RnoINT0050791 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000002595 | Dpp10
Description
dipeptidylpeptidase 10 [Source:RGD Symbol;Acc:1306427]
Coordinates
chr13:39441397-39449666:-
Coord C1 exon
chr13:39449612-39449666
Coord A exon
chr13:39441497-39449611
Coord C2 exon
chr13:39441397-39441496
Length
8115 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAT
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
CGTTTTCCCCACTCCCTTAGGGA
3' ss Score
9.19
Exon sequences
Seq C1 exon
ATATTTACTGAAACAGCCATATATTGACTCCAAAAGATTAAGCATTTTTGGAAAG
Seq A exon
GTAAATAGAAATACTGAATGAATTTATCCAAACTCACCTATATATGTATGTATTATATTCATGTATATGCATATACAGTCATTATTCATTGTACTTTAATTTTATTCGCTGTCATGTAAAACAGCATAATCCATATAGTAGCCATTCTGTCAATTATTTGGAAGGCTATTTCTCAAGCATTCAGTTGATGTCTGGTATTAAAAATGAGCAATAAAAGGGAGAAACAGCTAGGTCTAGAGCCTGGGATCACAACTCACTGAGACAAGGGCTTGAGGTACACGGATAAGAACCCGAGTTTGTTTCTGAGATCCCATATAAAGCTGTGTTTTATGACATATGCCTCTAATCCCAGTGATTGTAGGTGACAGAAAGATAAAGGATGCTCCTTAACAAGCTACTGTGGCTCAATCATTGAGCTCCAATTTCAGTGAGAATCCCTATAGGGTAGGGCAGAGGACAACACTGAACCTTGACTTCTGGGCTAAATACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACCTGCATACAAATGCAAATACAAGTACCCACAAAGATACACATAAACACAGACACACACAGACATATATATATACAAAAGACAGACACATACACACATATGTACACATGTACCACACAAACACATACAAAAAGACACATATCCATAGAGAGACAGACACAGACACATATATACACATACACCCACAGACACATATACTCATACACGTGCAGATACACAAACACACAAACACAGACACACAAGTACATATATAGGCACACATATGCAAGTATGAACACACAGATGCATATGTACACAAACACACACAAATACACATAGTTGTATTAATATTTAAATGTAACATCTAAAATAAGCTCTAATTATTGCTGTATTCCATTCTCCTCTCCTGTACATTAATGATCTTTTGTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTGTGCTATAGTCTCACTATGTAACCTGTGTTAGCCCCCAAATATGATCCTCCTGCCTCGGCCTGTCAAATACTGGTATCTTTAGAGGTGATTGTCACCACACCCGACTAGGATTCTTCCTTTCCACTTACTGCCAGTGTTTTGGGAAGCACATGTTCTGGTATCATGCAGTTTGTAGCACATCAGTGAGGAACGGGAGGCAGCTCCACTGGAGCCAGCAGCAATCTGCACACTCACCAGGGCGCCCTTCCCTCTTTGGCTGTGTCCTCTGCTCTGAAGGAAGAGGGTGAAAGTGGGTGGGGAAGCAAGTCTGCTCCGTCTTTGAGATGCCTGCTCTTTCTTCTTGCCTAACTATCCCTTTGTCCCTTTCATTTTTAATCCATGAACCATTAGAAAAACTTCATCGTTCTTTCTTCTATTTCCTGCTGTTTGCTGCTTCACCAATTTCTGCACTTATCCTTATTTTCTACTTGTAAAAATGCATTAACTCTCTAGTTAAAAGTTAAATGTCTAAGGTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTCATTTTTAGCACTCTACCTTGAAAGTGCAAGCATTTTATACACAGCACTCCTGTGAGTTACTCCCCAGAGTCACTTCCACTACCAAAGTTGTTAAAATTTCATATGAATATGTCTTCAATCCCAACATTTTGTCCTCTTTGAAGTGTGTTTTACTATTTTATCCTGTAGGAAAGCAGAGTGGAACTTCTTCTGTTTTTAACCTTTGATTGTAATGGAGTTGTGATCAGTTCACTGACTGAATAACAGAAGTCATGAGACATATTGGTTGATTTATAATCTAGGAAGAACTGACTTTGAAATATCACTGTACCTAAAAGTATTGATATCGCAACATTCCATTAAGTTAGAATTGTCTATCCTGGAGTCCTTGGCAATAAATGTATGTTCTAATTTATTTGGTTTCTAGATGTGTTAGCATATCCCATTATAGGAACCAACTCTTCCTTCTCCTCCTTCTACAGTAGTTTGCACCGGACATTTTTCCTTTGTCTTCAATATCATTATATTATTATTATCATCATTAATGTCATTATTGCTATTATTATTGCTATTATTATTTATCTTTTTTTATATTCTAGTTGTTATCTCCCTCCAGGTCTACCCTCCACATGTTCCTCACCCCATTCTTCATCCTTCATCTCCAAGAGGATGTTCCCCCAAACTCTTTTCCCCGTAGACCTTCCCACTCCCTGGGGCCTCAAGTCTTTAAAAAGTCAGTTGCACCTTATCTCACTGAGGTGAGACCAGGCAGTCCTCTGCTGTCTATGTGTCAGGACCTCATATCAGCTGGTGTATGTACCTGGTTGGTGACTCAGTGTTTGAGATCTCGGGAGTCCAGGTTAGTTAAGACTGCTGGTCTTCCTATGGGGTCACCCTTCTCCTCAGCTTCTTTCAGTTTTTCTCTAATTCAACCTCAGGGGTCCCCAACTTCTTTCCATTGGTTGGATGTAAGTATCTGCATCTGACTCAGCTGCTTGTTGGGCCTCTCAGAGGGCATCCATGCTAGCCTCCTATTTGTAAGCATACCGTAGTAATGTATCAGGTATTGGAGCCTCCTCTTGAGCTGCATCACAAATTGGGCTGATAACAGATCCTTCTTTCCCCCAGTCTCTTCTCCATTATTGTCCCTGCAGTTCTTTTAGATAGGAACGATTCTGGGTCAGAGCTTTAGACTCCCCATTCCTTTACTTGATGTGCTGTCTTTCTACTGGAGATGGATTCTACAACTCCCTCTCCACCATTGTTGGACATTTCTTCTATGGTTCCTCCCCTTTGAATCCTGAGCATCTCTCACAGAACACTTTTCAAGCTCAGAAAAGTTCAGAATGAATCTATCTTCTGCTGAATTATACCTTTATTTTTGTTGAGATTCTATTTATCTCTATATATGATATATACATATATATTGAATATATAGAACAATGGAAAGATTTTAGAAGCCATGTTTTTAAGTTTTAAGTGACCATGTGGATTTTACTCAGTAATTAAACTCCAAGTAAATAAGCTTGGAACCAAACCATATTGGTTTAAATTATAGCCATTGAAACGGAACCTCACCTCATCTAAATATGTAAACATATTTACTCTATTTTATTTTTAAGATAAACATTCTTAGTTATGAAAGGTCTCAAAAGCCATGAATGAAACAGTTCTAAATTGCATGGGATCAATAAGGATGTCTCAATAATTACGAACGCACACTGCTCCTGCAAAGGACCCAAGTTCCACTCTCAGAACCCACATCAGTGGGCTCACAATTGCTTGTGGCTCTGCCTGAAGGAAATCTGATGTCCTCTTCTGGTCTCTGTAGGCATCTGAACTCACATGCACCACCCCCTCTCACCAAACAGACAAAAACTTAAACATAAAACAATCTTTAAAATAGTTAAATGGACTGATAATAAAACACACAAAAAAGCATTTTTGAACTTCTATTATTATAGAGAAATAAAAGATAATAAGTAAAATATCAGATGATGTAAAACAGCCAAAGTTGGGTGATAAAGCCAATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTACCATCTCTCTTTATTATTGCTGTGTGTGTAATCATGTACAAATTCATGCACACATGTATGCCATGCATGGTGCATTGTGGAGTCAGTTCTCCCCTTCTACTATCTATATGGGTTCCAAAGATTCTCGGGTTTGAACTCAGGCTATCAGGCTTGCAAAGCTAGTGCCTAACCTGCTTCACTTCCCAGGAGAAAGTGAAGCATAAAAGTCCCACTAGCTGGTATGAGTCCAGACAGTAAGAAAATGGCTTCCCAGGGATGGTCTCCTGGTTATAGATAAGAGTGACTATAAAACATATTAAGCTTGATATACAGAAAGGAAACCAATATTTATGTTTTGCATCTGTTTGTTTGAAAAAAATCTATGTTCGAAACCAGCTCAAGCCATTTCTGGAGTTTGTGAAAATAATGTATACAATCAGAGCTAGGAGATGTCTCAGTGAGCCAAGATTTTACTGCATAAGCCTGGGAATGTGAGTTGAAACCTATTTAAACCTGGATACAGTATTCCACATCAGTAACTCCATTGCTCCTACATTGAGATTGGAGGTAGAGACCAGAAAATCCCTAGACAGTTGCAGAGTCAGCCTGGCTGATTCAGTGATAACCAAGAGTGGGAAGACCAATACCTAAATTGTTCTCGAATCTGTGTAAATACATAGTGTCATGAGAGCAACTAAACTAACACACAAACAAGTACACATATGTGGATATATACATGTACACATAGATAAAGATGTGAGGAACTATATCAAAGTAAAGTAACAGATTCAGTGCAGAGACACATGGTAAAAAAAATTGTGCTAATTTTGAAATACTCTTTTAAACATTTATTTTCACTTACTACTGGAATATTTAATGCATACATGTAATAATTTGATTATATTGAAGACCTGGAGTCTAACAGATTCCAAGTAGGCAGACAGACAGGGTAAACAGGGTCTAGGAATATCAATGTACTTTCCTTTAAATGTTTAAAATGACAGAATCCCGGTTCTTCCTGTTCTCTGAAACAAAGATGTGATGCCCATGTTTTAGAACTACTCAGTAGGACTTTCAAACTTCTAGAGTCAGCAGTGGATTGGCACTCTTGTGACAAACTTGGCTTTCACTTCTTTGGATTATTCAGTATCCCACAATAGCTAAAACCAGCTCTCTCTGCAGAATAAAAAGAGCCCACCCTATTGTCATACATGTAAATCTTTTTACTTTTGCAGACAATTTTGTTTCCAAGATTGATTATACCACGTTATAAGTGCTGCAGTCTGTCTTTGATTCCCTTTCCCTAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTAAAGTACAACTTGGTTGCATGTTGAATTTTCCTGCCTTTTTACTCTTTAGATCAGTTTAGGAAAATCTCTTTTCCCCACAACTCTAACCATAGTTGTATCAACAT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Seq C2 exon
GGATATGGGGGATACATTGCATCAATGATCCTAAAATCAGATGAGAAGTTTTTCAAATGTGGAACCGTGGTTGCACCCATCTCAGACATGAAGTTGTATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000002595:ENSRNOT00000003527:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0032616=Peptidase_S9=FE(8.8=100)
A:
NA
C2:
PF0032616=Peptidase_S9=FE(16.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]