTGGATGGTGGTAAAGGAATCCCTCCCTTCTCTACAGGAGGACTGGGTTTGATTTCCCAGGCCCAAAATAAAGTGTTGTAGGAGGCAGCATGATGTGGGTGTGGGGCACAGGATTTGAAGCCTGAAATATCTGGGTTGGAATTCATCTCTGCCAGTGAGACCAGTATAACCCGGGGAAGTTATCTAACCTCTCTAGATAGCTTTCTCATGAGTAAAATGGGACTAATTCTGTCCATGAGGATTAACTAAGTGAATGTATTTGGAAGCCCATATCTTTCACATATCTGTATATGATATCTGGCACATACTTAGACATTCAATGAATAGTAATTACACCAATATTAACAGCTATCAATTTAGTGCTTATTATGTTTCGGGCTCTCTGCAAAACGCTTTCTAATAACTCATTTAATTATCACAATCAACCCATATGGCAGTGTCTTTATTTTCCCTAAACAGATCAAGAATACAGGAGGTTAAGTAATTTGCCCCAAATCAGCCAGCATGAAGGTGGTAGACTGAGGACATGAAACCAGTCAGTCTGGCAGCAATGATTAATATAACTACATTTCTTCCTCTCTCCAATGTCATTTGGAGGTTTACCAAAAACTAGCACCTCTTGGCACATGTTCAAGATCATCTCTTGGCAGTTGCTAAAGGAGGGGAAGGGAGATGATTCCTTGACAGAGAGCTGAAGGCCCACAGACACAGGCATGGGCATGTTCTTATCATGATGCCTAATAGGAACCAGGTCTTGCCGACTTCTTTAGTAGTGGGAGTTCAGTGGTGTATACTGAGTTCAGTGGAAGTTCATTTAGTACTGGGTATACTAAATGCATACCAGATATTCTCTAACACAACTTCAGGTAGAAAACCAAACAAAACCTACTTTTTACTATATCAGGAGCAAATTTTTCTACTTAGACCTCTATTATATGACAGATATTATTTTCCTTAATTGTATCAACAGGACATAATGAAGCGTGAGTTACTCCGTGACAATCTATAAACCTGAATACTGAATACTGAAGCCAAATATAAATGTTGGTTTCAAGCCCAATATTACAAAGAGGACCAAAAGAACAGACCAGATCAGTTGTGCCTTTAGCTGTAGTCTCCCTTTCATTTTTAATTGCTTGCTTTTCACCTTTCATTTTGCACTTAATGGGGTGCCTACCTGACTCACTAAGCCTAACTCAAAACCCACATCTCAGGAAGGCATTTTTTATTCCTCTCCACCTGGAAGTCATCACTCATTCCTTTGACCTCCTCTTTCTAGCCATTAGATTTTGCTTTCATGTGGTTATCCTTGTTACCCAAGCTGACTTTTGGCTGTTCTGGGACAAAAACAGTGCCTTATTCGTTTGTTTATACACTAGCACAGAACTTTGCAAAGAGTAGATGCTAAATAATTATTTTACTAAATGTCTGATCTGGAAGTGAAAATGTGCTGACATTCTAAACACATTCCATTTTAATCACCCTCTGACATAATAGTTCCACTTCAATAGCTGAGCATCTTATTTATTTTATATAAGGAGAGATCAAGAATGAAATACCCTATGCATATGAAATGTGTGAAAACAAATTTGTGAAAATAATTTGTGAAATGTTTCCAGGAAATTTTTCTTTTTCGTCTAAGCATTATATACATGTAACAAAGAAATTTTGCTTTAAAAAAATTCAATTAGGCTCTTAGGCAGAAAAATTCAGCTCCTTGCAAGTTCTATGCTTATGATTTTGGCTTAGGGTATTGGAAAGTTACAAATTTAAAGATCATCACTTACACAAAAGCATACAGCACAATCAAAATTTTAATCTCTTTCTTCTTCTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTCACTCTGTCTCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAACCTCCAACTCCTGGGTTCAAGGGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCAGCGTAGCTGGGATTACAGGTTTCCACAACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTGAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGATCAAGTTGGTCTGGAACTCCTGACCTCAAGTCATCTGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCTAGCACGCCGGGCCTAATTTCTCTTTCATAGCAATAATATTCCCTAATATTCCTAAGAAGCAGGGTAGCCTAGTAGTTATAGAGTTGGAATCCTGTTACCAGACTGCCTGGATTCAAATCTAGCCTCTGCCAATGAATAAGTTATTTAACCTGTGCTTCTGTTTCATCATCTCCAAAACAGATATAATAAATAATATAAACTCTTAGGTATTTTGTAAAGATTAAATGAGCTAATATGTGGAAAATGTTTAGAAGAGGATCAGGAAACATTAGTCCTATGTTCTTCAACAATACCAAGTAGGAAGACCATAGATATGCTTCTAATTTTGAAAGTCTTGTAGGTCAAGGAGTATTTGTAACCTTCCACAATGAATTCACGTATTTACTCTTTTATTTTCCATGATATCAGCTCTTCTTTTTTGAGGCAGTGCAGAATACACCTTTGTTTTCAGATGTAGCAAGTATTGCTATCTCTAATGCCATAGCATTTTATCATTAACTATATTTGGGGGAAAAACTGAATATAGTTCAACTGGAATCCTTAAATATCATGAATGAAAATCCCTATATATATGAAATAAAATACAGGCTATTAATGATTCATTATAATTTTAAGTGGTCTTATTTTGTATTCAACTATGCCAAATTAAAAAGTCCTAAGAACTATTAAGAAGTGTAGTAAGGGACCCCAAATTGTGTTATGCTTAATGTATTCATTCACAAAGCAAGAATCTTGAAAATAGATATTTTAGAATATGTTTGCAGTACTGTGTGTGGGGGGGATCTTTATTCCATTTTGGGTACTTTCCACAGTCATAAGTCAAGCTTAAATTAGAATGAGGTCAATTTTGAGGTAATTAGTTCTGATACTTTTTAAAAACTTTATGACATATTTTTATAAGTGCAGAAAATGCCTGAAAAAGGTAATTTCCTGGGGGAAAAATATAATTTCTTCCCAAGCCACTCCACCCTTTTAATGATCAGAGTTTAAGATGTTTATTTGAAAGTTCTGTTTTTACAGTGGAAAGCACAACTCCTCCACAGGCTGACAAGGAAAGCTTTGTTGAAACTTTCCAAGTTGGTTAATCTGGGTTTAGCTTTATAGTATCCTCAGGATAGCATGGACACACATTACTGCCCTGAAATGCCAGTTCCTAACTCCCATCGTTACTTATTGCAG
Seq C2 exon
GGTGACAGCGGTGGGCCTCTTGTTTGTGAGAAGCCTGGAGGACGGTGGACATTATTTGGATTAACTTCATGGGGCTCCGTCTGCTTTTCCAAAGTCCTGGGGCCTGGCGTTTATAGTAATGTGTCATATTTCGTCGAATGGATTAAAAGACAGATTTACATCCAGACCTTTCTCCTAAACTAATTATAAGGATGATCAGAGACTTTTGCCAGCTACACTAAAAGAAAATGGCCTTCTTGACTGTGAAGAGCTGCCTGCAGAGAGCTGTACAGAAGCACTTTTCATGGACAGAAATGCTCAATCGTGCACTGCAAATTTGCATGTTTGTTTTGGACTAATTTTTTTCAATTTATTTTTTCACCTTCATTTTTCTCTTATTTCAAGTTCAATGAAAGACTTTACAAAAGCAAACAAAGCAGACTTTGTCCTTTTGCCAGGCCTAACCATGACTGCAGCACAAAATTATCGACTCTGGCGAGATTTAAAATCAGGTGCTACAGTAACAGGTTATGGAATGGTCTCTTTTATCCTATCACAAAAAAAGACATAGATATTTAGGCTGATTAATTATCTCTACCAGTTTTTGTTTCTCAAGCTCAGTGCATAGTGGTAAATTTCAGTGTTAACATTGGAGACTTGCTTTTCTTTTTCTTTTTTTATACCCCACAATTCTTTTTTATTACACTTCGAATTTTAGGGTACACGAGCACAACGTGCAGGTTAGTTACATATGTATACATGTGCCATGTTGGTGTGCTGAACCCAGTAACTCGTCATTTGATTTATTAAAAGCCAAGATAATTTACATGTTTAAAGTATTTACTATTACCCCCTTCTAATGTTTGCATAATTCTGAGAACTGATAAAAGACAGCAATAAAAGACCAGTGTCATCCATTTAGGTAGCAAGACATATTGAATGCAAAGTTCTTTAGATATCAATATTAACACTTGACATTATTGGACCCCCCATTCTGGATGTATATCAAGATCATAATTTTATAGAAGAGTCTCTATAGAACTGTCCTCATAGCTGGGTTTGTTCAGGATATATGAGTTGGCTGATTGAGACTGCAACAACTACATCTATATTTATGGGCAATATTTTGTTTTACTTATGTGGCAAAGAACTGGATATTAAACTTTGCAAAAGAGAATTTAGATGAGAGATGCAATTTTTTAAAAAGAAAATTAATTTGCATCCCTCGTTTAATTAAATTTATTTTTCAGTTTTCTTGCGTTCATCCATACCAACAAAGTCATAAAGAGCATATTTTAGAGCACAGTAAGACTTTGCATGGAGTAAAACATTTTGTAATTTTCCTCAAAAGATGTTTAATATCTGGTTTCTTCTCATTGGTAATTAAAATTTTAGAAATGATTTTTAGCTCTAGGCCACTTTACGCAACTCAATTTCTGAAGCAATTAGTGGTAAAAAGTATTTTTCCCCACTAAAAAACTTTAAAACACAAATCTTCATATATACTTAATTTAATTAGTCAGGCATCCATTTTGCCTTTTAAACAACTAGGATTCCCTACTAACCTCCACCAGCAACCTGGACTGCCTCAGCATTCCAAATAGATACTACCTGCAATTTTATACATGTATTTTTGTATCTTTTCTGTGTGTAAACATAGTTGAAATTCAAAAAGTTGTAGCAATTTCTATACTATTCATCTCCTGTCCTTCAGTTTGTATAAACCTAAGGAGAGTGTGAAATCCAGCAACTGAATTGTGGTCACGATTGTATGAAAGTTCAAGAACATATGTCAGTTTTGTTACAGTTGTAGCTACATACTCAATGTATCAACTTTTAGCCTGCTCAACTTAGGCTCAGTGAAATATATATATTATACTTATTTTAAATAATTCTTAATACAAATAAAATGGTAATGGTCTAATCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000145244:ENST00000273857:21
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0008921=Trypsin=FE(19.2=100)
A:
NA
C2:
PF0008921=Trypsin=PD(20.5=77.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development