MmuINT0042949 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000022311 | Csmd3
Description
CUB and Sushi multiple domains 3 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2386403]
Coordinates
chr15:47676402-47695846:-
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
19218 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTTGGT
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Seq C2 exon
CTTACCAACTGAGAGTGTGCCAACCTCCACCACCTGTCCCTAATGCAGAAATCCTGACAGAAGATGATGAGTTTGAAATAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000022311:ENSMUST00000162830:45
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.020 A=NA C2=0.071
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0043115=CUB=PD(44.8=94.0)
A:
NA
C2:
PF0008415=Sushi=PU(36.2=75.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types