HsaINT0042256 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000164796 | CSMD3
Description
CUB and Sushi multiple domains 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:19291]
Coordinates
chr8:112319901-112335474:-
Coord C1 exon
chr8:112335329-112335474
Coord A exon
chr8:112319982-112335328
Coord C2 exon
chr8:112319901-112319981
Length
15347 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTTGGT
5' ss Score
6.35
3' ss Seq
CACTTTGTTTATTTTTGTAGCCT
3' ss Score
7.07
Exon sequences
Seq C1 exon
GGATGGACCAGACCAAAATTCACCTCAGATCGGTCAGTTCAGTGGCAATACCGCTTTGGAATCAGTCTACAGTACTTCAAATCAGATTCTAATCAAATTCCACAGTGATTTCACAACAAGTGGCTTTTTTGTGCTCAGTTATCACG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CCTATCAACTAAGGGTGTGCCAACCTCCACCACCTGTGCCCAATGCTGAAATTTTGACGGAAGATGATGAATTTGAAATAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000164796:ENST00000297405:45
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.020 A=NA C2=0.071
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0043115=CUB=PD(44.8=94.0)
A:
NA
C2:
PF0008415=Sushi=PU(36.2=75.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development