HsaINT0045233 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000115827 | DCAF17
Description
DDB1 and CUL4 associated factor 17 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:25784]
Coordinates
chr2:171443523-171448817:+
Coord C1 exon
chr2:171443523-171443613
Coord A exon
chr2:171443614-171448680
Coord C2 exon
chr2:171448681-171448817
Length
5067 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAAGA
5' ss Score
8.24
3' ss Seq
ATCTCTCTTTTTTTTTTTAGGGA
3' ss Score
11.82
Exon sequences
Seq C1 exon
TGTTGCATCTGAGCCAAGAAAACTTTATGAAATGCCAAAATGTTCCAAATCAGAAAAAATAGAGGATGCTTTATTATGGGAATGCCCAGTG
Seq A exon
GTAAGATTTGTTTTTAGAGCGTTTGTTTCTAAAGCATTTTTAGCCTAGAAGAACCAGTTATTATTAACATATTGCATAAAATAATACAACTTAAATATCATAGTGACTCTTGCATCTTTAAAGCAATCAAGATGAGAGTATATCTTTTATTTTCCTCATGAAATAATTTCTGTATTAAAAATACTAATATTATGAATGTGTTTTTAAAATTAGATAGATTTTTTTTAGATCCTGAAAACTAAAAAGTTATAAATCGATTAAAAGTTATATAAGCAGCATAAGCTAATGTATAATTATCTTAGTGTTTAAGAGATCATTCCACTCAATATACTGAAACAGTAACAAAGTATTTAGAGCAACAGTTATTTTACGTTATTTTACGTGTTAGGAAAATAATAAAAATAAAATAATAGGATAAGCTCATTTCATAAGGCTAGCTTTGCCTGGGTGTATATTTTTCAAAACACTGTTTTCATGGAATGTTAACGGGTGTCAGAGGAGTTAGGGGGAATTGGGCTGTGAAAAACTAAGTTTGGGACATTCTGAGTTTAAGACTGTAAACATATCTATTGATAGAATTACTTCTCAGAGCCTTTACTAATAATAATAATACAATAATACTAATAGGTATGATGATTATCAAGCCATTTCCCCAAATTCTTTTGATCATAGAACTTCCTTGTTTAAGGAATATTTCTAAGTACAGGTTGAGCATCCCTAATCTGAAAATCTGAGATCCAACATGCTCCAAAATTCAAAACTTTTTGAATGCCGACATGACGCCACAAGTGGAAAATTTTACACCTGCCCTCATGTGACAGGCACAAAATTTAAAATATTATGTAAAATTATCTTCAGGCTACATGTATAAGATAGATATGAAACATAAATGAATTTTGTGTTTAGACTTGGGTCCCATCCCCAAGATACCTCATTATGCATATGCAAATATCCCCAAATCCAAAGAAATTCAAATCTGAAACACTTCTAGTCCCAAGTGTTTCAGTAGGAGAAGGGATAATCGACCTGTATTTGTTTTCTATAGGATCAGTGCTTATTCTAAGAAATGCACTTAGGAAATACTACAACAGATTAATCAGGTCTTTGAATCTGATTGGCTGTCCTTTAGGAAAAACGGAACTCATAATATGTGACCAAAAATAATTTTTAAAGGATAAGAGGCTGTACGCTAAATTTATTGTTAATTTTTTTTTCAGGCTATCATTTTTACATAAAGTTTTAGTTTTCTGGAGCTGCTGCTTTCTTTTTCTCTGAATACTTATTGTCTGTTCACTGAAGGCTCCTATTTAAAAATTAGAAAGCTTTTAAACCTATGTTTTCTTCTTCAACTCCTTATTGAAAGCTAAAAGTAACTGTTGTGCCTTTAGCAATTTAAAGCTTTTTGATCCATTTTCATTGGGGAGTATGGGGGAAGACGACAGATTTCTTAATTGAGAAAGTTTTTAATACACTAGTATAAAACACCAAAAATTTAGTAACCTAATTCCTATTCTCACTATTTTTTTTTTTTGAGACGGTCTCTCTTTGTTGCCCAGGCTGCAGTGCAGTGGCGTGATCTCCACTCACTGCAACCTCTGCCTCCCAGGCTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCACCCAGCACCATGCCCCACTAATTTTTGTATTTTTAGTAGACACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCTTGACCTCAAGTGATCCACCCTCCTTGGACTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATAAGCCACCATGCCCGGTCCGTATTCTCACTTATTTTTAAACATTTTATTCTCATTTCAACTGCAGCAAGATTTTCTCTTAAGAAAAACCAGGAGCATTTTGAATTGTTATTAACACACTGATATGAAACTACTTTTAAGTTAGTGTCCATCTTTTCCAAGACTCTGTGTGAATTACAGCTTTTTGTTCAAGAAAATATTTCGAACGTATTATATTTGCTGCTTCAAATTATTTTGATAGGCAAGTTATAAATAGTATATTTTTTAAAACTTAAATTTTTTTAATATATTTTTTTAAGACAGGGTCTCACTCTGTTGCCTAAGCTGGAGTCCAGTGGCACAATCACAGCTCACTGCAGCCTCTACCTCCTGGGCTCAGGTGATCCTTCCACCTTGGCCTCCTAAGTAGCTGGGACTACAGGTGTGCACCAACAAACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTTGTAGAGGTGGGGTTTTGTCATGTTGCCTAGGCTAGTCTTGAACTCCTGGGCTCAAGTGATCTGCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAAGTGTGAGTCACCACGCTCAGCCAAAAACTTTTAAATCTTCATGAAACAACATTTAGATAAGACGTTGTAGAATAAATGCATTTATATCATTGCCCTGAATCCAGTGTAAGACTTCAAGGGTTAATAAACTTAAAAAAAAAATCTTATAGCCAGTATTTTAAGAAACTTGATTATACTTACGAAAGGAACATTGTTTGTTTTCTCTTCTTTTAAATATGGAGAGGTTTAATCCTTTACCTAACAAAGGAATTAATTTTAGCAAAATGATTCATTCCAACCCTCTTATAAGAAATATCTAGGAGAGTGGCCAGGTGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCAGATCACGAGATCGGGTGTTCAAGACCAGCCTGACCAACATAGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGTGTGGTGGCACGCACCTGTAATCCCAGATACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCAGAGATCATGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCAAGACTCTGTCTCAAAAGAAAAAAAAAAAATCTAGGAGAGTCAACTAAGAAAAATAATGAATCTAAGTGATAAACATTCAGGAAATTCTCTAAATAAGAGATTTATTTACAGTCTTAATATCTCAGGGTTCTTTTTAGGTTTCCAGGGGAAAAGAGCAGGATAACAGTGTGGAGACTGCTAAGTTGAGAATTTAAAACAAATGAGAACATAAGATTTTTAAAATTGCATTGTGAATGTAACATTTTTTATCAATCCTTTAATCTCACTCTTTTAGACATATTGAGAAAATGTTAAATAGAAAATATTATGAAATTTTAATAAGATGTTTCAGATCTTTGAGCATGAAAAATATAACAAAAAAGCCTAATTTCAAAAAACTATTTGAGATCAAGGGACAATGGTGTGACCAATATGAAGGGTCAAGACTGAAATGTATTGTCTTTACTATCAAGAACTCTACTTTCAGTTTTTTCTCGGACAGTTAATTTCAGCTTCGTAGAGATTTCTGACCAAATTAAGGAACACTGTTTTCCTGGGTTTGTTTTGGGTATATGTCATTATAGTTATGTTATTTCTTACTGAAATTTATAATTGTGAGTTTTTTGTATTGTTTTAGTATTTAGTGGTGTATAATGTGTTATTCAATTATATGTAGTCATACAAAAAAAAAACACTAGCATACAAACAAAAATTATTTTTTTCCTTAACATTTGAAAGGCAAGACAAATTTTTAGGGAGCATATATAAAATAACTATGTCTTCATTCTTTTCTATTCACTTTTTGGCCTAAGCAGATACTAGATTAATTTCAGCCTCTCTTTACTTTCTTTCTTTCTTTTTTTCTTTTTTGAGATGGAGTCTTCTGTCGCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTCAGCTCACCGCAACCTCCACCTCCCGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTATAGGCAAGCACCGCAACGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGATCTCCTGACATCGTGATCCAGCCACCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTAGCCACTTCTTTTTTTCCTTTTTATCTAGAAACAGAGTCTTGCTGTGTTGCCTAGGCTGATATCGAACTCCTGGGCTCAGGTAATCCTTCTGCCTCACTCTCTCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGGGGACCACGATGCCCTTTTAGTCTACAAATTAAAGAAGAAAACTTTGCTTCTCTTTTTCTTCCTGCCTTAGACTTCCACCTTGTGGTGGCTCCTCAGTGACAGGAGTGCCCATGCAGCTATCCTCTCCCTTTTCTAGGATAATTCACTGGTGACATAGGTCATCTTTCAAACCAGGTCCATTTTCTGTACTTTGGCTGTCTTCATTGGTTTCTAGCTTTTCATTTGAGCTTAGGTTAGAACCACAGTGAATAATGAAGTAATTTGCATTTTGCCAGTTTTGACTTCCATCTAAAGGAAACAAGTCCTGTGGTAAAGGAAAAAGGGGGCAATATGAATGTCTATTCTAGCAGAGAACCCTTTTTTTTTGAGACGGGATCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATAGTCATCACTCACTGCAGCCTTGACCTCCCAGTCTCAAGCGATCCTCTTGCCTCAGCCTCCTAAGTAGTTGGGACTCCAGGCACTCACCACCATGCTAATAGCAGAGGACTCTTAATCGCTATGCTATATACATGATTTTAAGAGCTGTTATTGTTGTTATTGTTATCACAGAGGTAGCATCATTGTCTTCTACTGTTATTATGACTAACATTTGTGAATACTTAATAAAATAATTAATTCATAATAATAAATTATTTCAGGCCATGTTTAAGTGCTTTATGTGAATAAACTCAATAAGTGATGATGAAATAATTACCCACAATCTTATCTTTCCTTGTCTTAATTCTCTAGTTGGGCATTTAATCTTTCTTTTGTGGTTTATTTATTTGGCATTTGAATATTTAGCTATTTTCTTTGGACATTGATTACTGCAAATTGTTCATGGCCAAGCAGTTTCATTTTTATATCTCTCTTTTTTTTTTTAG
Seq C2 exon
GGAGATATACTTCCCAATTCATCAGATTATAAGTCCTCACTCATAGCACTGACTGCTCATAATTGGCTACTTCGTATATCAGCAACTACGGGAAAAATCCTTGAGAAAATATATCTTGCACCTTATTGCAAATTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000115827:ENST00000375255:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development