MmuINT0042933 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000022311 | Csmd3
Description
CUB and Sushi multiple domains 3 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2386403]
Coordinates
chr15:47838408-47847294:-
Coord C1 exon
chr15:47847107-47847294
Coord A exon
chr15:47838603-47847106
Coord C2 exon
chr15:47838408-47838602
Length
8504 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
ATACTGACACTATTTTACAGCAA
3' ss Score
5.42
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CAAAACTCCGGGAGTCCTGCTTTGATCCAGGAAATATAATGAATGGTACCAGACTTGGAATGGATTATAAATTGGGGTCAACAGTCACCTATTACTGTGATGCTGGCTATGTTCTCCAAGGTTATTCAACACTCACTTGTATCATGGGAGATGATGGAAGGCCTGGATGGAATAGAGTCCTACCAAGTTGTCATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000022311:ENSMUST00000162830:30
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.016 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0043115=CUB=PD(57.5=95.3)
A:
NA
C2:
PF0008415=Sushi=WD(100=87.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types