RnoINT0049238 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000004171 | Dnah9
Description
dynein, axonemal, heavy chain 9 [Source:RGD Symbol;Acc:621799]
Coordinates
chr10:52647255-52657893:-
Coord C1 exon
chr10:52657652-52657893
Coord A exon
chr10:52647391-52657651
Coord C2 exon
chr10:52647255-52647390
Length
10261 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACA
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
CTGTCTTCTTTTTTCTGTAGGAA
3' ss Score
12.16
Exon sequences
Seq C1 exon
GCATTTGGGATTATGCCATGCAAATAACCAATAGCATTCATGACCTGGAACGAAGAATTCAGAAGACAAAAGACAACGTGGAAGAGATTCAAACCATCATGAAAACATGGGTGTCTCCAATATTTAAGAGAAAGGATGGGAAAAAAGAATGCCCCCTTTCTCTGGATGATCAGCAGGATCTCCTGGAAAAATACTACAGTCTCATCAGGGAATCAGGCCTTAAGATTCATGCTCTTGTTCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAAAACCTGGTTCTATTTGCAGCAGACCCAGCATCCAGTACCTGGAAGTCTTACGTGGGCCACATTGACTCGATGTTGTTGGATGGATTCTTTCTTGCCATTGAGTGTTCTCTCAAGTATCTACTAGAAAACACTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000004171:ENSRNOT00000005583:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF083857=DHC_N1=PD(1.0=7.4)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]