HsaINT0049738 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000039139 | DNAH5
Description
dynein, axonemal, heavy chain 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:2950]
Coordinates
chr5:13902162-13911602:-
Coord C1 exon
chr5:13911495-13911602
Coord A exon
chr5:13902248-13911494
Coord C2 exon
chr5:13902162-13902247
Length
9247 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CATGTAGGT
5' ss Score
4.94
3' ss Seq
CAGATTTTATTCTGTTTTAGAAC
3' ss Score
8.79
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCATTGTGGCAACCATAAAGAAAAAGGAATACAATTTCCTAGACCAGCGGAAAATGGATTTTGACCAAGATTACGAAGAGTTTTGCAAGCAGACTAATGACCTTCAT
Seq A exon
GTAGGTTGTATAATAAAATTCCTGTTGACAGTCGTGTGTTTATTTTTTCCTTTCTGTATAATGCCGTTAATCATTACCCAATCAGAAGGCAGAGGTATCTTCATCATGGAGGTGACCGATAGCAACCTCAGCCTGTGTTTCGTGATTTCAGATTAATAATTGAAGGCTGTTTTTCATGGATTAAAGGGTCATAAATATAGCTTTGGCTAATGATGTGTATCAGACTTCCACATGTCTTCCATTGACGTTCTTAGAAAGTTAACTTTCATCTTCTGTTGAACATTGCGGCACGATTGGAATGTAGACTCTTATTTCCGTTTGTCACTGTGTAGCAATGATTATGACCAGAGGTAGCTCAGGCAAATGGTCAGCAATGTCTGGCAGATTCCAAGGCAGGGCTGCCACTGGCCTTAGAAACGGTGGCGCCAGGACCGACTCAGCACCTGGACCCCGCTTGGACTTGCAACCCCTTTCTCTTCCTTCTTTCACCTGCTCACTGCAGACCAGCCATCTTGCCTTGCAGCTCACATGAGCAGTTTATGCCATTAGCAGCTTCTGAGACTGTTTCACAGGACCAGGCCAGCTCCAGATTCCCGAGGAAGGGGTTGGGCTAGCCAGTTCTGGTGAGGTGCCTAGTACTGGGCCTCTCAACTGTGAGATCCTGTGGTGGACACAGGCGGGATGGGATCCACTGGGTCACGGGGAATGTTTATTATCAGGAAAGGGGAGTCAGGGAGGGTAAGATGGGAAGACACCCAGCAGGTATCTACCATAATGAATATGGGGACATTTTCTCATCCCAGTGAGGTGCAAATGTCTATCTTTCTGACTATAAGAGGAAAATAGCCACTCTATTTCTTCTTTCCCAGGGTTTTTGATTTGCATTAAATTTGTGCACTTCAAAGTAAAAGGAGCTCTGAGACACCTTGGGAGGAGCGAGTTCAGTGTTAGAATGAGTCATAACAAAGCTAGCTCATTCTATGTGCCAGGCACTGTTCTAAGCACTTTGTATGTGCTAATTCATTTAATAATCGTAATAATCCTATAAAGTGGGTGCTCTTGTTACTCTCATTTTGCAGAGGAGGAAACTGGGAAACTTCACTGTGAGGGGAAGTGGCTTGCCTAAAGTCACAGGCATAACAAGGGGTGGAGTTGGGGTGAAAGCCAGGCAGTCTGGCTTTGGAATTCAACTTTTTTAACCATTGTGGCATGCAGCAGGCTTCATTTGATGGGAAGAGAGAGTACCTATAATAATTTAAGCAATGATTTCTTTTGGGGGCAGATTCAGACATAAGGACAGTGAATGTTGGTCTCTTTTTGTTGGAAATTGATGAGTAATGGCAGATTCTGATGTTCACCTGTGTTTCCTCAGCAGTGTCTGACCACATGGTACTTCTGTAGCTTATATGTGGAATATAGATGGTGAGCACCTCAAATGCAGGGATCATGTTTTATTCCCATATGTTAATAAGAAGATGTAGATTTATTGCAATGAAACAAACGTTTGCTATACAGCAATTATGTATTAGACTTCTATGCTGTAGGTTATGAATACAGAAATAAATCAAGTAGATATGCCCTCGCAGCTCATAGTCAGATAGGAGGCAGATGGTGAAATGATGAAAATATAAGCACATACATTAGAACAGAGTAATGAATTTAGCATTTAAAAAAGGGCAAATGGAGTTAAAATGGCTACTTAGGAAAGAATACTACTCTGATACTATATGAAAAAGTGAGGATTCAAAAATAAAGAGACATAGCTCAAGGCCTACAAAAATGTATAGGGAGATCAGGCCTGGAAAACATTACGTAGAATCTGATCATGTGAACCTAGGGAAAGATAATCTGATACTTCTGCTTGGCTGGGGTTAGGAAAGGCTTCAGAGAGGAGGCTGTGGTTGATGCTAGAAAGATGTTTGTGTGGTTATATTTTTCATGGTTTCAATTACCCAGGGTCAACTGTGGTCTGAAAATAGGTGAGTATAGTACAATAAAATATTTTGAGAGAGAGAGGGGCCACATTCACATAACTTTTATTACAGTATATTGTTAAAAATTGTACTATTTTATTATTATTGCTGCTCATCTCTTACTCTGCCTATTTTGTAAATTAAACATTATTATGTTTGTATGTATGTACAGGCAAAAACATAGTATATATAAGGTTTGGTTTCAGTCACCCACCGGGGATTTTGGAACATATTCCTGAGGATAAGAGGGGACTACTGTATTAGTTCCCATTCTACTCAGCCTTCTTAAAAGAAAGTCAACACTATTATCCATCTTGTCTTCCATGTCAGAAATTGTTCACTTCTGTCTTTGGTTTGCCAATGAGTTTTTCTTTGACTTACACTTCTTTATTCCTTTGTCCATTCTCTTTCTCTTAACTAATTGTTCTGCAGTCTGTCCTTTAAATACTCACCCACTCATGAATTCAGCCCTCATCTTTATAAAACTGGGGCAAAAATACCTTCCCACGACTCTGAATGGAGTAAGGGCGGTGATGCGTCCAGGAGTCTTGGAGAGACTCAGCAACAGTGGAATCTCAAGTGAAAGTCTTCATGAGTGATTTGGATCAGGGTGGTGTCAAAGGGATCAGAGCCTGGAATCCTCTCCAGATTTAGGGTTCGTGCTGGTACTAACAGGTCAAAGAGGGCAGCATGTTGGAACCAAGTGGGCTGTTGGAAGTCTAGAAGCATGCTGATCCCAGCAGATGGAGAAGGCACTACTTAGTAAAGGATGGGTGTTGAGGTGGCAAGCTGAGTTAAAGGAAAACTGAGTAGGAGCTGAGACCCCAAAACTAATGTGAAGACGAGTATGAAGATTCCACAACCCAGACCCCACAAACTGTAAGGATGGACCAAGGCTCAGAACAAGAAAAGTCTAGGTCTTACATGTTGACAGAGAGTTCAGCCCAGGCCTTTGCGAAGCCATAGGGTAGAAAGGCAAGGAAAACCAGGTAAAAGTGTTAGGGCTCAGTAGAGATTTGCTGGTGTCTGAAGGAGAGGGAGGCAGTGGAAGGGTTATAAATGCTCTAGTTTTGCATAATTTATACATAGAGATTTTTTATGTAGTGAAAAAATGTAGATGTTTATTTAGGTAGGCTAACTGTACTGTTTTTTAATGCAGGAACATTTTTTCATCCTAGGATGTGGACTTAGCAGGAGAAATAATGTCACTTAAAAAATACATATACTTCCAGTAGAAGTAGCTGAAACTATTGAGGGCAAGGAAGTATTGTAATAGGCTTCCAGCTCCTTCAGTTTTGGAGCTTTGCTGGATCAGGCAGGAGGTTTGCGGCTTACCCATCCCCCACCCTGCCAATAGCTCCATCTCCTCCACAGGTCGTATCTCCTGTGGTGGTCTGGATATTGCCAACTGGTTTTCTTACCATATTACTTCTGACCTAACATTATCTGAAATCAAACCCATTTAGGTACTAATTCTTATCGCATATCAAACTAGTCTCCTCAATTTAATACTACATCAATTAATGTCTCTTCAAGTTTGCAAAGACTTAATTAAAACTTCTGACTGGTAAGTTGAAAAAAAGTTGTTCACTTTGTCTTGAAGCATGAAATATAAAATAAGGAAATAATTTTTCTATGTTTTGTTTAACTGAATTTAGATTTTAATTATAGCTCTGCACTAAAGCTTAGGATGCACAAAGAATAAATTGTGCTTAGTTTTTTGGTGCAATTTTTTTGGGGGGAGGGTCATAGTTACATAATAGTATAAGATGTGTGACGTTCTCAGGAGAACCCATAAAGACCATTTTGGAAAACATATTTGAGGGGTTCATGAAAAGGATTTTTAAAATCTTTGATATTTAAGTCATTCTTTTTACAACACGTTTCACCTTTAATGCTTTTAGAACAATTTTTATTCTTTGATTAATATCATTACCATATTCCCCCTTCTCTCCCCCAGGTTCTTTTTTTGGGGGGTGGCGGGGGGACAGAGTTTCACTCTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCACGCTCCACCACACCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTACAGATGGGGTTTCAGCATGTTGGCCAGACTGGTCTCGAACTCCTGACCTTAAGTGATCCACCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGTCGTGAGCCACCGTGCCTGGCCTCGTTCTGCTAGATTCTAATTTGACAGATGCTCTCGGTGTGAACTTGCGTTCACCCCACTGCCCTTGGTTAATTTTGCCAAAGGTTAGTCTGTATTATTATTTTTCCCAAAGAGCAGCTTTGGAGATGTTAATCTTGTCTCTTACTTCTTTGTTTTTAATTTTATTGCATTTTGTTTTAAAACATTTTTTTCTTCTTTCTTTGGAATTTATTCTGTTATTTTTACCTTTCTTCAACTGACAGCTTAGCTCATTAATTTCCATTTCTTTTCTTTTTCTCTTTAAAATAGGTGCATGAAAGTCTATATCTTTTCCACGAAGGGTCACTATTGCTGTTTCTTACAAATTTTAATATGTAGTACATATGTTGTTGTTGAGTTTAAAGTATCACGTAATGTTTGTTATGATTTGTTATTTTACTCATGGATTATTTGAAAGCATTTTTAGCTTTTTTATTGTACTCTATTGGCTCTCATTTTATTTTGGCTTAAATTATTATATTTTGATGTGAGAACATGGAATACTTTATGTCAGTATTTTGGTATTTACTGAGATGTCCTCCGTGGCCTAGTTCGTAGTTAAGATTTGTAGATGTTCCATGTGTACTTGAAAAGAGTAGTGTTTTCTGTCTGGATTTGGGGTCTTTTGATGTCACTATATCACACTTTTAATTGGGTTATTCAAATATTTTACACCTCATTAAATATTTTTTAAAAATGACTTTTTAAAGAGAAGTTGTAGATTCACAGCAAAATTGAGAGGAAG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Seq C2 exon
AACGAGTTGCGGAAGTTCATGGATGTTACATTTGCAAAGATTCAAAACACAAATCAAGCTCTAAGAATGTTGAAGAAATTTGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000039139-DNAH5:NM_001369:12
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF083857=DHC_N1=FE(6.3=100)
A:
NA
C2:
PF083857=DHC_N1=FE(5.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)