HsaINT0044273 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000138109 | CYP2C9
Description
cytochrome P450, family 2, subfamily C, polypeptide 9 [Source:HGNC Symbol;Acc:2623]
Coordinates
chr10:96708865-96732002:+
Coord C1 exon
chr10:96708865-96709041
Coord A exon
chr10:96709042-96731860
Coord C2 exon
chr10:96731861-96732002
Length
22819 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAA
5' ss Score
8.38
3' ss Seq
TTGCATCAAATCATTCCTAGGAA
3' ss Score
6.35
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCTGCAATAATTTTTCTCCTATCATTGATTACTTCCCGGGAACTCACAACAAATTACTTAAAAACGTTGCTTTTATGAAAAGTTATATTTTGGAAAAAGTAAAAGAACACCAAGAATCAATGGACATGAACAACCCTCAGGACTTTATTGATTGCTTCCTGATGAAAATGGAGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)