HsaINT0050078 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000007174 | DNAH9
Description
dynein, axonemal, heavy chain 9 [Source:HGNC Symbol;Acc:2953]
Coordinates
chr17:11687617-11696981:+
Coord C1 exon
chr17:11687617-11687856
Coord A exon
chr17:11687857-11696819
Coord C2 exon
chr17:11696820-11696981
Length
8963 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
TGTGTCTGTTCCCCTTGAAGGGC
3' ss Score
10.17
Exon sequences
Seq C1 exon
CGTCACTTCAGCGTGTTTGTCCTCTCCTTCCCGGGGGCAGATGCCCTGTCCTCTATCTACAGCATCATCCTCACTCAGCATCTGAAGCTCGGAAACTTCCCGGCGTCCCTGCAGAAATCCATCCCCCCACTGATCGATCTGGCCCTCGCCTTCCACCAGAAAATTGCTACCACCTTCCTACCCACAGGAATCAAATTCCACTACATCTTCAACCTCAGAGATTTTGCCAACATTTTCCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGCATTCTCTTCTCCTCAGTGGAATGTGTGAAATCCACATGGGATCTTATAAGGCTCTATCTGCATGAATCAAATCGAGTTTATCGGGATAAGATGGTAGAAGAAAAGGACTTTGATCTTTTTGATAAAATCCAGACAGAAGTGCTCAAGAAAACTTTTGAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000007174-DNAH9:NM_001372:41
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127752=AAA_7=FE(29.0=100)
A:
NA
C2:
PF127752=AAA_7=PD(8.1=40.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)