HsaINT0050048 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000007174 | DNAH9
Description
dynein axonemal heavy chain 9 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2953]
Coordinates
chr17:11652761-11664968:+
Coord C1 exon
chr17:11652761-11653002
Coord A exon
chr17:11653003-11664832
Coord C2 exon
chr17:11664833-11664968
Length
11830 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATA
5' ss Score
8.55
3' ss Seq
CTTTCTTCTTCCTTTTATAGGAA
3' ss Score
13.42
Exon sequences
Seq C1 exon
GCATTTGCGATTATGTCACTGAAATCACCAGTAGTATTCATGATCTTGAACAAAGAATTCAGAAAACTAAAGACAATGTGGAAGAGATCCAAAACATCATGAAAACATGGGTGACTCCAATATTTAAGACAAAAGATGGAAAAAGGGAATCCCTTCTTTCTCTGGATGATCGGCATGATCGAATGGAAAAATATTACAATCTCATCAAGGAATCTGGCCTTAAGATCCACGCCCTTGTTCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAAAACCTGGGTCTATTTTCAGCAGACCCAACCTCCAATATCTGGAAGACTTATGTTAACTCTATTGACAATTTGTTGCTGAATGGATTCTTTCTTGCCATTGAGTGCTCCCTCAAGTATCTTCTGGAAAATACTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000007174:ENST00000262442:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF083857=DHC_N1=PD(1.0=7.4)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development