HsaINT0042239 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000164796 | CSMD3
Description
CUB and Sushi multiple domains 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:19291]
Coordinates
chr8:113504718-113516206:-
Coord C1 exon
chr8:113516019-113516206
Coord A exon
chr8:113504913-113516018
Coord C2 exon
chr8:113504718-113504912
Length
11106 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAT
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
ATACTAACACTGTTTTACAGCAA
3' ss Score
5.72
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTTAGCATAGAACCAAACTATGACTTCCTCTATATCTATGATGGACCAGACAGTAATAGCCCACTGATTGGAAGTTTTCAAGACAGCAAGTTACCAGAGAGAATAGAAAGCAGCTCAAATACAATGCATTTGGCTTTTCGGAGTGATGGATCTGTTAGTTACACTGGATTTCATCTAGAATACAAAG
Seq A exon
GTAAATATGAACATTCCATGTTAGTATCATGATTTAAATTATAGATATTTTATACAGGAGAATAATTTGGTATGGCCCATTGTTAGTGGTTAGTTTTATGTGTATTTTTAAATGCAGATTATGTACAGTTCATCTCATAAAAGCGTTCTCACTGTAGAATTTTCTTATTAGTGGGAAGGAAATTAGCATTTCTCTAATTACTACCAAAGGAAAGGTATCAGGCAAACAAATTAACAATTAGTATATTGGAGGAGTTGGCTGGAGCCACACAACATTAAAAAATAAAAAATACAAAAAAAGCCTCATTTTGTAGAAGCTGAAGTTTCAGTCAAATACCTTAATTTGATGAACACTTTCAGTGATAAAGGGAACAACGTAGACGATAACTGTATTTCAGAAAATATGTAAGCTGGGTGCCATCAGTCATGCCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGAGGATTACTTGAGCCCAGAAATTTGAGACCAGCCTAAGAAACATAGTGAGAGCAGATTTCTACATTGTTTTGTTTTAATTAGTCAAGAGGGGTGTCATACGTCTGTAGTCCCAGCTACTCAAGAAGCTGAGGCAGGAGGATCACTTGAGCCCAGGAGATGAAGGCTGCAGTGAGATATGATCATGCCACTGCAGGCCAGCCTGGGAGAGCAAGACCGTGTCTCTAAGAAAATGTCTACAGATATTTAAATATGTCAATATTCATAATAAAGAGAAGAAATATAGTTATAATGTTTTAGAATACTTCTGCTAGTGTTTAAATGAATTATGTTAGAATGCCTGTGGATATTTATAAATATATTTTTCTAAAATTTTATAGTTTATGTCTATAGGAACAGATTTAGATTTAGGTTGTGTAAAATTTAAATTTATTTTTCAATTACTGAGTCCATGAATGGCATACTAATAATTCACCTCAAGTTATCAACTGATTTCTGAAAACACATGCTTTGATTTGTTACCACCTTTTGTTTAATATTTTCAATAATGGAAAATTATATAGAGTAATGAACTCCAAAGCATCCATCAGCCAACTTGACAAAAATTAACACTGTGCTATATTTGCTTCAGATCTCTTTATTCTTACTTTAAAAAATCAAATATTACATATACAATGGAAACTCCTTTTGCATTTGCCATAGGAACAGGGGTTAGTCTCTTCAGGGCTATCGTAAGAGGTCACGATAAATTTCACAACACATGATATGGGTAAGAAAGATGTTTTTAGGGAAATGAAACTCACAAGTCAGTAAGAAACAGAGGCTTGGAGTCCTCCGATATCTCTGTCATCACTTGGAACTGTATGCCAGGGCAAGGGTATCTGCTGGACATTAACAGTATAGTTTTCATTCCAGTGGAAAGCTTGATCCCTCCGTAAGTCTCTCATTTCACAAGAAAAAGCAGGAAAATGGCCTTGTTAGTAGGAAAATATACTGGCCATTTGGCACAGACAGTGAGGTTTGGGGTGTTGGCTGTTTATTGGGGTTTTCTGCAAATGCTACCTGCTCTGTATCAGAAGATGCTTGGGGGAAGTTTAGACCTTGGGAATATGGGTTCGAAACTCTTTTAGAGAGAGTGAGCTTGACCACAACACCACTCTAACCACCTGGTAGATAATTCCCTTACCATTTGTGGGGACCTGGCTAGCTGGCCATGTAGGCAAACCATAATGAGCATTCAAGGTCATTTTTCAGATATTCCTGCTCTTTTCATGCTAGTATTCCCCTAATCCTGAAGTTGATACTTATCTTTTCCATGTATTTATGCTTGCACATATTTTTATATTTCTTATTTTCATACAAATTTTGTATTTTTATTATGTATGTATCCTTCTGAAAATTGATTTGGCCCCTTAAATTGTTTTTGAGATTTATCAAAATTAGAAACATATAGCTTTAATTTATTAAGTCCTTTATGATACTCCACCATATGGCTATATCAAAGTTAATATATAAATTTTTCTGCTGATAGACATTTAGGTTGTTCTGGTTTATTACTACCAGAAATGAATGACGATGAAATGAACATTCTTTTACATGTCCTCATGAACATATCTGTGAGATTCTTTTTAGGACATCTGTATACCAAAGAGTGGGATTACTGGGTCAAAGGGTATGAACCTCTTCAATGTAACTCTGTATTGCCGAATTATTCTCTAAAGAGGCTGTACCAATGTAAACTCAAAAATCAGAGGATGAGAGCTTCAGAAATTCCAGTTTTTAAAAACCAGTGCTTTTGTTAAACTTGGAAGTTGCTAATTGTATTAAATGATATCTCATTGTCATTTTTATTGCCTTTTCCCTTATTACTATTAAGTTGAGCATCTTTTTCCTATTTTGCATACTGAGATTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTCCTTGAGATGGAATCTTGCTCTGTCACTCAGGCCGGAGTGCAGCGGTGATCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGAGTTCATTCAATTATTATTAATTGTTTTAACTATGGTCCCGAGTTTTAACTATGGTGTATATTGCCACTGAATTATTACTCTATATTACAAAAATATATCTATGTTGTCTGAGGTAAATGCCCAGGGTTTGTCATTTGGCGCCAAGAAGATTAAGGACAGGGACAAACATGAAGAGTGAGTTTAGGGGCAGAGGTTTAACAGGCAAAAAAAAAAGACAAAGGAGGACAGCTCTCTCTGTTTCGTAAGAGAGGGGCATCCAAAAGGGGAAAGCCAGCCCACTGTTGACTGCGTCAGATTTTATAGGCAGGCTTGAGGAAGCGGTGTCTGAGTTACATAGGGCCCACAGACTGGTTTGACCAGGTATGACATTTACATAGTGTGCGGGGAAGGCTGGTCACCCCACCCTAATCTTATGCAAAAGGAGGCTTTGCCTGGCAGGGGCTATATTGTCTTCTCCTTACTGTACTCATGGTTTGGCAAACAGAAGGGCAGATGAAGCCCCCATTTTGGACATGCCTAGTCCCAGGTAGCCTTTTCCTATGGGCACAACTGTGGGCATTCACCTGTGCAAGCTTCTGGCTTGCTTGGCTATGTCTGCAGCTCCATTTTGCAGGCTGCTCTTTGTTAGAAAAGAAAGTGATATGATGGCTCCTTTTCATTAAAAGGAAAACCTTACTATCTGCCTAAGTGATTTCTTATTAACTCCTGTATCATTATCATTGATTTAGTACCATCTGATTGGGCTATAATTTTTAGTCCTTGTACTCTTTTTGTCTGGTTTTGATATCAAGATTACACTACCTGCCTAAATTTAGGAGCATTCTTAATTTTCTAGTATCGAGAATAGTTTGTATAAGATAGGATCATCTATTTCTTGAATGTTTTCTAGAACTGAAACTATGGACCCAGTGATTTAAGGTGGTGGAATTTTAATGGTTGTAAATATATTTAGATTAGCTTTTTTATCTTAGATTTTAAAAAATCTTTTTCTAAAAACTAGTTCCTTTCATTCATGATTTCACACATATTGACATGAAAATATTCACAGTGTTTCTTACTTTATTTGCTGCTGCATATTTTTGTTAACACTGTTTAATATTTTTATTAGTATTGCTTTTATCTATGTTATTTCCTCTGTTTTATTTTCTCTAGATTTGCTTATCCTTTTTCTCATTTCTTGAGATAAATACTGCTTTTGTTTTTTTTTGGAGACAGAGTATCGCTGTGTTGCCCAGACTGGGGTGCAGTGGTGCGATCCCGGTTCACCGCAACCTTTGCATCCCGGATTCAAGCAATTCTCGTCCCTCAGCCCCCTGAGTAGTTGGGATTACAGGCATGAGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTATCTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGACCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCATGATCCGGCCCTCCTCAAGAGCTGGGATTACAGGCGTAAGCCACCACGCCTGGCCAATACTGCTTATTAATTCGCATTTTTTCTCTTGGATCTACACATTTTCATTTAAGAACCTCTTAAGCTGCTATGCAAACATTTTGATATGTACAGATTTATCATAATTTTATTCTAAATTGGTTCTAAGTATAGCATTATGATTTTTCTTTGCTGAAGTGCTACTTAAAAGTATTTCAAACTATCAAAATAAAATTTAAATCTATAACTTATTATATTATAAATTTCTAATTTACTTGCATGATCAGATATGTATGATTCTGGTTCTTTGGCTTGTCATAGGATTTGTTTTGTGGTCTATTATATCGTTAATATTTATGTTCCTTGTGTACTAGGAGAGAAATTTGTATCATCTAATGAGTGCAAGTTTTTATATACATCCAATAAACTCCCTAATTATATTGTTAAATATTCATCTTCTCACCATTTTTTGACCTGCTCGGTCTAGCAATTATTGAAATAGTTGGGTAAAATCTACTATTCTTAATTTGCCATTTTTCTTAAAATCTTTACCACTTTGTTTATATATTATGAAAGCCTGCTTTCAGGTGCATATAAGTTGCATTTTTTTCTGGTTTTTTGATACCTTGGATTTAGTATATTTATACTTATTAGCCTTTTTCTTTTATTTTTTGCTTCATATTTGTTTTGCTTTTTCTGTATTCCTAATTTCAAAATCTTCCACTTGCTACCTAATAATGTCAATATCTGATACTTCCTTGCTTATTTATTTTTAAGTTTACTTACCATGTGCATCCCCCTCACTCCAGTAGCCCCCTACACATATTCTAAAATACAAGTTTCTTAAGAGGAAAGCCTTTATCTGTTCATTCACCACTATACACTAAGTGCCAAGAATAGTGCCTACACACAGTAATTATTCAGTTTGCTACTTGATTGCTTTTGAGCATCGTAAAGAGGTGTTTTCTGTTTTAAAATCAAGTCATAATTCAAATATTAGAATAATAACATTCTTTAAATGTGAGAAACCTTGGAGCTGATTCCTGTTCTAAATTTTATACATGAGAACTTGGCTTAGAAATAGCTA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Seq C2 exon
CAAAACTGCGAGAGTCCTGCTTTGATCCAGGCAATATAATGAATGGCACCAGACTTGGAATGGATTATAAATTAGGGTCAACAGTCACCTATTACTGTGATGCTGGTTATGTTCTTCAAGGTTATTCAACACTCACCTGTATCATGGGAGATGATGGAAGACCTGGATGGAATAGAGCCTTGCCAAGTTGTCATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000164796-CSMD3:NM_052900:29
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.016 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0043115=CUB=PD(57.5=95.3)
A:
NA
C2:
PF0008415=Sushi=WD(100=87.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)