HsaINT0051745 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000175497 | DPP10
Description
dipeptidyl peptidase like 10 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:20823]
Coordinates
chr2:115815675-115836256:+
Coord C1 exon
chr2:115815675-115815729
Coord A exon
chr2:115815730-115836156
Coord C2 exon
chr2:115836157-115836256
Length
20427 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAT
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
TATATATTTTTCCCCCCCAGGGT
3' ss Score
10.96
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGTTATGGTGGCTATATTGCATCAATGATCTTAAAATCAGATGAAAAGCTTTTTAAATGTGGATCCGTGGTTGCACCTATCACAGACTTGAAATTGTATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000175497:ENST00000410059:21
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0032616=Peptidase_S9=FE(8.8=100)
A:
NA
C2:
PF0032616=Peptidase_S9=FE(16.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development