HsaINT0044311 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000134716 | CYP2J2
Description
cytochrome P450 family 2 subfamily J member 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2634]
Coordinates
chr1:59915938-59926790:-
Coord C1 exon
chr1:59926537-59926790
Coord A exon
chr1:59916101-59926536
Coord C2 exon
chr1:59915938-59916100
Length
10436 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAGGA
5' ss Score
6.77
3' ss Seq
ACGATTTAACTATTTTTCAGTTT
3' ss Score
6.63
Exon sequences
Seq C1 exon
CGCCGCCTGCTTGGACCGCAGAAGAGCAGGAGGACGTCTGAGCCATGCTCGCGGCGATGGGCTCTCTGGCGGCTGCCCTCTGGGCAGTGGTCCATCCTCGGACTCTCCTACTGGGCACTGTCGCCTTTCTGCTCGCTGCTGACTTTCTCAAAAGACGGCGCCCAAAGAACTACCCGCCGGGGCCCTGGCGCCTGCCCTTCCTTGGCAACTTCTTCCTTGTGGACTTCGAGCAGTCGCACCTGGAGGTTCAGCTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
TTTGTGAAGAAATATGGGAACCTTTTTAGCTTGGAGCTTGGTGACATATCTGCAGTTCTTATTACTGGCTTGCCCTTAATCAAAGAAGCCCTTATCCACATGGACCAAAACTTTGGGAACCGCCCCGTGACCCCTATGCGAGAACATATCTTTAAGAAAAATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000134716:ENST00000371204:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006717=p450=PU(5.7=37.1)
A:
NA
C2:
PF0006717=p450=FE(11.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development