HsaINT0049340 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000105877 | DNAH11
Description
dynein, axonemal, heavy chain 11 [Source:HGNC Symbol;Acc:2942]
Coordinates
chr7:21789840-21805207:+
Coord C1 exon
chr7:21789840-21789982
Coord A exon
chr7:21789983-21805045
Coord C2 exon
chr7:21805046-21805207
Length
15063 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGA
5' ss Score
6.91
3' ss Seq
TTGCCCCCATGTCTCCACAGATC
3' ss Score
12.05
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATCATTTTGTGTTTCTCTCCAGTTGGTCGCACGCTGAGAGTTAGAGCTCGGAAGTTCCCAGCCATAGTTAACTGCACGGCTATTGACTGGTTTCATGCGTGGCCGCAGGAGGCTCTGGTCTCCGTCAGCAGGAGGTTCATTGAGGAAACCAAGGGAATTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000105877-DNAH11:NM_003777:54
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127802=AAA_8=FE(17.5=100)
A:
NA
C2:
PF127802=AAA_8=FE(19.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)