Special

HsaINT0049346 @ hg19

Intron Retention

Gene
ENSG00000105877 | DNAH11
Description
dynein, axonemal, heavy chain 11 [Source:HGNC Symbol;Acc:2942]
Coordinates
chr7:21603804-21609917:+
Coord C1 exon
chr7:21603804-21604015
Coord A exon
chr7:21604016-21609686
Coord C2 exon
chr7:21609687-21609917
Length
5671 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGA
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
TCCCTTTCATTAAATCCTAGGCA
3' ss Score
7.6
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCTTCTCGAAGCCCAAGATGTGGAACTTTACCTGAGACCTCTGAGGAGACACATCCAGTGTCTCCAGGAGACGGAATTCCCACAGACACGCATATTAATCGCTCCATTATTTCATACCATCTGTCTGATCTGGAGTCATTCCAAGTTTTATAACACCCCAGCTCGGGTTATAGTTTTATTGCAAGAGTTTTGTAATCTCTTCATTAACCAG
Seq A exon
GTATGAAGCATCAAAAAACAGGAACAATAAGAATTGTTGCTGTGAGGTAGGTTTTACGAGACTAGTGAAGAATAATCTAGTATACAGTAAGAACACCATCTTTCTTTTTCTTTTTTCAGAAAGGACATTTTTGGTAACAAAGGCCAGGTAACCTTTTAATCCTAAATGGCAGGAAGCTATGAAAATAAGTCAGACATAATCAAAGGACAAGTTGTTGCTTGGTTTTGTTTAACATCTGTACCTTTCTTCAAAAGGCTTTAAGGCAGCTTCCAGCAAAAGACAGACATGTGTAGTACCTTCTTTGTAGCCTTCCCTTCGGTTTTCACAGAAACACTGGCTGATAAAAGCCTTTTGGAAAGTGTGGTAAGTTAAGAGCATCTGGCAAAAAGAAAATCCTAAAAAAGTAGTAGAATTGTATTGAAAAAATTCTGATTCATTGCTGATCTTTTAAAATCTCTTTTGTAATTGTGTCTCTATTCCTTACTCAACCTGCAAAATGTTAAAAAAAAAAAAATTTAAAAAAAGGACCACCTTCCTCTGTGTCCTCATCCTGTCTGTGTGAATGTGGATTCTTCCATGTTCACAGTACCAGAGGGTATTACATAATTTGAGAGGTAAAAGATACTTGGATGCTACATAATCCAGTGGTTCTTATTTGGAACCACTTAGTCTTAATCTTCTCAGGCTGCCATAGCAAAGTACTATGGATTGGGTAGGTTAAACATCAGAAATTTATTTTCTCACAGTTCTAGAGGCTGAAAGTCTCAGATGAGGGTGCCAGCGTGCTCAGATTCTGGTGGGGGCCCTCTTCCTGGCTTGCTGATGGCTGGCTGCCTTCTCACTGTGTCCTCACTTGGCCATCTTCCTCTTGTAAGACCACAGGTCCTGTCGGATTAAGGCCCCATCTTTACAACCTCATTTAATCACAGTTACCTCCTAAAGACCCTATATCCAGATACAGTCACATTGGGAGTTAGGCTTTCAATATTTATCAATTTGAATGGACACAATTCAGATATTTTTCAAATGAATTAACCAAGACTTGAAAAATGATGTTATTTGCTCAATTTCCCTGAGCAGTTAGGAGGAAAGCCAGACCAAAGAACAGGTCTGCAGACTTGCAGCTTAGAATTTTTGGAGTATGAGGTTGCATTGTTAATATTTTTCATCTCTCTTCCCTCTCTGATTCTGAAAAGATAGAGTGGTGTGTGGGAAAGGCTTTGGACCTAGACCAACCTGGATTGAAATCTAATTTTCTCACTTAAGGGAAGTTCAATTACTCCTCAGTTCCCACATCTATCAGTGGGGATAATGCCTAGTCCATGGCTATTGCGAGGATTCAAAGATAACCTAAGTGAAATGCCCAGCGTAGTGCTCGGTGTTTAATCGAGGCTCAGTAAATGTTAGTTGCCTTCTGTTCTTTTGCCCAAACTATTGACTTACAGGCTAGTTGCAGCTGGTGGTAGCAGATAACAACAGGTCGATTCCTTGCTATATTTTACCATCATCTCCTCTGGTTTTGTTCAATATCTGTTACTCTGTTGGGCAAACTCAGTTTTGCCCTTTTGTTAAACAGGTTCCCTGGGTCCTAATGGCGCGGGTCTCTATGTAAAACACCACAATCCCTGTTGCAGGGCCAAAAACTACGACCACCACTTCCCCCAAACCCCTTTTTAGGGACCTATTTCTCATTTTGAGAATAATTGAAACTGTTTCACTGCAAATCCTTGTTAACGTATGAATCACAGAGGAGACCATTTGTTGGCATAGGTGACTTATTTTAAGTCCTAGTTACCCGTAAGCCTGTAAACTTCTCATCCCTGGCTTCTAGTCTTTCAACAGCCAGAGTCTGCCAAGCTCCTGATAAAATAATGTGGCTTCTCTTGTTCCTTAGTTCTGGCTTCTATCCAAAGGTTTCATTGACCCGATTCCTTTGATTCTATGAACGGCAGATTTCAGACTTTGTGGTAAATATGCCCAACATGTTAGGAGTCAAAAGTTAACAATTAGCCAATGTCCATAGCTGGTTCCCTGAAGCACTAACCACCCTGCCACCAATTTTACTACTTTTATATAGTTATTTAACAAATATTATATAGTACTTATTTTGTTCAGGAGCTTTTCCAAGCCCTTTACAAAAATTCAAAAGTTACACCCTCATAGCAACACTATGACGTAGGTATTATTAGTAGCTTCATTTTATAATGAAAAAAAAAAAAACACTGAAGCCTAAGAAGATAAGTAACTCTCCAACCCAGCAAGTCAGTAATAGAGTTCTCACCCGTTATACCATGCTCCATATTTTAAAATAAGTTTTTTTAATGTCTGAATGTGACCTAATACATGGTATGCTAACGATAATTGTAAAATATTCTCATTGCATAATGTTGGAACATTGGAAATGGTTCTGGAGTTTTATCACTCTATTATTAAAGCATTTTTATTTTTCTGTCCTCCTAAACTTATATATATTTATACATTTTATCATGCATACAATTTTGTACTAACTTCTTGAAAGATTATTTTGTTATTGCTGTATATGTAAGTTGCTTCCAGCCTCCTTGATTGTAAACAGTATGCAGAAAAAAACTATACAAAGATCCCCTCTTTTGACTGGAATGATTGGCTTACTATAAATTCCTGATGTTGGTCAAAGGGTACAATCTTTTCATGGCTCTTGAGCAATATTTAATACTTTCAAATTATTTTCTAAAAGGTTATATCAATTACATTGTTATTATCAATGTGTAAAAGCTTTCACTATGACCTGTCAACTTGGAGCATTGCCATCTTTAAAAAAATTTGGGGTCATTTATTGGGTATCTAGTGGTAACATGTTTTTAAATTTGTACCTTGCATGATATATGTGTGATTACACATTTTATGTTTTCTATAATTGTATTTCCTCTTGTCACCTACATGTTCTTTGCGTTCATGAATTTATTGATAAAGTTTTTGTGAAAATTCAAGCCCTTCCTATGTTACATATTAGAGGTCATAAGCTGACATGCTGTCAGCTCATTCGGCCCAAGGATCAATGCAGTGTTTTTATTTTGTATAATATTTTTAACTTAAAATTGTTAATACTTAAATTGGATAGATCTCATTTAAATGCCAGCATTTCAGCCTCCACTGAAAACTCAGAGATCTTGCTACAGTGCTTGCACCATCCCCACAGGCGCAGCCAGTGACTGTAACTTCAAATGCCCCTTAAGGTGGAACAGGTGCTGTGTAGATGACCATGACCTTCACTGTTCACTGTCCTTTCTGATCTACTTTACTCAGTTTCATTACATGCTTGACCCTATGACGGGAATGCCAGTCAGAGTCGGAAACTCTTTGTTACTTTAAAAGCAAATGTATTTCTTTTCTCTTGTTTTCTAGCAGTGAACATTAACATCATTATCTAGGCCAGACACATAAAAGGCATCACCTGTTCACCTTGCGTGCTAGCACAGGCTTTGGTAGTGGGGTCTTAATGCCTTGCCTTTCTTCTCTGGTAACCTGACACTACTCCATGGTCCTTGTGTGTCATTACCACTCTAGACACTACGTTGTCTATTCCATGGCTTGGTGTATCTATTGTAGATATTGTCACCTACAAGATCCTAGGTGAGGAAGAGTTAAAGTCTGAGTAGTCGAGTGTGGAGTGGAGCTGTCAGGACTGAGCTAAAATAACAGTCCATAAAAACACATGCAAAAGAATAGAGAAGCAGCAGCAGGGAGACGAGCCTCAAACTAACAATATCATTGGTAAATTGGTTAATTGATCATTAGCTTATTGATAAATAAGTTGGTAAGCAGTGTTTTAGTTTATAAGACCTCTGAAGTGGGACTAGTTCATCCTAAATCTAGTGGCTTTTAGCTTGTTTGTGCTGGTACCATTGAGTGTGCGATGATAGAGCTGGTGTGGTTAGGCGTGCTCCAGACTGGGTACTGTGAGAGGTAGAAAAGAATTTAGAGTTTATGAGCTAAAAGGGATTTTGAAGTTCACCTAATTCATTTCCCTCATTTTGCAGCTAAGGAAATAGATCCTCTGAGACAACTTAGCTAGTATCACAAAAGTAGTTTGTGGCCCCTAGTAGGGTCACAGCCAGCCCCTGCGTCGGGTCATGCTTTTTCCTTCACACGTTCTGCCTCCCCGTGCAAGGAGACAGACTGAGTGTTTTCATTTAGGACATTAAGTGCCATCTTAGGAGGCCTTACTCAACAGTGGGCTGTATGAACAGGAGGTTCTTTGTCTATGATTGTCTCATCTATGCGAGGGGCCAGCCAGGAAGCACAGGAATAAACATTAAGCATGACTTGTCCTAGGGATGTTACTTTACATACAAGTAATTAGGTAACAGGGGGCTGCTGAAGCAGAAAGGGCCACTCGAGCAAAAGATGGAGTCGTTTGCCATAGATTTTTCAGCATCCTAAAAAGACACATTTACTATAAAGAATACATAGAGATAAAGGTATATGGAATACACCATATGCCACATCAAAGTGTCAACTCTTTTAAAATTCACATTGCTGAGGGATTCCTGGTGGTTCTCTTCACTGCCCTGAATGACTTGCTGTTATAGCACCCTCATGTGGAGGTTAATTTTCTATCTAACCTGACAGGGAAATAAAAGCATAGATTGGGAAGGAGTCTAATCAGTAGGGGTTTTAGACACTAAATGAATGATTTCCTTATTGCCTTACAAATTCATGGCACAGAGCCTATATTGCATGTAAAACTGTTTTCATTAATGGGAAATGAAAGGTCATATGCCTACATTTAGGGAAGAAGTGCTTCCCTCTGCTATTTTGAACTCAGGGCTTTCATTACATTATCCATTGACATCTTGAACAACATTCTAAGCGACCACAAAATTGAAGGCACACAAATTAAACCTATAATTTATATGAGGTTAAGATGCGTCAGGAAGAGGTAGCATACAAAAGAACCTTCAGAATGCAGAGGTTCTTGGTCCTTGAAGAGGGGAATTCTGAATGTTTATACCAAATAT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Seq C2 exon
GCAACAGCTTACCTTTCACCTGAGGACCTTTTGAGGGGAGAAATAGAAGAGTCACTGGAAAAGGTGCAGGTGGCTGTTAACATCTTAAAGACTTTCAAAAACTCCTTTTTCAACTATAGAAAAAAATTGGCAAGCTACTTTATGGGAAGAAAGCTGAGACCATGGGATTTCCAGTCTCATCTGGTGTTTTGCAGATTTGACAAGTTTCTTGATCGTTTAATAAAAATAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000105877-DNAH11:NM_003777:6
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF083857=DHC_N1=FE(12.1=100)
A:
NA
C2:
PF083857=DHC_N1=FE(13.1=100)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development