HsaINT0041227 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000134376 | CRB1
Description
crumbs homolog 1 (Drosophila) [Source:HGNC Symbol;Acc:2343]
Coordinates
chr1:197398579-197404742:+
Coord C1 exon
chr1:197398579-197398744
Coord A exon
chr1:197398745-197403835
Coord C2 exon
chr1:197403836-197404742
Length
5091 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAGGT
5' ss Score
5.12
3' ss Seq
TTATCACCTTCTCTCATTAGGTA
3' ss Score
10.21
Exon sequences
Seq C1 exon
TCCAACCCCTGTCACAATGGAGGTGTTTGCCATTCCCGGTGGGATGACTTCTCCTGTTCCTGTCCTGCCCTCACAAGTGGGAAAGCCTGTGAGGAGGTTCAGTGGTGTGGATTCAGCCCGTGTCCTCACGGAGCCCAGTGCCAGCCGGTGCTTCAAGGATTTGAAT
Seq A exon
GTAGGTAGAGTTCAAACCTACCATCTCACCAGTTAAGTTGCGACATTTGAGTTGTTCCAAGAGCAAACACAGAAAAAGAGTATAGACAAAGCCAGTTTATTAAATTAATCTATGGTTGTTTCCCCTATGCGAGTAGGCTAATACTGACTGGCCTCTTGCCTCATCCTGCCCTTGGTGGCTGTCTGGATAGGAAATGGAGGTCACAGCAACACTAAACCTAGATGCTTAATCATTTAAAACTGATTTCCTGAAAAAGAATTAACAAGGCAATATTTGAATTTCCTTCCCTCATTACTGGGAACACAGAATAAATATGTGCATGTTACGCATTGCCATTTATTAACTATGAGGCCTCAGGCAATTCATGTGATCTCCATCATCTAAAGCTTCCTCACCTGTAAAATAGGGAGAACACTTTCTACTTCTTCGGTTTCTTTGTGATGATTCTATGACCTTATCTGTAAATAATCAAACATGTTAGGCACTCAATTAATGATATCTATGAGAATTTCCCTCACTGTGAAAAGTTTTCCTGTCCATCTTCTGTACTACAAAAAACAATTTTCCAAATGTTAGCAATTTGAATACTATACAGTATTCACAATTTTGACATATCCACCCACTAACTATACTGTTATTTATATTCTGTCTTCTCACCTACTTCAAATAATTCACAGTCCAGTTAATAGCCAACCCTCTAAGTTTGCACTGAATTCTAATTTCTTCCCCTTATTCAAAGATTGTGCTCCTAAAACTTTTCTCTCACACACCAGTATCAATTTTTCCATCATTACAAAAAATTTCTTTTGACACTTCCTCACTCCTATTCCTACCAGTTACCATCCCATTTCTCTGCCTTAAAGAATAGGGAGTAAAAAACCCTTTAATGTGTTGTCCGCAATATGCTTCTGATATTCTCACTCCATTCTCTCTTTTGCTCCATACAGTCAGGCCCACACACCACCACCTCCCTCCTGAACTCTCTTAACCCAGAGATTCACAGGTCACCTTTGTCACTTCATTCAGGTTTCTACACAAACATCCTCCAACTTGGCTTTATTTTTATTTTTATCTCTTATTGTTCCTTGATATTTTGTTACATATGCATTGATATATTTGTCTATCATCTCTTTCATCATGAGAATATAAGCTTCACAAGGCAAGAAACTTTTCTATGTGGTTTCTTGCTCATAAATATTTGTAAAATAAATAAATTGATATTATTTTCTTCAAATTTACTTAATATTTTCACTTAACTGCTGTGGACATTAAGTACATTATCAGCTTACTATAAAAAAAATACATGCTGGATGCAGTGACTGACACCTATAATCCCAGCACTTTAGGAGGCAGAAGTGGGAGGACTGCTTGAGCCCAAGAATTTGAGTCTGCAGTAAGCTAGGATCACACCACTGCACTATAGCCTGTGCAACAAAACAAGACCCTGTCTCAAAAAAAAATAAAAATAAAAATAAAAATAAAAATACTGCACTAAAATAATGGAATGGAACTAGAGGATAGTTTGGCTTAAGGTCAGTAGCAATGACATACTATCTAGACTGGGCCCCGAAGTAACTGAGAAAAAGAGAAAAATGAATTTACTTTTATGTTTCTGTACTTCAAAATCATATTATTTAAAAGACCTGTATGAAATACATTACACTGTATATACACTTGGGGAAGTTCTCTAGAAAAACGTATATACTTTTATGTTTCATACTTAAGAAATAGGTACCACACATGTATAGAAAACATGATGCGTTGGCATAAATAAGGTAAATTGGTTTTTAATGGGGCACTAAATTTTAAATGATACTTTTTCATTCTACTTCTTTAATTATTCTAAAATAATTTCTTAATTATTAATTTTACTGTTGATCTTTTGATAGAAATACTAAAGTTGTTAGTCTCAGCTATGTTCTACCTGGTGTCCGAATTGTTTTGAATATTTTCACAGGAAAAATGAATAGGATTTCTAAAAACAGTGGCAGCCCCAAAACAGTATGCACACTGCTCTGCAATCTACACATCAAACAGTTTAGGAGCTGGACAAACATGTGTCAGAAGGAAGTGAAGTGAACTTTTACTGCTACAACATTGCCAATAGCAAAAGACTAGTAAGTCCAGCTCTGACACCCCCAGAAAGTCCCAGTAGCATTTTTTAAGTATAGCTTATCTTAGTGTAGAGAGAAAACGTAAATAAATAGGTGTACAATAGGAATTATAAATCAATTTTCTAATTGACAGGTATGAACCCAGAATTCACTTTTACTACTCTCATAATTTTAATTTTATGTAATCTTATGACTCTATTATATTTTCTTTCCAACTAAAATATATTGAAAAGATTAAGTCTAATGGAACAAGATACTCTTGAGAGTACAGCTGATAAATTGCTCTGAGTTTGCCTTTAGGACTTTAATCATCTCTGTATCGTACCAAGATTTAAACATTTACAACTCACCTTAAATACAGGTGTGCTTATTATGGTAAAGTTCCCCAAAGAAAAGGTGAAGTACAAAAGTGATTAGGTATATCGTGGTTTTTACCCAGATCAGAAGACATGATTTCAGTGTGCTCAGCAGAGTTAGTAAATATATTTATATAGCATTATAGACCATAGTCTTCATTTCAGAGTTGGAGAATTTTGGAGATTTTTTATTTTAACATTTACTTAAAAACATGTAATGAAACACTTGTTGCTCTTTTTTTCCCTAAATTCCCAACTCCAAACCTGGTTGAAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATAGTAAAAAACAATAAGATCAAAGGAATTGATTTATTTAATTAAGTCAAATAATACACTTGAATGATACACTGAAATTTTCTCCTGCTGTGGTTTCTAATCATTATCTCACTTTTCAGGATACAGGATGGAGTTATTTTCATAGAGTATTCATTTAATTATGTTTACTGAGCACCTACTATACATCAGGGACACACAGGCTTAGGCATAAGGATTTAGTGATAACCTAGACACAGAGGATCCTTGGTTTCATAAAGCTTATGTCCTAGTGCAGAAAGACAGTGAAGGAACAAGTAAACAAATAAACGTAATTTTAAGTGGTAATGGGAGCTATGAAGAAAATTAAGCATAGACAGTGAATGCAGGGAGGCGGTTTTTTTAACTTGGATAGTCAGGGAAAAGCTTCTCAGAGGAGGTGACATTTGAGCGATATTAACACTAAGAAAAGCCAAGTATAAGAAGATCTGGGGAAATAATATTCTTGGTATAAGTAACAGCAAGTATAAAAGGCCTGCGCTGGGAACAAGCTTGGTGTATCTTCAATGAATGGCAAGAAATTGTGGCTGTGGCCTGTGAATGAATTGGAATTGGAGAGTTAATCAGGGGCCAGATCATGTAGATGCTTTTTTTTTTAACATGGCAAAATTTTGTCATGAATTTTTTTTTTTTTTGAAGAGAGACGGGGTCTTATTATGTTGCCCAGGATAGTCTCAAACTGCTGACTTCAAGCTATCCACCCTCCTCAGCCTCCCAGATAGCTGAGATTATACCCACAACTGGCTCAGATCATGTACACTCTTGTGGTTATGTTTAGAATTTAGGATTTCTTTTAAAGATGATAACTAATGGAGCTTGACTAAGGAGTGGTTGTTATATTGATCTGCAGAGCAGTAGAAGCAGGGACACTAAGAAGTAATTAGTCTTAATGAAAGATGATGGTGGTTGGGTGTAGTGCCTGATAATGTATTAATAGTGTTTTCAGGTCATTTGCTACTGAAAAGTGTGATACAATAAAAGTAGATAATTGGCCACTGCATTGAGTAACATGGAGGTCATTCATTGTAACCATGAAAGTGGTTTTAGTGAAGTGACTGGGACAAAAGCTTGAGTGGCATATATAAAAGAGAAAAATGAGGAATAATAGAGTGAGACCATGGGGATATAAAATTAGTAAGTTTTGCTGGTAAAGAAAATAGACAAAAAAGCAGCAGGATTGGGGGATGTCAGGATACTGTTTCGTGTGTATTTTTATTTTTTAAGATTAAAGCAATTACACATATTTGTATATTGATGGGAAACAACAAAATGGAAGGGGAAATGATGATGCAAGAAAGAAAAAGAATGCATAGAGGAATAATATGTTTAAAAGGTGAAAAGCAGTAGGACCCAGTTTATAACTGGTAGAGTTGACCTTGGTGGGAATACAGACAATACGTCTATTATAGCAGGATAGAATGCAGTGTGGATCCAAATAATATTAGGTTTACAGATTTGATGGATATCTGAGGTAGCTCTGTTTTTTCAAGAAAATATTAGGTGAGATCATAAGCTGAGACAGAATTAGATATTTTAAGAGACAGAACAAGTTGTTTGTTAATCATCTTATAGAATGGGGAAAAAAGTTTTTAATAGAGAAATGCAATAGGATTGCCCAAAGTGCTCTGCTCACATATAGCATGAGAGCAATTGATATGGTTGTATATGAAAGTACTTGGGTGTAGATACAGAATTTGCAGCTTGTCACATAATTGGAGTTTTACCAGGTAAGTAAATCAGTCATTTGGAATGCTACTTTTAACTGCCTACTCATCAGCTTAATCAGAAGCCAGACTCCACTGTTAATTTTCTGGGTCACCATAGCTAGATTTGTGATTTCTTTTTGCTCAATTTATTTATGTGTAAAATGAATTATCAATGCTTTATTTGTGGGAGCAAATGCAAAATAAAAATTGGCATGCATTAGGATTTCACTGGAAAAGAAATGTATAGTTTTGGTTTTGCTATCAGACCATCCCAGTTTGATATTCTGGCTTTGTTATTTATTAATTACATGACCATGAACAAAATTACTTAAATTCTGTGAGTCTCAACTTCTTCTTCCATAAAATGGGGATAATAATAATACCTGTATTCAAAAGTTTGATATTAGAAATAATATAAAAGCAACTAGCACAGTATGTAACATGTATCAAATAGTCAATATGCAATGTTATTAACACAATGATCATTACTATTAATAACGGTAATTAAGCAAACTATAGATTTAATAAAGTTATTGATTATTATCACCTTCTCTCATTAG
Seq C2 exon
GTATTGCAAATGCTGTTTTTAATGGACAAAGCGGTCAAATATTATTCAGAAGCAATGGGAATATTACCAGAGAACTCACCAATATCACATTTGGTTTCAGAACAAGGGATGCAAATGTAATAATATTGCATGCAGAAAAAGAGCCTGAATTTCTTAATATTAGCATTCAAGATTCCAGATTATTCTTTCAATTGCAAAGTGGCAACAGCTTTTATATGCTAAGTCTGACAAGTTTGCAGTCAGTGAATGATGGCACATGGCACGAAGTGACCCTTTCCATGACAGACCCACTGTCCCAGACCTCCAGGTGGCAAATGGAAGTGGACAACGAAACACCTTTTGTGACCAGCACAATTGCTACTGGAAGCCTCAACTTTTTGAAGGATAATACAGATATTTATGTGGGAGACAGAGCTATTGACAATATAAAGGGCCTGCAAGGGTGTCTAAGTACAATAGAAATCGGAGGCATTTATCTCTCTTACTTTGAAAATGTTCATGGTTTCATTAATAAACCTCAGGAAGAGCAATTTCTCAAAATCTCTACCAATTCAGTGGTCACTGGCTGTTTGCAGTTAAATGTCTGCAACTCCAACCCCTGTTTGCATGGAGGAAACTGTGAAGACATCTATAGCTCTTATCATTGCTCCTGTCCCTTGGGATGGTCAGGGAAACACTGTGAACTCAACATCGATGAATGCTTTTCAAACCCCTGTATCCATGGCAACTGCTCTGACAGAGTTGCAGCCTACCACTGCACATGTGAGCCTGGATACACTGGTGTGAACTGTGAAGTGGATATAGACAACTGCCAGAGTCACCAGTGTGCAAATGGAGCCACCTGCATTAGTCATACTAATGGCTATTCTTGCCTCTGTTTTGGAAATTTTACAGGAAAATTTTGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000134376-CRB1:NM_001193640:6
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.003
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0000822=EGF=PD(90.0=48.2)
A:
NA
C2:
PF0221019=Laminin_G_2=WD(100=41.6),PF0000822=EGF=WD(100=10.2),PF0000822=EGF=WD(100=9.9),PF0000822=EGF=WD(100=10.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)