HsaINT0047337 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000157680 | DGKI
Description
diacylglycerol kinase, iota [Source:HGNC Symbol;Acc:2855]
Coordinates
chr7:137154296-137170164:-
Coord C1 exon
chr7:137170120-137170164
Coord A exon
chr7:137154366-137170119
Coord C2 exon
chr7:137154296-137154365
Length
15754 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACA
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
GTGTGTGTGTCTCTTTCCAGGAC
3' ss Score
13.1
Exon sequences
Seq C1 exon
GACCTACAGTCAGTTTCTTCTGGCTCCCAGAGAGTTCATTACCAG
Seq A exon
GTAACAAATAATTGACTCTCCTTGTTTCTTACCTTCTGGCCAAATGAAGTCCATCTTTCAATTAATGTCTTATTTTGATTTAGAGTTCACATCTTCCCTAGGGATAGAGTTCATTCTAAGAATCTAGTGAAAATGGTATTCTGATTCTTTTGCATTTTCCTGATTTTGGACCAGCCTAGTCTAGCACAAATTTAGACTGTGGATTTTCTCCTAGATCATTTAGAAAAGATTATAAAATTGAGTGCTTTCAGTAACAAATACCAGAAAACTCAGCTGAAACTAGCTTAGCAAGGAAAGGGTCTCTTGGTTCACATAAGCAAAAAGTCCAGATCAAGGTGGATTTCTCATCCCATTTGGTCATGGCTCACACTCCACTTTCCTGCTGGTCCTTCTACTTTGTTCTCCTCTTCCTGTCAATTTTACCTCTGGGCTAGATGACTTTGTGGTCCAAGATGACTGCCATTAGCAACCAGGACTATGTTTTTTTCCATCATCTCCTGAAAAAGAGAATTACATGCTTCCTACAACCATCAAGCAACAGTTTTAAAATGTAATCTGAGTGGTTCATCCTGGGTCTTTTGGACAATCTAATAAACCCAGTCTGCATCTCTCTATGGCCCATATAAAGTCTGTAGGAGAACACTCAGTTATTCTTTATCCCAGCAGACTTTGGGGGTGCAGTTTCTTTCCAACTTCCCCATCCCACTTGTGATGCACAGATCTCTTCAGCCATCCTCTTATGCATTAGATTTCTCAGACATGATGTAGATCCTAGTACACAGTATTACTCCCGACTGCAAGGAGCCCAAACAAAGCTCTTTGACTGGTCTCATTAAAGCCCTTTTATCTGAAGGCTCCTTACCCTGCCCTGTTAAGAGGAAAGGTATGTGGGAATCACAGCATGCCAACAATTCTCTCCAAATAAATCTCTTCAAACCCTTCATACTTCCATGTGGGGAGGAATATAACTATGCCTAAATTTATAAATGTGAAAATCCTGGTTTAGCACTTCACTTTGGATTTTTGTGTCTATTTTCCCATGCCTGAAATTTCCAATTTAACATCCTTTAACATAAATAGAAAACACAATAATTTAAAGAAAAACCTATATCTTGTAGCCTTCTAGGTATTCCCCCTACCAATGATACCCTCTGTCCTTGGCTGAAGCAGCATATCTTCAGCCTTAATGACAGGAATGGCCTTTGTGTTCTTATTTGTGTATTTATTTCTCAAACAACGTATCCCACACTTCCAGAGTTCTTTCTTCCATCTGTCTGGCCTTGAAAGGAAGAAAAGTCACTTAGGATATGTTTACATTAAAAACAAAACAAAATGAACTTCTTCTAGACTGTTTTTACCAAACACTAGAAGACAAATTTCCACCAAATTTTTTAGATAGAGCACAACTTTCATCAGAGTGACTATTTGCATATTTACCCAGAGCCACTATCTTGGTGTAAATTTTATTTTAAAAAGCATAGTGCTTTCACAATAGCAAAGACATGGAATCAACCCAAATGCCCATCAACGATAGACTGGATAAAGAAAGTGTGGTACATATATACTATGGAATACTATGCAGCCATAAAAAGGAATGAGATCACGTTCTTTGCACTGACATGGATGGAGCCGGAAGCCATTATCCTCAGCAAACTTATGCAAGAACAGACAACCAAACACCACATGTTGTCACTTACAAGTGGTAGCTAAACAATGAGAACACATGGACACAGAGAGGGGAACAACACACACTAGGGCCTGTTGTAAGGGTGGGAAGAAGGAGAGCATTAGGAATAATAGCTAATACATGCTGGTTTTAATACCTAGGGTATGGGTTGATGGGTGCAGCAAACCACCATGGCACATGTTTACCTATGTAACAAACCTGCATATCCTGCACATGTACCCAAGAACTTAAAATAAAAATTAAAATAAAAAAAGCATAGTCCTTTTAAAGGTAAGAGCTGATCTCTAACAATTGGCAGTAGTAGTTATAAGACTATGAGGATATTGTCTTTAAGAGTTTATACTTTTTCCTCTTGGACATTTTGAACCTTTAAAACTTTATCAAAATATGTTAGATTTATCCTAGCTAGGTTTATGAAACTACTTTTATTTATTATTCCTGGCTTATACGATGTAGTCATTTTTGGTGTGAGAGTTAAAATTGTGGGTATTTTGTACCATATTTTTTTATGCCCTATCTGTAACTATTCATGGAGATCAACGGATGGATAAGATACTACAATATGAGTGAGTTATGTATTGCATGTATTGTTTGGTAATAACACTCAGAAGGATTAATGATATTTTTCTATGTCAAAATATTGCTGCATTATTTTGTTTACTTACAGTCAAGTCAAATCTTGGTGTCAAAACTGCTGCATTATAAATGCCACATCAAAAGGTTTTGTGTGCTGAACATCTAGGATAACGAATGCAGTGATCAGGGATGAGTGTCAGAGGTGTCACCTTTTCCCATATCCTTCCTTAGGACAAGGAAGGCGCAAGAAGAGTGATAAAAATCAGGGGACTTTGAGCATGAAGGAATGGTTGGAACAAAAAAGATCCAAGAAGCCCAGAATTTGCTCATTAAACAGGAAAGAAAAAGAGACTGTGTTAGAACTAACGTGGCCAGAGCACAGGGAGAAGCTAATGAGGAATTTCCTGAGCAGGGCAAGGAGAACTGGTTGAAGCACGAAGCTGGGAGAGATAAACTTTCATGTTTGGCCAAGATCATCAAAGGAGGAATGAGTTGGAGGCATAGGAAATAGAGTTCTGTGTTAGCCGTATTAGTTTTGATATGCCTGTTAGATCCAAGGGGGTTGGTGAGTAGGCAGTTGGGTATACGAATATTAAACCTCATTAAAAAATTCAGGCCCAGAGATAGAAATTTTGGAGTCATCAGCAAATGGATGAATGGTGCTTAAAACTACAAGGCCGGAGGAGATCACTTAGGGAGGAGTTCAGTTAAAGAGGAGGGCCCACTGTTCTATCTATGTTTATTCATGAGTCAAGAAGAGTGCAGGTTCAAGACAGCAACTGGTCAAGAAGAATCATGGAAACTGAGATAAGCAGCAGGGAAGCTGGAAATCAAGGAGAAGGTGGTATCACGAAAGCCAAGAGTGAAATGTATTTCAGAGAGGAAGGAGTAATGGACAGTGTCAAATGCCATTGAGAGGCTGAAAAGATATGGATTGATTTCCGTATTTTTTTCTAGGTGTGTGTATTATAAAACACATGGGATATAGGTGCTATTAATTTTTATGTAGAAAGTGACTGGCAGGAAATTTAATACTAAATCTTTTATTTCTTAGTGCAGAAACTGATTACATCAGAATTCCCTAGTTTGTCCCGGTGGGAGTAAGGAGTGTTATAGGTGAAAAAGAAACATGAACGACGAAATGCCTTAAATGCCTGTTAATGAAGTTTCTTGTCTATGAGATGACATTAAATATGCTTGGAGGATTAACTGTGAAGAGAATAAATTAATACCAGTATGTTTGAAAACTTGAGAAATTCCTGTCAGCTCACTAATTTGCAGCTAGGGTTTTAGCTGACTGTTTTCTAAGACCAGAAAAATCTCAAGAGAAAAGCAGCATTTAGAAAGGTGTACACGTGCCCAAGACACCTTATTAGTGAGCCATGTGGCAGTTTCTCGCCACTTAAGCATTTCATTGCTTTGGTTTCTTCCTTTTCCAAATGCATAGTGAATTGCCAACAAAGCACTGAAGCTCAAAAATGACACCTCATGTTAACCTAACAAGGTATTATGGGTTATACAAGAATGTGTTAGATATTTATAGCCTGTTGAAAATTCCTGCCTACACCATCTCTGAGGTCAAAATTCAAAGGCCCCTCCATCCTAATAGCATTGATGTAACCTGTAACTAATATGTTTTACAAGCAAAATGCATTGCACTTGCAGATTTAGGATATTCTTGAGGTTGCCAAATGAACAAGAATTAACATAAGAATTGGACTCTACCTGCTTATTTGATAAGGGTCCTTTCTGAGGCCACCTACTTTGAGATAATTCCTTCTCTGCTTCCTCCCTCGAAATCATGATATCCCTTCTTAACCCCAAATCACAAAGGTACTAAGGAATAGAGGCAGATGTGCCATTCTAGTGATTTCCAGCTGGGAAGAATTTGCTCCCTGTAGGGGACATTTGGCAAGGTCTGAAGACTTTGAAATCTGTTGGATAAAGGCCAAGGATGCTGTTAAACATCTTAGCGTGCACAGAGAAGCCTCCTACCATGAAGAATTATCCAGCCCCAAATGTCAATAGTGTAGAGCTTGAGGAACCCTGAGTCACTCTGACGGTTCTCAGTACATAAATGAGAACCCCAGATAGGTATAAGACCTAGATGAGGAAATGGAAAGGAGAAAGAGAGAAGAGGAACAAAAGAAAAGGTAGGGATGGAGAACAGAAGGAGGCATTTATAGATGTAGTAGGGTAGAATAAAGAGAGAACTAGGAGCAATTAGAGGGGTTTTTTTGTAGACACCCTGGGTTTCCCCATTTCCCCAGGGTGATTCTTTATGGGGCATTAAATGGTAGGAATTATAACTTGAGATTTTAGTGCATACCATAGGATTCACCTGTAGTTGCAAAAATAGATTCAACCAGGTGATTACTTTCTCTAAGAATTAACTCACTTAAAAATAGTACCAGAATGGTTGGAATATTTAAAAATAGAGAAAACATTATTGAAAAGCCTTTTCATTCTTCAGGGTGGTACAGATGTCTTTCACTTTCATAAGAAAAAAAAAAACAACCTCTTGGTCAGATCGGAGTCTACATTACTTGTTCCTCCTCTGATGTCCTTTGTTCCTACATGCCTGCTCTTCTGGAGGACCAGCCTATGTTGTATTCCATTAAAATTGTGTCTAGTTCTAGGCAAACAGCATTTTCCTATAAATATTTCATTCATCCCCTTTCTCTTTATTCTGGCTGTCCTTATTCATCTCTCTCCTTTCTCTGAAATCTCTTCCTCC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Seq C2 exon
GACCATGAAACCTCCTTCCCCAGGGCTCTCTCAGCACAGAGGCTCTCTCCTCGGTGGTGCTTCCTAGATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000157680-DGKI:NM_004717:24
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.333 A=NA C2=0.010
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)